África contribuye con la secuenciación del SARS-CoV-2 al seguimiento de la COVID-19
ARRIBA: ISTOCK.COM, GILNATURE
Tres días después de la confirmación del primer caso de COVID-19 en Nigeria, los resultados de la secuenciación del genoma del espécimen de SARS-CoV-2 se anunciaron el 1 de marzo. Las muestras de esputo, tomadas de un consultor italiano que ingresó a Nigeria a través de Lagos el 27 de febrero antes de viajar al estado vecino de Ogun, se analizaron en el Centro Africano de Excelencia para la Genómica de Enfermedades Infecciosas (ACEGID) en la Universidad Redentor. Se convirtieron en el primer análisis del SARS-CoV-2 en África, lo que indica la contribución de los continentes al creciente cuerpo global de evidencia para comprender el comportamiento de los virus fuera de China.
Hemos pasado de ser espectadores a contribuyentes y jugadores. en el campo de la genómica de enfermedades infecciosas, Christian Happi, director de ACEGID en Ede, Nigeria, quien dirigió el esfuerzo de secuenciación, le dice a The Scientist.
Si se utiliza la herramienta para brotes de enfermedades o vigilancia de rutina, ahora tenemos la capacidad de realizar la secuenciación en el país, que tradicionalmente se ha realizado a través de colaboraciones con laboratorios fuera de los países.
Chikwe Ihekweazu, Centro de Nigeria para el Control de Enfermedades
La demostración de Nigeria de secuenciación rápida durante una emergencia sanitaria muestra que los países africanos tienen capacidades para monitorear la progresión de un brote de enfermedad infecciosa en tiempo real para comprender los patrones de transmisión, dice Chikwe Ihekweazu, director general del Centro para el Control de Enfermedades de Nigeria con sede en Abuja.
La capacidad de África para secuenciar sus propios casos de COVID-19 demuestra que los países de la región han invertido en capacidades de diagnóstico, dice Ihekweazu. Ya sea que la herramienta se utilice para brotes de enfermedades o vigilancia de rutina, ahora tenemos la capacidad de realizar secuenciaciones en el país, lo que tradicionalmente se ha hecho a través de colaboraciones con laboratorios fuera de los países, le dice a The Scientist.  ;
El Centro Africano para el Control de Enfermedades (CDC) está animando a los países que tienen la capacidad de secuenciar sus propias muestras a que lo hagan, mientras que aquellos que no pueden deben enviar sus muestras a instituciones como ACEGID, Sofonias Kifle Tessema , el jefe del programa de secuenciación genómica en Africa CDC, le dice a The Scientist.
Africa CDC dice que se han reportado 4,871 casos totales de COVID-19 en 46 países africanos con un total de 152 muertes y 340 recuperaciones al 30 de marzo. ACEGID tiene suficiente experiencia y equipo para secuenciar todos los casos confirmados de África hasta el momento, pero necesitaría más reactivos y personal adicional para soportar brotes más grandes, dice Happi. Cada secuenciación cuesta alrededor de $600 USD.
El centro obtuvo su primer equipo y personal en enero de 2014 gracias a una inversión del Banco Mundial de $8 millones de USD que formaba parte de un paquete de $165 millones para 19 instituciones de educación superior especializadas en STEM. iniciativas en ocho naciones de África occidental.
La necesidad de permitir que África contribuya a la revolución genómica y de reducir las brechas económicas y de conocimiento entre el resto del mundo y África, impulsó esta inversión, Happi dice. Quería usar tecnologías genómicas y abordar problemas de salud en África, especialmente enfermedades infecciosas y facilitar la respuesta a brotes, dice.
Mucho antes de que se produjera la epidemia de coronavirus, en 2014, la secuenciación ACEGID proporcionó el primer diagnóstico preciso del virus del Ébola en Nigeria.
La capacidad de realizar la secuenciación genómica localmente contribuir a la lucha global contra el COVID-19, dice Denis Chopera, gerente ejecutivo del programa de la Red de África Subsahariana para la Excelencia en la Investigación de TB/VIH en el Instituto de Investigación de África (SANTHE) en KwaZulu-Natal en Sudáfrica. Los virus pueden cambiar fácilmente de forma para adaptarse al medio ambiente y evadir el reconocimiento por parte del sistema inmunitario y los medicamentos, por lo que es crucial comprender todos estos aspectos de este virus, dice Chopera. Recuerde, es un virus nuevo y se sabe muy poco al respecto, agrega. SANTHE tiene la experiencia y los recursos para la secuenciación, pero no está trabajando activamente en muestras de coronavirus ya que todas las pruebas de laboratorio están siendo realizadas por el Instituto Nacional de Enfermedades Transmisibles de Sudáfrica.
La Organización Mundial de la Salud ha estado apoyando a los gobiernos africanos con la detección temprana al proporcionar miles de kits de prueba de COVID-19 a los países, capacitar a docenas de trabajadores de la salud y fortalecer la vigilancia en las comunidades, lo que resultó en que 46 países pudieran realizar pruebas de COVID-19. Hasta ahora, el número de casos en África es eclipsado por los de otros continentes.
Los primeros casos detectados en África fueron de viajeros que venían de países con brotes generalizados. El virus de Nigeria es similar a los virus que circulan recientemente en Europa, lo que es consistente con el historial de viajes del paciente con COVID-19, dice Ihekweazu sobre el primer caso.
No creo que la secuencia pueda decir Por qué hay pocos casos en África en este momento, ya que es muy probable que el clima en África sea la razón. Sin embargo, sabremos si el virus está cambiando para adaptarse al clima, lo cual es una posibilidad y esto podría resultar en más casos en el continente africano, dice Chopera a The Scientist.
Ihekweazu dice que una serie de factores diferentes pueden estar contribuyendo a la cantidad limitada de casos detectados, y la secuenciación proporcionará evidencia para mostrar si el SARS-CoV-2 está cambiando, si se adquirió durante la hospitalización y si las importaciones de otros países son sigue causando brotes o si la transmisión comunitaria está aumentando las cifras.
Para Akebe Luther King Abia, microbiólogo ambiental camerunés de la Universidad de KwaZulu-Natal en Sudáfrica, la mayor contribución que pueden hacer los científicos africanos son sus experiencias con brotes anteriores como el ébola. Después del primer brote de SARS-CoV de 2003, los científicos del continente comenzaron a buscar otros miembros de la familia de los coronavirus en los murciélagos y a desarrollar métodos para detectarlos, por ejemplo. Se capacitó al personal médico y se mejoró la infraestructura de salud para atender futuras emergencias. Tras los brotes anteriores de SARS y Ébola, Nigeria creó el Centro Nigeriano para el Control de Enfermedades y estableció una red de laboratorios dentro del país para la identificación rápida de casos.
No cabe duda de que la mayoría de los países del continente no tienen equipos sofisticados, pero el hecho de que hayan estado expuestos a numerosos brotes de enfermedades ha hecho que la mayoría de ellos estén listos con lo que tienen, le dice Abia a The Scientist.
Munyaradzi Makoni es un periodista independiente con sede en Ciudad del Cabo. Envíele un correo electrónico a makoni.munya@gmail.com y sígalo en Twitter @MunyaWaMakoni.