COVID-19 podría burlar a la ciencia a menos que el conocimiento se mantenga actualizado
Crédito: CC0 Public Domain
El virus que causa COVID-19 tiene muchas variantes, y si los científicos no se mantienen al tanto de cómo está cambiando en diferentes partes de el mundo, la prueba puede producir resultados falsos negativos.
El desarrollo de una vacuna eficaz también podría verse obstaculizado si los expertos no secuencian constantemente muestras del virus para rastrear su diversidad genética.
Estas ideas surgen de un estudio realizado por investigadores de la Facultad Rady de Ciencias de la Salud de la Universidad de Manitoba en colaboración con un laboratorio de virología de la Universidad de Concepción en Chile. El estudio se publicó en línea en mayo en PeerJthe Journal of Life and Environmental Sciences.
Los investigadores utilizaron conjuntos de datos disponibles públicamente para analizar muestras de secuenciación del genoma completo de pacientes infectados con SARS-CoV-2, el virus que causa COVID-19, antes del 27 de marzo de 2020.
Dr. Carlos Farkas, investigador postdoctoral en farmacología y terapéutica en la Facultad de Medicina Max Rady y en el Instituto de Investigación en Oncología y Hematología, es el autor principal del estudio. Está a la vanguardia del uso de herramientas novedosas en bioinformática (la ciencia de usar computadoras para analizar datos biológicos) para rastrear mutaciones del coronavirus.
El equipo de la UM fue el primero en combinar datos de secuenciación genómica de dos fuentes para detectar variantes por región geográfica. Encontraron 146 variantes diferentes, o «huellas» genéticas dejadas por el virus, en los datos de los pacientes.
«Uno de nuestros hallazgos clave fue que las muestras de Washington, uno de los estados de EE. detectado, tenía una huella bastante distintiva de cambios específicos en la secuencia viral», dijo la coautora, la Dra. Jody Haigh, profesora asociada de farmacología y terapéutica y científica sénior del Instituto de Investigación en Oncología y Hematología.
«Acerca de El 39 por ciento de las muestras del estado de Washington tenían esta huella. Las muestras asiáticas y europeas eran más diversas en términos de cambios en la secuencia viral, pero sus huellas eran claramente diferentes de las de las muestras de EE. UU.».
La prueba de laboratorio que se usa para detectar el SARS-CoV-2, dijeron Farkas y Haigh, usa pequeños fragmentos de ADN, o cebadores, que se unen a la secuencia viral y amplifican cualquier ARN/ADN viral que esté presente en la muestra del paciente.
«Estos cebadores deben coincidir exactamente con la secuencia viral para producir un positiv robusto El resultado», dijo Farkas. «Si los investigadores diseñan estos cebadores para unirse a regiones del virus que no se dan cuenta de que han cambiado en una población en particular, puede haber una amplificación deficiente y el resultado puede ser falsos negativos».
Los investigadores de la UM descubrió que algunos cambios en la secuencia viral estaban ubicados en regiones del virus donde se suponía que se unían los cebadores. «Esto puede explicar algunos de los resultados negativos falsos en las pruebas de COVID-19», dijo Haigh.
«Debido a que el SARS-CoV-2 está cambiando rápidamente, los investigadores deben conocer sus huellas virales locales actuales para para diseñar cebadores de ADN que no se unan a las regiones del virus que han cambiado. Otras regiones del virus que no muestren estos cambios deben usarse para diseñar cebadores».
Los investigadores esperan que sus resultados influirá en las pruebas de COVID-19 y el desarrollo de vacunas y destacará la importancia de la secuenciación genética frecuente de muestras en todos los países del mundo.
El equipo del estudio, en colaboración con BioXplor, una plataforma de descubrimiento de fármacos basada en datos, ha obtenido recientemente financiación de Mitacs para desarrollar nuevas herramientas de software en línea. Estas herramientas permitirán a los investigadores realizar un seguimiento continuo de los cambios en la secuencia viral y diseñar cebadores que eviten los «puntos críticos» de cambio viral.
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Una nueva cepa más infecciosa de COVID-19 ahora domina los casos globales de virus: estudio Más información: Carlos Farkas et al. Los conocimientos sobre los eventos mutacionales tempranos en el virus SARS-CoV-2 revelan efectos fundadores en todas las regiones geográficas, PeerJ (2020). DOI: 10.7717/peerj.9255 Información de la revista: PeerJ
Proporcionado por la Universidad de Manitoba Cita: COVID-19 podría burlar a la ciencia a menos que el conocimiento se mantenga actualizado (2020, julio 8) recuperado el 31 de agosto de 2022 de https://medicalxpress.com/news/2020-07-covid-outwit-science-knowledge-current.html Este documento está sujeto a derechos de autor. Aparte de cualquier trato justo con fines de estudio o investigación privados, ninguna parte puede reproducirse sin el permiso por escrito. El contenido se proporciona únicamente con fines informativos.