La historia interna de la pandemia de COVID en Inglaterra descrita en un nuevo estudio
Distribución geográfica de casos y de diferentes linajes. Crédito: Instituto Wellcome Trust Sanger
La crisis de la COVID-19 que se apoderó del Reino Unido entre septiembre de 2020 y junio de 2021 se puede considerar como una serie de epidemias superpuestas, en lugar de un evento único, dicen investigadores del Instituto Wellcome Sanger, EMBL Instituto Europeo de Bioinformática (EMBL-EBI) y sus colaboradores. Durante este período, el país luchó con varias versiones del virus SARS-CoV-2 que poseían diferentes propiedades biológicas y requerían una respuesta de salud pública diferente.
El estudio, publicado hoy en Nature, es el análisis más detallado de la información de vigilancia genómica del SARS-CoV-2 hasta la fecha. Describe la ‘historia’ científica de la pandemia a medida que se desarrolló y subraya la importancia de la vigilancia genómica a gran escala y de alta velocidad para comprender y responder a los brotes infecciosos.
En marzo de 2020, al igual que el Reino Unido se estaba preparando para ingresar al primero de varios bloqueos, se creó el consorcio COVID-19 Genomics UK (COG-UK) para monitorear la propagación y evolución del SARS-CoV-2 mediante la secuenciación del genoma del virus.
Desde entonces, el consorcio ha identificado y monitoreado numerosas variantes virales, incluida la variante Alfa identificada por primera vez en Kent en septiembre de 2020 y la variante Delta identificada por primera vez en India en abril de 2021. Ambas variantes cambiaron posteriormente el curso de la pandemia, no solo en el Reino Unido sino en todo el mundo.
Para este estudio, investigadores del Wellcome Sanger Institute y EMBL-EBI analizaron datos de vigilancia genómica del SARS-CoV-2 de Inglaterra recopilados entre septiembre de 2020 y junio de 2021. Caracterizaron el crecimiento tasas y distribución geográfica de 71 linajes y reconstruyó cómo las nuevas variantes emergentes cambiaron el curso de la epidemia.
A fines de 2020, la variante Alfa (B.1.1.7) se propagó a pesar de una serie de restricciones, incluido un bloqueo nacional en noviembre y restricciones regionales en diciembre. Aunque estas medidas retrasaron la propagación de otras variantes, se descubrió que Alpha poseía una ventaja de crecimiento del 50 al 60 por ciento sobre las variantes anteriores y continuó propagándose rápidamente.
En el sistema de restricciones escalonadas que operaba en diciembre de 2020, la infección las tasas eran más altas en áreas con menos restricciones. Alpha solo estuvo bajo control en un tercer bloqueo nacional entre enero y marzo de 2021, que se introdujo después de un pico de 72,088 casos diarios el 29 de diciembre. Esta medida eliminó simultáneamente la mayoría de las variantes que habían sido dominantes en septiembre y octubre de 2020. Cuando las restricciones comenzaron a levantarse el 8 de marzo de 2021, la tasa de casos diarios se había reducido a 5500.
Mientras Alpha estaba bajo control , las variantes asociadas con una mayor capacidad para eludir la inmunidad de la vacunación o una infección previa continuaron apareciendo en el Reino Unido en niveles bajos a principios de 2021. Estas variantes se caracterizaron por la mutación de pico E484K, la más significativa de las cuales fue la variante Beta (B. 1.351, identificada por primera vez en Sudáfrica) y la variante Gamma (P.1, identificada por primera vez en Brasil). Pero a pesar de las repetidas introducciones de estas variantes, se limitaron a brotes locales de corta duración.
En marzo de 2021, las primeras muestras de B.1.617, que se originó en la India, comenzaron a aparecer en los datos de secuencia. De hecho, se trataba de dos linajes, Kappa (B.1.617.1) y Delta (B.1.617.2). Aunque Delta contenía mutaciones diferentes a las variantes anteriores de preocupación, estas mutaciones lograron una transmisibilidad aún mayor. Si bien Kappa creció lentamente y desde entonces se ha desvanecido, Delta se había extendido a todas las autoridades locales y representaba el 98 por ciento de los genomas virales secuenciados hasta el 26 de junio de 2021.
Dr. Moritz Gerstung, autor principal del artículo de EMBL-EBI y el Centro Alemán de Investigación del Cáncer (Deutsches Krebsforschungszentrum, DKFZ), dice que «el tiempo ha demostrado cuán ingeniosa fue la idea de establecer COVID-19 Genomics UK (COG- Reino Unido) al comienzo de la pandemia. Ser capaz de ver linajes uno al lado del otro, mapeados en ubicaciones específicas, ha sido increíblemente informativo en términos de comprender cómo se ha desarrollado esta serie de epidemias. Ver Alpha creciendo más rápido en casi 250 de 315 autoridades locales fue una señal clara de que estábamos lidiando con algo muy diferente. Al mismo tiempo, hemos aprendido que la genética del SARS-CoV-2 es increíblemente compleja. Aunque conocíamos todas las mutaciones de Delta, Por ejemplo, no quedó claro de inmediato que se convertiría en el linaje dominante».
El análisis de Delta indica que su tasa de crecimiento fue un 59 por ciento más alta que la de Alpha, la mayor ventaja de crecimiento observada en cualquier otra variante hasta la fecha. En general, los investigadores estiman que la propagación de variantes más transmisibles entre agosto de 2020 y principios del verano de 2021 más que duplicó la tasa de crecimiento promedio del virus en Inglaterra.
Dr. Meera Chand, directora de incidentes de COVID-19 en la Agencia de Seguridad Sanitaria del Reino Unido (UKHSA) y una de las autoras del artículo, dice que «gracias a la vigilancia genómica en el Reino Unido e internacionalmente, está claro que estamos lidiando con un virus que ha ha cambiado considerablemente desde el que enfrentamos en marzo de 2020. Continuaremos monitoreando el virus SARS-CoV-2 para garantizar que podamos usar las vacunas, los tratamientos y las medidas de salud pública más efectivos contra las variantes actuales y futuras».
Aunque sigue siendo imposible predecir qué hará el virus a continuación, el consorcio COG-UK ha avanzado considerablemente en el campo de la vigilancia genómica y ha demostrado el valor del control de agentes infecciosos. Solo 18 meses después de su inicio, el programa catalizó el establecimiento de sistemas nacionales de secuenciación que brindan información epidemiológica casi en tiempo real para informar la respuesta de salud pública del Reino Unido. Se espera que algún día los científicos puedan predecir la aparición de nuevas variantes.
Dr. Jeff Barrett, autor principal del artículo y director de la Iniciativa de Genómica COVID-19 en el Instituto Wellcome Sanger, dice que «estos datos de vigilancia genómica nos han brindado una forma totalmente nueva de ver cómo se desarrolla un brote, lo que nos ha enseñado mucho sobre cómo se propaga y evoluciona un nuevo agente infeccioso. Mi esperanza es que se desarrollen programas de vigilancia genómica similares en todo el mundo, de modo que estemos lo mejor preparados posible para responder a futuros brotes de enfermedades infecciosas, ya sean patógenos familiares o nuevos unos.»
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Variantes de COVID-19 Mu, Delta y qué saber sobre las mutaciones Más información: Harald S. Vhringer, Theo Sanderson y Matthew Sinnott et al. (2021). Reconstrucción genómica de la epidemia de SARS-CoV-2 en Inglaterra. Naturaleza. DOI: 10.1038/s41586-021-04069-y Información del diario: Nature
Proporcionado por Wellcome Trust Sanger Institute Cita: La historia interna de la pandemia de COVID en Inglaterra descrita en nuevo estudio (2021, 14 de octubre) recuperado el 29 de agosto de 2022 de https://medicalxpress.com/news/2021-10-story-england-covid-pandemic.html Este documento está sujeto a derechos de autor. Aparte de cualquier trato justo con fines de estudio o investigación privados, ninguna parte puede reproducirse sin el permiso por escrito. El contenido se proporciona únicamente con fines informativos.