Un ensayo más fácil y rápido permite que muchos más laboratorios identifiquen variantes de COVID-19
Un valor de Ct más alto indica una carga viral más baja en las muestras con y sin resultados de los ensayos de las variantes I, II y IV que utilizan el método sin extracción. Algunas mutaciones se detectaron con menor frecuencia en muestras con menor carga viral. Crédito: Rafael RG Machado
Un nuevo estudio descubrió que los ensayos de PCR en tiempo real Novaplex SARS-CoV-2 Variant I, II y IV (de Seegene Technology) pueden detectar de manera confiable el SARS-CoV-2 en muestras de pacientes y identificar variantes conocidas de interés y preocupación. Los resultados de los ensayos de PCR fueron comparables a los del método de secuenciación de Sanger del gen de pico «estándar de oro». Los investigadores también pudieron optimizar con éxito las pruebas y reducir los costos y el tiempo de respuesta mediante el procesamiento de muestras sin extraer el ARN para las pruebas. Sus hallazgos aparecen en The Journal of Molecular Diagnostics.
«La metodología de PCR en tiempo real (RT-PCR) para la detección de variantes es accesible, rápida, más simple y precisa en comparación con la secuenciación tradicional», dijo el investigador principal Ping Ren, Ph.D., Departamento de Patología de la Universidad de Texas. Rama médica, Galveston, TX, EE. UU. «La combinación de un método de procesamiento sin extracción con la tecnología RT-PCR puede ayudar a los laboratorios sin capacidades de secuenciación a realizar un seguimiento de las variantes circulantes e investigar los efectos dependientes de las variantes sobre la eficacia del tratamiento y la gravedad de la enfermedad».
El I, II y IV Los ensayos están diseñados para detectar mutaciones genéticas asociadas con las variantes alfa, beta, delta y épsilon del SARS-CoV-2. En el momento del estudio, la variante Omicron aún no había surgido. Se extrajo el ARN de cada muestra para analizarlo mediante los ensayos Novaplex RT-PCR y la secuenciación de Sanger. Las muestras también se analizaron directamente sin extracción de ARN mediante los ensayos Novaplex.
De las 156 muestras procesadas con extracción de ARN, los ensayos de RT-PCR identificaron 109 variantes. Los resultados estuvieron 100% de acuerdo con la prueba de secuenciación de Sanger. El método sin extracción de ARN fue un 91,7 % más sensible que el método tradicional de extracción de ARN. En muestras con una carga viral más baja, los ensayos de RT-PCR sin extracción no detectaron algunas mutaciones, presumiblemente debido a concentraciones más bajas de ácido nucleico en las muestras originales.
«Un factor limitante importante para el SARS molecular- Los ensayos CoV-2 es la escasez de reactivos de extracción de ARN», explicó la coautora principal Marisa C. Nielsen, Ph.D., Departamento de Patología, Rama Médica de la Universidad de Texas, Galveston, TX, EE. UU. «La extracción convencional sigue siendo un aspecto que requiere mucho tiempo del diagnóstico molecular del SARS-CoV-2. La guía reciente de los CDC recomienda la secuenciación solo para casos con un valor de umbral de ciclo (Ct) inferior a 28, lo que indica una carga viral más alta, porque la secuenciación es menor confiable en muestras con cargas virales más bajas».
«Aunque se observó una menor sensibilidad con el método sin extracción, todavía representa una alternativa viable», agregó el Dr. Nielsen. «La secuenciación de picos sigue siendo necesaria para detectar nuevas variantes».
Los ensayos de RT-PCR se pueden adaptar para incluir genes representativos adicionales a medida que surgen diferentes variantes y permitir una detección y un control de variantes más accesibles para informar la salud pública y el tratamiento. decisiones Si bien no están incluidos en este estudio, los ensayos ahora están disponibles para identificar mutaciones específicas de Omicron.
«La determinación de la variante del SARS-CoV-2 en muestras de pacientes individuales puede ayudar a guiar el tratamiento, ya que algunas variantes son más resistentes a los regímenes de tratamiento», observó el Dr. Ren. «Sin embargo, el impacto potencial se extiende más allá de los pacientes individuales y llega al ámbito de la salud pública. Es importante rastrear la propagación de la variante como parte de la vigilancia de la salud pública debido a la transmisión dependiente de la variante, la gravedad de la enfermedad y las decisiones de tratamiento».
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La nueva prueba PCR puede identificar todas las variantes de SARS-CoV-2 en una muestra de paciente positiva Más información: Marisa C. Nielsen et al, A Comparison of Seegene Technologies Novaplex SARS – Ensayos de variantes I, II y IV de CoV-2 con secuenciación de genes Spike para la detección de variantes del coronavirus 2 del síndrome respiratorio agudo severo conocido, The Journal of Molecular Diagnostics (2022). DOI: 10.1016/j.jmoldx.2022.02.001 Información de la revista: Journal of Molecular Diagnostics
Proporcionado por Elsevier Cita: Un ensayo más fácil y rápido permite que muchos más laboratorios identificar variantes de COVID-19 (2022, 31 de marzo) obtenido el 29 de agosto de 2022 de https://medicalxpress.com/news/2022-03-easier-faster-assay-enables-laboratories.html Este documento está sujeto a derechos de autor. Aparte de cualquier trato justo con fines de estudio o investigación privados, ninguna parte puede reproducirse sin el permiso por escrito. El contenido se proporciona únicamente con fines informativos.