Genética omicron y patrones de transmisión tempranos caracterizados
Crédito: Pixabay/CC0 Dominio público
La variante omicron del SARS-CoV-2 divergió de las variantes anteriores del SARS-CoV-2 como resultado de la evolución adaptativa, en la que se encuentran mutaciones beneficiosas transmitido a las generaciones futuras a través de la selección natural, en lugar de la recombinación entre variantes anteriores, según un gran equipo internacional de investigadores. El estudio, que se publicó recientemente en Nature, es el primero en describir el perfil genómico de omicron y explorar los orígenes de la variante.
«Hemos visto que el SARS-CoV-2 genera tres variantes principales alfa, delta y omicronina en aproximadamente 16 meses, lo cual es muy sorprendente porque otros virus no dan saltos evolutivos tan grandes y repetidos», dijo Maciej Boni, profesor asociado de biología, Penn State, quien dirigió el análisis de recombinación para esta colaboración global. «La última variantomicronis es extraordinaria debido al salto aún mayor que dio en la evolución de su proteína espiga».
Boni señaló que, en comparación con las variantes anteriores, la proteína espiga de omicron tiene más de 30 mutaciones, muchas de las cuales son se sabe que influye en la neutralización de los anticuerpos del huésped.
«Dado que omicron dio un gran salto evolutivamente hablando, queríamos investigar por qué y cómo pudo haber sucedido esto», dijo.
Para ello, el equipo, dirigido por el Centro para la Respuesta e Innovación ante Epidemias de Sudáfrica, analizó las 686 secuencias de omicron que estaban disponibles hasta el 7 de diciembre de 2021. Descubrieron que omicron pertenece al linaje B.1.1, que también incluye el alfa variante. Curiosamente, el equipo descubrió que omicron es genéticamente distinto de alfa, así como de cualquier otra variante conocida de interés.
«Lo que esto significa es que aunque omicron pertenece al mismo linaje que la variante alfa, tiene cambiado a tal punto que es en gran medida irreconocible como primo o sobrino de la variante alfa», dijo Boni. «Cuando se secuenció por primera vez el genoma del omicron, quedó claro que este virus tenía el potencial de ser fenotípicamente muy diferente de las variantes anteriores del SARS-CoV-2 con las que estábamos familiarizados».
Para determinar cuándo el omicron Cuando surgió la primera variante, el equipo utilizó una técnica llamada análisis filogenético bayesiano calibrado en el tiempo. Estimaron que la fecha en que existió el ancestro común más reciente de todos los omicrones fue a principios de octubre de 2021.
Luego, el equipo aplicó un análisis de selección a las secuencias de 686 omicrones y encontró evidencia de selección natural positiva en muchos genes ya que la variante se separó de otros linajes B.1.1. «Este hallazgo nos llevó a la conclusión de que la evolución adaptativa desempeñó un papel importante en la aparición temprana y el establecimiento de omicron», dijo Boni. «Este hallazgo sugiere que omicron es probablemente el resultado de un proceso evolutivo que creó un virus altamente transmisible que evade parcialmente nuestras respuestas de anticuerpos».
Además, el hallazgo descartó la recombinación de variantes anteriores en el origen de omicron .
«No encontramos evidencia convincente de que omicron sea un recombinante de variantes anteriores del SARS-CoV-2», dijo Boni.
El equipo encontró que algunas muestras de omicron mostraban evidencia de haber heredado material genético de un virus delta, pero los análisis estadísticos no pudieron descartar el azar o pequeños errores de secuenciación como causas de esta curiosa señal de recombinación.
«Dada la información errónea reciente que sugiere que el omicrón y el delta se han recombinado para crear una súper variante ‘deltacron’, es importante tener en cuenta que tal recombinación es posible, pero actualmente no hay evidencia de que esto haya ocurrido», dijo Boni. «Además, si ocurre, no se sabe cuáles serían las propiedades de dicho virus en términos de su capacidad para transmitir y/o causar enfermedades graves, entre otros factores».
Con respecto a la transmisibilidad de omicron, el equipo concluyó que la evasión inmunitaria parcial probablemente fue un factor importante en la rápida propagación de omicron en Sudáfrica dado que la proporción de la población sudafricana que era inmune (ya sea por infección, vacunación o ambas) estaba por encima del 60 %.
«Esta idea de que omicron puede evadir parcialmente el sistema inmunológico está respaldada por otros hallazgos recientes que muestran un mayor riesgo de reinfección por SARS-CoV-2 asociado con la aparición de omicron», dijo Boni. «Ahora también sabemos que la carga viral de omicron es más alta en las personas infectadas, lo que también contribuye sustancialmente a su alta tasa de transmisión».
Boni señaló que la ola actual de omicron es un recordatorio para todos los estadounidenses. para mantener nuestras vacunas COVID-19 lo más actualizadas posible.
«No podemos darnos el lujo de soportar otro año calendario con medio millón de muertes», dijo.
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Estudio: Omicron conduce a una enfermedad menos grave en ratones Más información: Raquel Viana et al, Expansión epidémica rápida de la variante Omicron del SARS-CoV-2 en el sur de África, Naturaleza (2022). DOI: 10.1038/s41586-022-04411-y Información de la revista: Nature
Proporcionado por la Universidad Estatal de Pensilvania Cita: Genética de Omicron y patrones de transmisión temprana caracterizados (2022, 26 de enero) recuperado el 29 de agosto de 2022 de https://medicalxpress.com/news/2022-01-omicron-genetics-early-transmission-patterns.html Este documento está sujeto a derechos de autor. Aparte de cualquier trato justo con fines de estudio o investigación privados, ninguna parte puede reproducirse sin el permiso por escrito. El contenido se proporciona únicamente con fines informativos.