La colaboración entre CDC y ClinGen da como resultado un nuevo recurso de variantes genéticas significativo
Crédito: CC0 Dominio público
El Programa de material de referencia de pruebas genéticas (GeT-RM) de los Centros para el Control y la Prevención de Enfermedades (CDC) se ha asociado con Clinical Genome Resource (ClinGen) para desarrollar una lista disponible públicamente de 546 variantes patogénicas curadas por expertos en 84 genes para su uso en pruebas genéticas de secuenciación de próxima generación (NGS). Esta lista sirve como recurso de conocimiento para diseñar estudios de validación analíticos integrales y crear materiales de referencia simulados o modulados por computadora para el desarrollo de pruebas genómicas clínicas mediante la definición de variantes que son los principales contribuyentes a la enfermedad o difíciles de detectar. Su trabajo se presenta en el Journal of Molecular Diagnostics.
Las pruebas genéticas han evolucionado desde el interrogatorio de pequeños conjuntos de variantes patogénicas conocidas en uno o unos pocos genes hasta el examen de cientos o miles de genes simultáneamente mediante NGS. Para estos grandes ensayos, es logísticamente difícil (y a menudo imposible) obtener materiales de referencia de ADN genómico que contengan la gama completa de variantes y tipos de variantes necesarios para realizar un estudio de validación integral.
Puede ser un desafío para los laboratorios. mantener el conocimiento experto para identificar variantes representativas apropiadas para su inclusión en estudios de validación para asegurar la validez analítica y clínica. Además, un estudio de validación completo que utilice materiales de referencia tradicionales puede resultar costoso. La nueva lista de variantes seleccionada por expertos ayudará a abordar estas complejidades. Esto es importante porque los ensayos clínicos bien diseñados y validados pueden brindar resultados precisos y confiables a los pacientes, lo que permite diagnósticos precisos y decisiones de tratamiento apropiadas.
«Estoy muy emocionado de que podamos catalizar este importante enfoque novedoso. Eliminará un cuello de botella crítico para los desarrolladores de pruebas y puede ayudar a armonizar el desarrollo y la validación de pruebas en todos los laboratorios», dijo la investigadora codirectora Birgit Funke, Ph.D., División de Salud Genómica, Sema4, Stamford, CT, EE. UU.
Se pidió a los paneles de expertos en variantes de ClinGen que nominaran variantes clínicamente importantes en los genes que cubren. Se pidió a cada panel de expertos que nominara aproximadamente 10 variantes por área de enfermedad, incluidas las variantes patógenas que son las que más contribuyen a la enfermedad, así como las variantes que pueden representar posibles desafíos analíticos para los laboratorios. En general, se identificaron 546 variantes únicas en 84 genes. Las variantes nominadas causan una amplia gama de enfermedades, muchas de las cuales son comúnmente analizadas por NGS, incluidos cánceres hereditarios, errores metabólicos congénitos, cardiomiopatía, diabetes y trastornos inmunitarios.
El registro de alelos ClinGen se utilizó para estandarizar se agregaron la nomenclatura para todas las variantes nominadas y los ID de variación de ClinVar y los trastornos asociados cuando estaban disponibles. La Administración de Alimentos y Medicamentos (FDA) ha reconocido el proceso de curación de ClinGen y sus clasificaciones resultantes como una base de datos de variantes de grado regulatorio. Las variantes seleccionadas están disponibles a través de la base de datos ClinVar del Centro Nacional de Biotecnología (NCBI) y el Repositorio de evidencia de ClinGen.
«ClinGen está entusiasmado de haber formado esta asociación con los CDC para expandir el proyecto GeT-RM con expertos- contenido curado», dijo Heidi Rehm, Ph.D., Programa de Genética Médica y Poblacional, Instituto Broad del MIT y Harvard, Cambridge; y el Centro de Medicina Genómica, Hospital General de Massachusetts, Boston, MA, EE. UU.
La FDA y las sociedades profesionales, incluida la Asociación de Patología Molecular y el Colegio de Patólogos Estadounidenses, han comenzado a reconocer los desafíos de los grandes ensayos y han respondido con una guía que permite el uso de materiales de referencia in silico (modelados o simulados por computadora) para complementar la validación y operación de pruebas clínicas. Estos recursos in silico son realmente escalables y se pueden adaptar para satisfacer las necesidades de cualquier tamaño de panel de genes, incluidos los enfoques de exoma completo/genoma completo, que se implementan cada vez más en la clínica.
«La comunidad de pruebas genéticas se ha apoyamos mucho este esfuerzo, y hemos iniciado un proyecto piloto para demostrar cómo las variantes seleccionadas identificadas como parte de este proyecto podrían usarse para crear materiales de referencia mediante mutagénesis in silico de archivos de secuenciación NGS», señaló la coautora investigadora Lisa Kalman, Ph.D., rama de informática y ciencia de datos, división de sistemas de laboratorio, CDC, Atlanta, GA, EE. UU. «El piloto examinará si los laboratorios clínicos que generaron los archivos NGS pueden detectar las variantes añadidas y demostrará un proceso general que los laboratorios pueden usar para desarrollar materiales de referencia electrónicos que se ajusten a sus propias necesidades».
GeT -RM y ClinGen continuarán colaborando para agregar a la lista de variantes actual e invitar a la comunidad genética a aportar información sobre la lista y los procesos utilizados para generarla. Visite la lista de variantes seleccionadas por expertos para el desarrollo y la validación de pruebas genómicas clínicas: un proyecto colaborativo de ClinGen y GeT-RM en https://www.clinicalgenome.org/tools/get-rm-collaborative.
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Una nueva era para la interpretación genética Más información: Emma Wilcox et al, Creación de una lista de variantes seleccionadas por expertos para el desarrollo y validación de pruebas genómicas clínicas, The Journal of Molecular Diagnostics (2021). DOI: 10.1016/j.jmoldx.2021.07.018 Información de la revista: Journal of Molecular Diagnostics
Proporcionado por Elsevier Cita: la colaboración entre CDC y ClinGen da como resultado una nueva y significativa recurso de variante genética (2021, 12 de octubre) recuperado el 29 de agosto de 2022 de https://medicalxpress.com/news/2021-10-cdcclingen-collaboration-results-significant-genetic.html Este documento está sujeto a derechos de autor. Aparte de cualquier trato justo con fines de estudio o investigación privados, ninguna parte puede reproducirse sin el permiso por escrito. El contenido se proporciona únicamente con fines informativos.