Genoma destacado: abulón negro (Haliotis cracherodii)
ARRIBA: Un abulón negro cerca de Marina, California INATURALIST.COM, ALLISONJGONG
Abulón negro (Haliotis cracherodii) fueron una vez abundante en los hábitats submareales de California, proporcionando proteínas y conchas lustrosas a los pueblos indígenas que vivieron junto a ellos durante milenios. Las pesquerías comerciales de los EE. UU. se centraron inicialmente en los parientes de los moluscos herbívoros, pero luego de la disminución de esos moluscos impulsada por la sobreexplotación, en 1968 comenzó una pesquería comercial a gran escala para el abulón negro, que a principios de la década de 1970 estaba extrayendo cientos de toneladas métricas de los animales de la costa cada año. Luego, en las décadas de 1980 y 1990, cuando el abulón negro ya estaba en declive, una devastadora enfermedad microbiana conocida como síndrome de marchitamiento mató a millones de ellos, acabando con más del 80 por ciento de la población total. Esto llevó a la Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza (UICN) a designar a la especie como en peligro crítico de extinción y desencadenó una serie de protecciones federales.
En 2020, el Servicio Nacional de Pesca Marina de EE. UU. identificó ocho acciones importantes necesarias para conservar y restaurar los animales, incluida la evaluación de la estructura genética y la diversidad de las poblaciones silvestres. Si bien se publicaron algunos estudios genéticos sobre el abulón negro, la ausencia de recursos genómicos obstaculizó una comprensión más profunda de la biología y la ecología de los animales. Por lo tanto, para ayudar en este trabajo y proporcionar nuevos conocimientos sobre estos caracoles en peligro crítico de extinción, investigadores de la Universidad de California, Santa Cruz, construyeron un genoma de calidad de referencia para la especie.
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La secuencia de 1,18 Gb, publicada el 14 de mayo en Journal of Heredity, se ensambló usando una combinación de lecturas largas Pacific Bio HiFi y cromatina Omni-C captura (que entrecruza el ADN antes de la secuenciación para obtener información genómica 3D). Usando un conjunto de genes de referencia para los metazoos, los investigadores estiman que el genoma está completo en un 97,4 por ciento; con un conjunto de genes específicos de moluscos, se estima que está completo en un 86 por ciento.
El abulón negro alguna vez abundó a lo largo de la costa de California, donde sus actividades de pastoreo desempeñaron un papel esencial en el ecosistema submareal. INATURALIST.COM, HKIBA
El genoma se suma a los cuatro genomas publicados anteriormente de otras especies de Haliotis y es el primero de un abulón en peligro crítico, señalan los autores, de hecho, de las bases de datos del NCBI más de 3200 animales genomas, señalan que solo 75 provienen de moluscos a pesar de que Mollusca es el segundo filo animal más grande.
El genoma de referencia del abulón negro será un recurso esencial para comprender la historia evolutiva de esta especie, así como para explorar sus niveles actuales de diversidad genética y el establecimiento de planes futuros de gestión y restauración, escribe el equipo en el artículo, y agrega que la secuencia debería permitir a los científicos responder preguntas clave sobre los animales, como si existen variaciones genómicas asociadas con la resistencia o la susceptibilidad al marchitamiento. síndrome y si su estructura poblacional indica barreras ecológicas a la dispersión y asentamiento que necesitan ser superadas con acciones de manejo.
Subcampeones :
Pardela balear (Puffinus mauretanicus)
Algunas estimaciones sugieren que el ave marina más amenazada de Europa, la pardela balear, se extinguirá en el próximo medio siglo si los esfuerzos de conservación no pueden revertir las fuertes disminuciones anuales de su población. Los investigadores esperan que los esfuerzos de restauración se vean favorecidos por un genoma de referencia de alta calidad (estimado en un 95,9 % completo) para la especie, publicado el 7 de mayo en Genome Biology and Evolution. El equipo usó la secuencia para reconstruir la historia demográfica de la especie, que incluye una fuerte caída en el tamaño de la población hace aproximadamente 150.000 años, coincidiendo con un período de niveles del mar muy bajos. Las futuras investigaciones en curso, utilizando un enfoque de genómica de población más potente, permitirán la reconstrucción de historias demográficas más recientes de la especie y probar las hipótesis basadas en fósiles de una pérdida reciente de población debido a la colonización humana de la isla, escriben los autores.
Avena cultivada (Avena sativa)
La avena cultivada ha sido un cereal básico en todo el mundo durante siglos, por lo que ha habido mucho interés en desarrollar genómica recursos para la especie. Desafortunadamente, el complejo genoma de las plantas contiene más de 80.000 genes, muchos más de los que tienen los humanos, dando dolores de cabeza a los genetistas. Finalmente, sin embargo, los investigadores publicaron un ensamblaje a escala cromosómica bien anotado en Nature el 18 de mayo. Los análisis que utilizaron el ensamblaje revelaron reorganizaciones genómicas pasadas a gran escala que subyacen a la reproducción alterada entre cultivares. Gracias a la secuencia, las estrategias modernas de mejoramiento, como la edición del genoma y la pirámide de genes, ahora se pueden aplicar más fácilmente en la avena para desarrollar variedades que satisfagan la creciente demanda mundial de productos derivados de la avena, escriben los autores. En resumen, concluyen que este genoma de referencia de avena hexaploide completamente anotado sienta las bases para los avances en la mejora de la avena y la biología básica de la avena y para el proyecto pangenoma en curso.
Genome Spotlight es una columna mensual para The Scientists Genetics & Genomics boletín informativo que destaca secuencias genómicas publicadas recientemente y los misterios de la vida que pueden revelar.