El viroma del intestino humano es estable y específico de la persona
ARRIBA: Microfotografía crioelectrónica de fagos tipo crAss, que infectan el género de microbios intestinales humanos comunes BacteroidesANDREY SHKOPOROV
Hay mucho que los científicos no saben sobre la microbiota intestinal, y cuando se trata de los virus allí presentes, saben aún menos. Para obtener más información, los investigadores han monitoreado los viromas intestinales de nueve personas durante un año completo y el de una persona durante más de dos años. Encuentran que hay muchos tipos de bacteriófagos presentes y que el viroma de cada individuo es estable a lo largo del tiempo y diferente al de los otros sujetos.
Este estudio genera una base de datos importante para los fagos en el intestino, dice Corrine Maurice, un microbiólogo de la Universidad McGill que no participó en el trabajo. Esa es una base de datos que simplemente no teníamos, y esos datos nos permitirán formular algunas hipótesis realmente geniales en el futuro. Realmente nos proporciona herramientas para . . . investigar más a fondo lo que estos fagos pueden estar haciendo por nuestra salud.
Confirma informes recientes de que no existe un viroma intestinal central compartido entre individuos adultos, lo que contrasta con el componente bacteriano de nuestro microbiota donde hay más miembros compartidos entre humanos, Evelien Adriaenssens, que estudia virus intestinales en el Instituto Quadram en el Reino Unido y no participó en el trabajo, escribe en un correo electrónico a The Scientist. Necesitamos más estudios sobre el viroma intestinal como estos para establecer una línea de base sobre cómo se ve un viroma intestinal humano sano, teniendo en cuenta las diferencias en, por ejemplo, la geografía, el origen étnico y el estilo de vida. Una vez que sabemos lo que es saludable, podemos comenzar a analizar los síndromes de enfermedades complejas. . . e identificar qué cambios en el viroma se pueden usar como marcador de enfermedad.
Andrey Shkoporov, microbiólogo del University College Cork, y sus colegas se propusieron establecer esa línea de base. Pensamos: Bueno, antes de embarcarnos en estudios comparativos del viroma en diferentes condiciones de salud, ¿por qué no observamos la estabilidad longitudinal y la variabilidad interindividual del viroma intestinal entre sujetos humanos sanos?, le dice a The Scientist.  ;
El equipo de investigación recolectó muestras fecales de 10 adultos, cuatro hombres y seis mujeres, todos los meses durante un año. De un sujeto femenino, recolectaron tres muestras adicionales en los meses 19, 20 y 26. Luego separaron las partículas virales de la materia fecal y las células y aislaron y secuenciaron los ácidos nucleicos virales.
Porque el 99 por ciento de los virus intestinales son desconocidos para la ciencia, dice Shkoporov, no fue posible confiar en las bases de datos de secuencias virales existentes para averiguar qué había allí. En cambio, los autores ensamblaron las lecturas en secuencias de ADN superpuestas, predijeron los genes codificadores de proteínas y luego intentaron detectar cualquier similitud entre las proteínas en las bases de datos con las probablemente codificadas por los largos tramos de ADN. Esto puede ayudar a tener una idea aproximada de qué tipo de virus estamos tratando, agrega Shkoporov.
Los investigadores informaron ayer (9 de octubre) en Cell Host & Microbe que los viromas individuales fueron estables durante los 12 o 26 meses del estudio y diversos, lo que significa que había muchos tipos de bacteriófagos presentes. Si bien las comunidades virales de los sujetos se mantuvieron constantes a lo largo del tiempo, el complemento de virus intestinal de cada persona se veía diferente al de los demás.
Los individuos tienen viromas muy diferentes, pero un microbioma bacteriano más estrechamente relacionado, dice Adriaenssens a El científico. Para mí, esto plantea la pregunta sobre qué bacteriófagos que no están relacionados a nivel de secuencia ocupan el mismo nicho en diferentes individuos.
El equipo también determinó que los viromas contienen una gran proporción de bacteriófagos virulentos, aquellos que destruyen sus bacterias. anfitriones con el fin de reproducirse, incluidos fagos tipo crAss y miembros de la familia Microviridae. Se ha predicho que estos dos tipos virales infectarán microbios intestinales comunes.
Uno de los siguientes pasos está desentrañando el papel funcional de los principales actores en el viroma, dice Adriaenssens . Necesitamos poder vincular los bacteriófagos con sus huéspedes y, para hacerlo, necesitamos buenos sistemas de cultivo tanto para la bacteria como para el fago y los sistemas modelo para probarlos.
Aún no sabemos cómo el viroma y el microbioma interactúan dentro del intestino humano, concuerda Lori Holtz, gastroenteróloga pediátrica de la Universidad de Washington en St. Louis, que no participó en el estudio. Estos hallazgos también podrían informar futuros estudios que investiguen el papel de los microbiomas en el desarrollo o la enfermedad, que también deberían incluir el viroma porque, aunque no sabemos exactamente cómo interactúan los dos sistemas, definitivamente hay una interacción, y necesitamos entender eso más, ella agrega.
A. Shkoporov et al., El viroma intestinal humano es muy diverso, estable y específico para cada individuo, Cell Host & Microbio, doi:10.1016/j.chom.2019.09.009, 2019.
Abby Olena es una periodista independiente que vive en Carolina del Norte. Encuéntrala en Twitter @abbyolena.