El mapeo de genes colónicos brinda información sobre enfermedades intestinales
Programas de expresión génica en compartimentos específicos del colon murino. Crédito: Ludvig Larsson
Usando una técnica llamada transcriptómica espacial, los investigadores del Instituto Karolinska analizaron la expresión génica en el colon del ratón y crearon un mapa que muestra dónde se expresan los genes individuales en el tejido. Cuando superpusieron datos de transcripción humana previamente conocidos en el mapa, los investigadores obtuvieron nuevos conocimientos sobre la enfermedad inflamatoria intestinal (EII). El estudio se publica en la revista Nature Communications.
El grupo utilizó una técnica conocida como transcriptómica espacial (ST) para mapear la actividad genética de células individuales en el colon murino. Según los investigadores, esta es la primera vez que alguien ha podido visualizar el panorama de la expresión génica de todo el intestino, en la salud y la recuperación después de una lesión.
«Nuestra visualización basada en la transcriptómica espacial nos permitió descubrir varios aspectos previamente desconocidos, como que el colon está dividido en más segmentos de los que se pensaba», dice el autor correspondiente del estudio, Eduardo J. Villablanca, docente del Departamento de Medicina, Solna en el Instituto Karolinska.
Cuando los resultados se combinaron con datos de transcripción conocidos de tejido humano, los científicos notaron que la ubicación de ciertas células intestinales era la misma tanto en ratones como en humanos, lo que convierte al modelo en una herramienta para comprender cómo las diferentes enfermedades, como la EII, afectan el colon. .
En un estudio anterior, el grupo de investigación de Eduardo J. Villablanca demostró que la colitis ulcerosa se puede dividir en dos subgrupos con diferentes expresiones génicas. Con referencia al nuevo mapa, pudieron demostrar que los genes de las formas más difíciles de tratar de la enfermedad se encontraron en tejidos que también estaban más dañados.
«Del mismo modo, el mapa genético se puede usar para ver en qué parte del colon están activas las células humanas, lo que puede contribuir significativamente al desarrollo de nuevos tratamientos y medicamentos», dice Villablanca.
Técnica aplicada de una manera novedosa
La transcriptómica espacial fue desarrollada en SciLifeLab por científicos del KTH Royal Institute of Technology y Karolinska Institutet. Permite la visualización de la expresión génica en el tejido. Sin embargo, para visualizar un órgano tubular largo como el colon, los investigadores detrás de este estudio aplicaron la técnica de una manera novedosa. Al enrollar el colon como un rollo suizo, lograron ajustar y mapear todo el paisaje de expresión génica de un órgano largo.
«Ahora queremos usar el mismo método para crear un atlas similar para todos los órganos digestivos, desde la boca hasta el recto», explica Villablanca. «Nuestro objetivo es crear un mapa de referencia para la expresión génica de todos estos tejidos».
Un atlas de genes de todo el órgano digestivo será útil de muchas maneras, como para explorar el vínculo entre las bacterias intestinales y la expresión de genes celulares, y para obtener una mejor comprensión de cómo las diferentes dietas afectan sus diversas funciones.
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El nuevo método divide a los pacientes con colitis ulcerosa en grupos. Más información: Sara M. Parigi et al, The space transcriptomic landscape of the healing mouse gut after Damage, Nature Communications ( 2022). DOI: 10.1038/s41467-022-28497-0 Información de la revista: Nature Communications
Proporcionado por Karolinska Institutet Cita: El mapeo de genes colónicos brinda información sobre enfermedades intestinales (2022 , 11 de febrero) recuperado el 29 de agosto de 2022 de https://medicalxpress.com/news/2022-02-colonic-gene-insights-intestinal-diseases.html Este documento está sujeto a derechos de autor. Aparte de cualquier trato justo con fines de estudio o investigación privados, ninguna parte puede reproducirse sin el permiso por escrito. El contenido se proporciona únicamente con fines informativos.