Genoma destacado: Edith’s Checkerspot Butterfly (Euphydryas editha)
ARRIBA: Una mariposa Ediths checkerspot ISTOCK.COM, KYEA MOFIRE
Las mariposas Ediths checkerspot se encuentran en todo el oeste de América del Norte, pero no todos se ven o actúan igual. Se han documentado docenas de formas específicas de hábitat o ecotipos de la especie, y cada uno está tan fuertemente adaptado a su entorno local que puede diferir notablemente de las poblaciones a solo 20 kilómetros de distancia.
De hecho, décadas de laboratorio y los experimentos de campo sobre la adaptabilidad de las especies, incluido el trabajo que le valió al biólogo de poblaciones de Stanford Paul Ehrlich el codiciado Premio Crafoord, indican que este pequeño lepidóptero puede hacer cambios ecológicos importantes, como cambiar de especie de planta huésped, con notable rapidez. Esto los convierte en excelentes modelos para estudiar las consecuencias de la actividad antropogénica, pero la falta de recursos genómicos ha dificultado ese trabajo. Un genoma de alta calidad para la especie, ensamblado recientemente y publicado el 25 de julio en Genome Biology and Evolution, probablemente cambiará eso.
Para construir el genoma de 0,6 Gb de la mariposa, el equipo empleó la secuenciación de lectura larga Oxford Nanopore junto con la captura de cromosomas Hi-C y el pulido de lectura corta Illumina. Eso dio como resultado un ensamblaje altamente contiguo que contiene el 97,5 por ciento de los genes de copia única esperados según una base de datos de genomas de lepidópteros publicados anteriormente. Los análisis de la secuencia revelaron 23 870 genes, 20 771 de los cuales los investigadores pudieron anotar funcionalmente.
Una mancha de ajedrez de Taylor (Euphydryas editha taylori), una de las subespecies en peligro de extinción de E. editha ISTOCK.COM, JEFFGOULDEN
Esta información finalmente permitirá a los científicos probar la base genética de la versatilidad y adaptabilidad de esta mariposa. El E. El genoma, la anotación y las descripciones funcionales de editha ahora llenan un vacío que faltaba para uno de los principales sistemas de modelos ecológicos basados en el campo en América del Norte, escriben los autores del estudio en su artículo. También debería ayudar a los esfuerzos de conservación de las subespecies de mariposas en peligro de extinción y de la especie en su conjunto, que investigaciones recientes sugieren que está en peligro debido al cambio climático.
El notothen calvo no es un pez particularmente carismático. Y como una pequeña especie antártica que generalmente se encuentra al acecho bajo el hielo, tampoco es buscada por los pescadores. Esta relativa oscuridad significaba que había una escasez de información genética disponible para la especie y sus parientes cercanos y, por lo tanto, era un gran tema de prueba para comparar los métodos de ensamblaje del genoma de novo. Entonces, para un artículo del 29 de julio en G3 GenesGenomesGenetics, los investigadores ensamblaron el genoma del pez usando tres tácticas: puramente con lecturas cortas, con una combinación de lecturas cortas y largas, y puramente con lecturas largas. Y si bien identificaron fuentes clave de error en los tres enfoques, el ensamblaje contig de lectura larga es la mejor opción actual, escriben los autores, ya que la calidad del ensamblaje resultante no tuvo comparación con la de los otros métodos.
La krait de muchas bandas es una de las serpientes más venenosas de Asia, y es famosa por causar la muerte del amado curador de la Academia de Ciencias de California y el herpetólogo Joe Slowinski. En China, la serpiente es responsable de casi 1 de cada 10 mordeduras venenosas y tiene la tasa de letalidad más alta, matando hasta un tercio de las veces. Desarrollar mejores tratamientos requiere un conocimiento profundo del repertorio de toxinas de los animales, razón por la cual los investigadores de la Academia de Ciencias de China generaron un genoma de referencia de alta calidad para la especie. La asamblea, publicada el 12 de julio en Cell Reports, reveló que la serpiente tiene un impresionante repertorio de 118 genes de toxinas de 17 familias. Nuestro B. multicinctus el ensamblaje a escala cromosómica y los datos transcriptómicos asociados proporcionan un recurso valioso para explorar el origen y la evolución de los genes del veneno, lo que permite el descubrimiento de fármacos impulsados por el veneno, escriben los autores.
Genoma Spotlight es una columna mensual de The Scientists Genetics & Boletín de genómica que destaca secuencias genómicas publicadas recientemente y los misterios de la vida que pueden revelar.
Finalistas:
Nothothen calvo ( Trematomus borchgrevinki)
Krait de muchas bandas (Bungarus multicinctus)