Investigadores desarrollan un nuevo software para el análisis de datos multiplexados de imágenes de tejidos

Imagen IMC de un cáncer colorrectal humano obtenida con SIMPLI. En un círculo se encuentra una región con alta densidad de células T CD8 citotóxicas y macrófagos resintiendo antígenos. Magenta = tumor; rojo = CD8; cian = B2M; verde = CD68; azul = CD74. Crédito: Lucia Montorsi

Un equipo de investigadores de las Escuelas de Cáncer y Ciencias Farmacéuticas e Inmunología y Ciencias Microbianas del King’s College de Londres y el laboratorio de Biología de Sistemas del Cáncer en el Instituto Francis Crick, dirigido por la profesora Francesca Ciccarelli, han publicado un nuevo artículo que muestra software novedoso para el análisis de datos de imágenes de tejidos complejos.

Las tecnologías de imágenes multiplexadas recientemente desarrolladas, como la citometría de masas de imágenes (IMC), permiten la investigación detallada de la composición de las células de los tejidos que son de particular valor para mapear las características de la enfermedad a nivel del tejido y predecir el resultado de las terapias que dependen del entorno del tejido. , como la inmunoterapia contra el cáncer. Estas técnicas generalmente producen grandes cantidades de datos de gran dimensión que son difíciles de analizar y, a menudo, requieren múltiples herramientas y usuarios con experiencia en computación.

SIMPLI (identificación de una sola celda a partir de imágenes multiplexadas) es un software flexible que unifica todos pasos de análisis de datos de imágenes multiplexados, proporcionando una alternativa mejorada al análisis de datos de imágenes de alta dimensión también para no especialistas. SIMPLI realiza un análisis de una sola célula con resolución espacial de cada portaobjetos de tejido, así como cuantificaciones independientes de la célula de la expresión del marcador para investigar características indetectables a nivel celular. También produce salidas tabulares y gráficas que facilitan la inspección visual de los resultados en cada paso del análisis.

«Cuando empezamos a trabajar con datos IMC de alta dimensión hace un par de años, no había muchas herramientas para su análisis. Ha sido muy divertido desarrollar nuestra propia herramienta gracias al talento de Michele Bortolomeazzi, estudiante de doctorado financiada por el Centro CRUK KHP, y aprovechando la vasta experiencia en histología de tejidos del profesor Jo Spencer», dijo la profesora Francesca Ciccarelli.

Para probar el rendimiento y versatilidad de SIMPLI, los investigadores analizaron imágenes que se habían obtenido con diferentes tecnologías de imágenes, incluida, entre otras, IMC, y eran diversas en origen, tamaño y resolución.

King’s College London ha sido uno de los primeros Instituciones en Europa para albergar un citómetro de masas de imágenes Helios, que está disponible en la plataforma de citometría de flujo BRC.

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Nueva tecnología de biopsia para analizar múltiples biomarcadores de tejido tumoral Más información: Michele Bortolomeazzi et al, A SIMPLI (Single-cell Identification from MultiPLexed Images) enfoque para tejido espacialmente resuelto fenotipado con resolución unicelular, Nature Communications (2022). DOI: 10.1038/s41467-022-28470-x Información de la revista: Nature Communications

Proporcionado por King’s College London Cita: Investigadores desarrollan un nuevo software para el análisis de datos de imágenes de tejidos multiplexados (2022, 9 de febrero) recuperados el 29 de agosto de 2022 de https://medicalxpress.com/news/2022-02-software-analysis-multiplexed-tissue-imaging.html Este documento está sujeto a derechos de autor. Aparte de cualquier trato justo con fines de estudio o investigación privados, ninguna parte puede reproducirse sin el permiso por escrito. El contenido se proporciona únicamente con fines informativos.