Genomas el mismo día
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Dos empresas competidoras pronto ofrecerán máquinas capaces de secuenciar un genoma humano en 24 horas, en lugar de semanas o meses. El martes (10 de enero), Illumina Inc. y Life Technologies Corp. anunciaron el lanzamiento de sus respectivas máquinas, cada una capaz de leer rápidamente un genoma en un solo día. y Life Technologies’ máquina lo hará por solo $ 1,000 por genoma, afirmó la compañía.
«Es emocionante», dijo la compañía. dijo John Weinstein, presidente de bioinformática y biología computacional en el Centro de Cáncer MD Anderson de la Universidad de Texas, que actualmente utiliza máquinas Illumina en su instalación central de secuenciación. «A menudo, la escala de horas a días es crítica, en lugar de semanas a meses». En la investigación básica, los genomas del mismo día acortarán el tiempo desde el experimento hasta los resultados, dijo Weinstein. En medicina, la tecnología podría informar eventos sensibles al tiempo, como elegir una terapia para un paciente con cáncer o identificar y combatir una infección…
HiSeq 2500 ILLUMINA, INC.
Hay muchas aplicaciones potenciales, estuvo de acuerdo John Quackenbush, director del Centro de Biología Computacional del Cáncer (CCCB) en el Instituto del Cáncer Dana-Farber en Boston. Hay diagnósticos para enfermedades raras. También veo una gran oportunidad en buscar diagnósticos en recién nacidos. El CCCB actualmente utiliza máquinas secuenciadoras de Illumina y Life Technologies, y estaría absolutamente interesado en agregar una de las nuevas máquinas de genoma en un día a su arsenal, dijo Quackenbush.
Illumina HiSeq 2500 permitirá a los investigadores generar 120 gigabases de datos con una cobertura de 40X, o secuenciación repetida, de un solo genoma humano de 3 gigabases en 27 horas, anunció la compañía. Es un aumento significativo en la velocidad con respecto al modelo anterior, la popular máquina HiSeq2000, que secuencia hasta 5 genomas humanos (alrededor de 600 gigabases de datos) simultáneamente durante 10 días. Pero el nuevo y ágil modelo viene con un alto precio de $ 740,000, informó Forbes .
Secuenciador de protones de iones PRNEWSFOTO/LIFE TECHNOLOGIES CORPORATION
El secuenciador de protones de iones de Life Technologies, por otro lado , tiene un precio significativamente más bajo de $149,000 y secuenciará un genoma humano completo con una cobertura de 20 a 30X en un día por solo $1,000, dijo Mauricio Minotta, vocero de la compañía. Illumina se negó a revelar el costo por genoma del HiSeq 2500.
El genoma de $ 1,000 ha sido durante mucho tiempo un hito en la genómica: el precio estimado cuando la secuenciación individualizada del genoma sería práctica para que los médicos la usen con los pacientes. Es una tremenda carrera hacia el fondo, con el costo de la secuenciación cayendo un 33 por ciento por trimestre desde 2007, dijo Quackenbush. La secuenciación se está volviendo tan barata, agregó Weinstein, que su costo pronto podría ser el menor de los gastos de investigación genómica, que incluyen el costo de adquirir muestras, prepararlas y la bioinformática posterior a la secuenciación.
Aun así, Weinstein advertido, hasta que uno vea las características de rendimiento y tenga la oportunidad de patear los neumáticos de cualquier tecnología nueva, podemos hablar de posibles ventajas pero no de realidades.
Por ahora, los científicos tendrán que esperar para tomar la decisión. máquinas a probar: el HiSeq 2500 no llegará al mercado comercial hasta la segunda mitad de 2012, y el Ion Proton no comenzará a distribuirse hasta dentro de un año.
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