Estimación de la incidencia a partir de los genomas del SARS-CoV-2
Una micrografía electrónica de barrido coloreada del virus SARS-CoV-2. Crédito: NIAID
Un equipo de investigadores del Instituto Robert Koch de Berlín y el Instituto Max Planck para la Ciencia de la Historia Humana presentan un método novedoso para la estimación rápida de trayectorias de incidencia a partir de genomas de SARS-CoV-2 muestreados en serie y validan utilizando métodos filodinámicos.
Los recuentos diarios de nuevos casos de COVID-19 siguen siendo una base para evaluar el estado de la pandemia y son vitales para tomar decisiones informadas sobre intervenciones públicas. Sin embargo, estos recuentos de casos se basan en resultados positivos de pruebas de diagnóstico y, por lo tanto, dependen en gran medida de la estrategia de prueba subyacente. Pero las estrategias de prueba difieren de una región a otra y han cambiado drásticamente con el tiempo, lo que hace que su influencia precisa en la cantidad de nuevos diagnósticos diarios sea difícil de predecir. Por lo tanto, se necesitan estimaciones más sólidas del número de personas recién infectadas para la vigilancia de la pandemia.
Para estimar mejor las nuevas tasas de infección, los investigadores han desarrollado y probado un nuevo método computacional que infiere perfiles temporales de incidencia viral puramente de secuencias genómicas y sus fechas de muestreo. Debido a que el genoma viral subyace a un proceso de mutación constante, los cambios en su secuencia a lo largo del tiempo también rastrean su propagación a través de la población.
«Las mutaciones que surgen en los genomas virales dejan una señal que nos permite conectar la genética diversidad con el tamaño de la población viral y, en este caso, también la incidencia», dice Denise Khnert, coautora del estudio.
Efecto de las intervenciones no farmacéuticas
Al calcular piezas- Sabias estimaciones constantes del número reproductivo efectivo entre cambios significativos en las intervenciones no farmacéuticas, el estudio destaca los efectos potenciales de las medidas públicas en la propagación de COVID-19.
Las medidas de confinamiento adoptadas por muchos países europeos son un ejemplo revelador. En la primavera de 2020, después de la implementación de estrictas medidas de confinamiento en Europa, el número reproductivo efectivo cayó drásticamente a menos de 1. Cuando se levantaron estas medidas a principios del verano de 2020 en la mayoría de los países, el número reproductivo efectivo aumentó a más de 1 .
Fases de detección insuficiente de casos
El equipo realizó amplios análisis filodinámicos de última generación utilizando genomas de SARS-CoV-2 de cuatro regiones diferentes (Dinamarca, Escocia, Suiza y el estado australiano de Victoria) para validar el nuevo método.
«Al comparar nuestros resultados con los números de casos notificados, pudimos detectar períodos de subregistro», dice Ariane Weber, Ph.D. estudiante del grupo de investigación y coautor del estudio. «Estos incluyen la primera ola de infecciones en Escocia y Victoria, así como pequeñas olas epidémicas en Europa en el verano de 2020, que no son visibles en los recuentos de casos de diagnóstico», agrega Weber.
Caso relativo detección
Al usar el correlato de incidencia generado por el nuevo método y los datos públicos sobre las estrategias de prueba implementadas, los investigadores también pudieron calcular las tasas de detección de casos a lo largo del tiempo. Estos sugieren que un aumento en la capacidad de prueba generalmente conduce a una mayor proporción de casos detectados. Sorprendentemente, sin embargo, la probabilidad de detección disminuye cuando se relajan los criterios para la prueba. Esto proporciona una explicación potencial para la subdetección observada de casos en Europa en el verano de 2020, cuando se combinaron criterios de prueba más flexibles con capacidades de prueba sin cambios.
El estudio se publica en Nature Communications.
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Los casos de COVID-19 en los Estados Unidos pueden estar sustancialmente subestimados Más información: La estimación rápida de la incidencia a partir de los genomas del SARS-CoV-2 revela una disminución de la detección de casos en Europa durante el verano de 2020, Nature Communications, DOI: 10.1038/s41467-021-26267-y Información de la revista: Nature Communications
Proporcionado por Max Planck Society Cita: Estimación de incidencia de SARS-CoV- 2 genomas (2021, 14 de octubre) recuperado el 29 de agosto de 2022 de https://medicalxpress.com/news/2021-10-incidence-sars-cov-genomes.html Este documento está sujeto a derechos de autor. Aparte de cualquier trato justo con fines de estudio o investigación privados, ninguna parte puede reproducirse sin el permiso por escrito. El contenido se proporciona únicamente con fines informativos.