Investigadores desarrollan estándares para informar puntajes de riesgo poligénico
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Los investigadores de genómica han presentado un nuevo conjunto de estándares de informes para el cálculo del riesgo de enfermedad de una persona en función de su genética perfil. Conocido como puntaje de riesgo poligénico, este número intenta cuantificar la contribución de múltiples variantes genéticas a la probabilidad de que alguien desarrolle condiciones como cáncer de mama o enfermedad coronaria. En términos generales, una sola mutación tendrá poco efecto sobre el riesgo, pero una aglomeración de mutaciones podría aumentar las probabilidades. Los nuevos estándares tienen como objetivo codificar la forma en que los investigadores informan sobre su trabajo sobre las puntuaciones de riesgo poligénico para que este trabajo sea comprensible y útil para otros.
El marco que se ha propuesto aquí proviene de grupos muy respetables. . . quienes realmente se han sentado y pensado en cómo definimos los términos del campo. Esto es lo que encuentro muy emocionante al respecto, dice Eimear Kenny, director del Instituto de Salud Genómica de la Escuela de Medicina Mount Sinai. El trabajo es un esfuerzo conjunto del Grupo de Trabajo de Enfermedades Complejas de ClinGen en los Estados Unidos y los administradores del Polygenic Score Catalog en Europa, que son esfuerzos dirigidos por voluntarios expertos para catalogar el vínculo entre la variación genética y el riesgo de enfermedad.
Los nuevos estándares se publicaron en Nature el 10 de marzo. Los autores informan que ha habido más de 900 publicaciones sobre puntajes de riesgo poligénico en la última década, estimulando su esfuerzo por codificar las mejores prácticas. Aunque los estándares apuntan principalmente a mejorar la claridad en la forma en que los investigadores se comunican entre sí sobre las puntuaciones de riesgo poligénico, el objetivo a largo plazo es incorporar este conocimiento en la forma en que los médicos atienden a sus pacientes.
Muchos artículos . . . Realmente no teníamos la información que necesitábamos para comprender realmente los detalles, los matices y el contexto de estos puntajes, dice Genevieve Wojcik, epidemióloga genética de la Escuela de Salud Pública Johns Hopkins Bloomberg y autora correspondiente de los artículos. Era realmente imposible saber: ¿es esta una buena partitura? ¿Una mala puntuación? ¿A quién va dirigido?
El semillero de las puntuaciones de riesgo poligénico son los estudios de asociación del genoma completo, cuyo objetivo es establecer conexiones entre las variantes genéticas y numerosos rasgos humanos, desde el comportamiento hasta la enfermedad, entre la población estudiada. Esto requiere muestras a nivel de población y, hasta la fecha, dicho trabajo generalmente se ha realizado entre personas con raíces en Europa.
Los autores definieron el número mínimo de detalles necesarios para que cualquier artículo que informe sobre puntajes de riesgo poligénico sea completa, comprensible y reproducible. Estos 22 elementos incluyen documentar si un estudio tiene como objetivo desarrollar o validar una puntuación de riesgo poligénico, la demografía de los participantes, cómo se capturaron los datos genéticos y los métodos estadísticos utilizados para desarrollar o validar la puntuación de riesgo.
Los estándares también pida a los investigadores que proporcionen información suficiente para que otros reproduzcan su trabajo. Ha habido un gran movimiento en los últimos años hacia la transparencia y la reproducibilidad en casi toda la ciencia, dice Wojcik.
Una puntuación de riesgo poligénico no es una predicción diana del riesgo de una persona de desarrollar una enfermedad, enfatiza la epidemióloga Susan Neuhausen del City of Hope Cancer Center en el sur de California, sino un elemento más en un perfil de riesgo que también podría incluir antecedentes familiares, exposición ambiental a toxinas o factores como el nivel de azúcar o colesterol en la sangre de una persona. Teniendo en cuenta esas advertencias, Neuhausen, que estudia los determinantes genéticos del cáncer de mama en mujeres latinas, dice que cree que las puntuaciones de riesgo poligénico pueden ser útiles y que los nuevos estándares son útiles para avanzar en la comprensión entre las comunidades científica y médica de lo que significa una puntuación de riesgo poligénico .
No ha habido suficientes detalles y estándares para saber que muchos de estos puntajes de riesgo poligénico son válidos o no, dice Neuhausen.
Wojcik señala que estos son informes no vinculantes recomendaciones, pero dice que seguirlas mejorará la utilidad de la investigación sobre las puntuaciones de riesgo poligénico.
Las puntuaciones de riesgo poligénico no son algo nuevo, pero el entusiasmo por ellas ha despegado en los últimos tres o cuatro años, dice Kenny, quien ha colaborado con Wojcik pero no estuvo involucrado en el proyecto. Kenny dice que el poder computacional para derivar puntajes de riesgo poligénico a escala ha madurado en los últimos años, por lo que es más importante que nunca tener estándares claros sobre cómo informar y comprender los puntajes. Ella dice que la conversación sobre los puntajes de riesgo poligénico se ha ampliado mucho más allá de los genetistas para ahora incluir campos como la antropología y la informática, lo que hace que una comprensión compartida de los términos sea esencial.
Un elemento de datos sugerido en los nuevos estándares es el ascendencia de los participantes del estudio. Está muy claro que la gran mayoría de estos [puntajes de riesgo poligénico] se han desarrollado en personas de ascendencia europea, dice Neuhausen, y señala que estos puntajes pierden su valor predictivo para las personas con la mayor divergencia genética de las muestras de origen. Los puntajes de riesgo existentes son razonablemente efectivos para las latinas que ella estudia, dice Neuhausen, pero menos efectivos en los grupos asiáticos y particularmente pobres en las personas de ascendencia africana. Para abordar esto, señala Kenny, el Instituto Nacional de Investigación del Genoma Humano de EE. UU. planea financiar un Consorcio de Diversidad de Puntuación de Riesgo Poligénico este año.