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Un nuevo estudio ha agregado numerosos genomas y genes virales previamente no caracterizados al grupo mundial cada vez mayor de viromas intestinales humanos. El estudio, publicado en mSystems, una revista de acceso abierto de la Sociedad Estadounidense de Microbiología, resultará útil para investigar el papel del viroma intestinal en la salud y la enfermedad humanas.
«El viroma intestinal humano todavía está muy poco explorado y muchos virus nuevos están por descubrirse, algunos de los cuales podrían tener influencias importantes en los procesos que afectan la salud y las enfermedades humanas», dijo el investigador principal del estudio, Jelle Matthijnssens, Ph.D., un profesor en el Departamento de Microbiología, Inmunología y Trasplante, Instituto Rega, División de Virología Clínica y Epidemiológica, Laboratorio de Metagenómica Viral, KU Leuven, Lovaina, Bélgica.
El intestino humano contiene un ecosistema complejo de microorganismos, de las cuales las bacterias han sido ampliamente estudiadas. El Dr. Matthijnssens dijo que los estudios sobre los virus en el intestino están rezagados. El objetivo del proyecto MicrobLiver es comprender la interacción entre el huésped y el microbioma intestinal en humanos y el papel del eje intestino-hígado en las primeras etapas de la enfermedad del hígado graso alcohólico y no alcohólico.
«En el marco del proyecto MicrobLiver, nuestro objetivo era generar un catálogo de genomas de virus, que podría usarse en estudios posteriores en varias cohortes de personas con etapas tempranas de la enfermedad del hígado graso alcohólico y no alcohólico», dijo el Dr. Matthijnssens.
En el nuevo estudio, los investigadores utilizaron 254 muestras fecales de 204 sujetos daneses para generar el Catálogo danés de viroma entérico (DEVoC). La cohorte pediátrica incluyó a 50 niños y adolescentes (de 6 a 18 años) con un índice de masa corporal (IMC) superior al percentil 90, junto con 50 controles sanos de la misma edad y sexo. La cohorte de adultos (34-76 años) incluyó a 52 pacientes con enfermedad hepática relacionada con el alcohol y 52 controles sanos emparejados por sexo, IMC y edad.
Los investigadores utilizaron la nueva técnica de enriquecimiento de viromes (NetoVIR) protocolo para purificar todas las partículas de virus de las muestras de heces y secuenciar sus genomas utilizando tecnologías de secuenciación profunda. (NetoVir permite a los investigadores obtener un protocolo de preparación de muestras rápido, reproducible y de alto rendimiento para estudios de virómica intestinal de secuenciación de última generación).
Además, utilizaron una herramienta bioinformática avanzada para identificar casi 13 000 virus (parciales) genomas, muchos de los cuales eran nuevos y no estaban presentes en las bases de datos públicas.
Aunque se sabe que los viromas intestinales son muy específicos de cada individuo, los investigadores identificaron 39 genomas que estaban presentes en al menos 10 sujetos sanos. Estos 39 genomas se compararon además con conjuntos de datos públicos de virome de todo el mundo que muestran varios patrones de prevalencia relacionados con la edad, la geografía y la enfermedad. En particular, dos genomas mostraron una prevalencia notablemente alta en todo el mundo. El primero era un fago tipo crAss (20,6% de prevalencia), perteneciente a la subfamilia provisional AlphacrAssvirinae, mientras que el segundo era un fago templado no descrito previamente que infectaba a Bacteroides dorei (14,4% de prevalencia), llamado LoVEphage. A continuación, los investigadores revisaron las bases de datos públicas y pudieron recuperar 18 genomas similares a LoVEphage circulares adicionales (67,9 a 72,4 kb).
«Nuestros hallazgos enfatizan aún más que el viroma intestinal humano aún no se ha estudiado y que muchos virus nuevos especialmente la identificación de nuevos fagos compartidos por personas de todo el mundo es de interés para ser estudiado con más profundidad «, dijo el Dr. Matthijnssens. «A continuación, el catálogo se utilizará para estudiar más a fondo las diferencias en el viroma de varias cohortes de pacientes con etapas tempranas de la enfermedad del hígado graso alcohólico y no alcohólico. Esperamos que estos estudios nos brinden información básica sobre el papel que podría tener el viroma intestinal en el desarrollo de la enfermedad del hígado graso alcohólico y no alcohólico. Además, analizaremos el viroma para identificar biomarcadores para la progresión de la enfermedad o la predicción del éxito del tratamiento».
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