La secuenciación de virus respiratorios proporciona nuevos conocimientos sobre coinfecciones, propagación viral y COVID
Dr. Ravindra Kolhe. Crédito: Michael Holahan, Universidad de Augusta
Con el uso de mascarillas y el distanciamiento social en declive y la temporada de resfriados y gripe acercándose, los investigadores han desarrollado un panel viral que permite la prueba simultánea de SARS-CoV-2 junto con numerosas enfermedades respiratorias comunes. virus, que nos dice si otros virus también están en juego en pacientes muy afectados por COVID.
Esta nueva herramienta de epidemiología genética que proporciona información genética detallada sobre los virus presentes cuando se empaqueta con un modelo de inmunología molecular llamado Nextstrain también permite a los investigadores evaluar las nuevas variantes virales que circulan en un estado o nación y los patrones para su propagación con el objetivo de ayudar a predecir y mitigar futuros brotes, dice el Dr. Ravindra Kolhe, director del Laboratorio Esotérico y Molecular de Georgia, o GEM Lab, en el Colegio Médico de Georgia en la Universidad de Augusta.
Déficits en SARS-CoV -2 monitorear y controlar otros virus respiratorios co-circulantes ha sido un desafío para la salud pública durante la pandemia, informan Kolhe y sus colegas en la revista Viruses.
La coinfección es una realidad, dice Kolhe con estos virus respiratorios que sin darnos cuenta transmitimos a través del aire cuando tosemos, estornudamos e incluso hablamos, particularmente cuando estamos en lugares cerrados durante largos períodos como hospitales, hogares de ancianos, escuelas y potenci aliado incluso en nuestro lugar de trabajo.
Otra realidad es que las coinfecciones pueden tener el efecto combinado de empeorar los síntomas y los resultados, al igual que todos hemos escuchado que pueden hacer las enfermedades comórbidas como la diabetes y la hipertensión, dice.
Particularmente cuando los pacientes no están bien, buscar otros virus respiratorios con el nuevo panel podría ayudar a comprender por qué y posiblemente nuevas direcciones sobre cómo ayudar, dice. El panel más amplio es más costoso que las pruebas directas de COVID, que seguirán siendo la prueba de primera línea en esta pandemia, predice Kolhe.
Si bien la temporada de resfriados y gripe fue esencialmente un lavado el año pasado debido a las precauciones de COVID como la máscara de hecho, la tasa de coinfección en el grupo que estudiaron era inferior al 1%, él y otros están preocupados de que la temporada de resfriados y gripe que ahora se avecina sea muy diferente, incluso con las iniciativas de vacunación tanto para el COVID como para la gripe.
» Nos preocupa que debido a que la mayoría de nosotros ya no usamos máscaras o distanciamiento social y en su mayoría hemos reanudado nuestros horarios normales, una consecuencia será más coinfecciones», dice Kolhe. «Creemos que esta es una buena herramienta para tenerla lista cuando llegue la temporada de gripe y resfriados».
Trabajando con la empresa de biotecnología Illumina, con sede en San Diego, los investigadores desarrollaron un panel de 41 virus que incluye cuatro virus comunes los coronavirus humanos que han estado causando resfriados en las personas durante años, así como el SARS-CoV-2, y otros jugadores como el RSV, el virus respiratorio sincitial, que también causa un resfriado típicamente leve, y más de una docena de virus de influenza.
Examinaron 483 muestras de pacientes, en su mayoría tomadas con un hisopo nasofaríngeo, así como una docena de muestras de saliva, que habían dado positivo por SARS-CoV-2 en todo el estado de Georgia entre junio de 2020 y finales de diciembre.
Las pruebas estándar de SARS-CoV-2 utilizan la reacción en cadena de la polimerasa, o PCR, que puede indicarle si el virus está presente, pero la técnica que utilizan para el panel en realidad secuencia el genoma viral, lo que permite la detección de variantes. como la variante Delta potencialmente más mortal, que ha sido noticia en los últimos meses.
También detalla los cambios en la región conservada más grande del virus que ocurren esencialmente cada vez que se multiplica, lo que indica que ha encontrado un organismo huésped, como un ser humano. Si bien esos pequeños cambios en la región conservada del virus no afectan el resultado clínico, proporcionan una especie de sello genómico del origen del virus, dice Kolhe, mientras observa la visualización interactiva de un individuo en Augusta con 10 pero cambios benignos en la región conservada, cambios que aparecen a continuación en unas 100 personas infectadas en Savannah.
«No hay coincidencia molecular de que exactamente la misma secuencia vaya a aparecer en Savannah», dice. . «Esta es una forma de identificar el punto de partida, ver cómo el movimiento de las personas realmente mueve el virus con ellos y qué condados se verán afectados».
La firma molecular única también es una forma de saber qué casos no están conectados. Una de las preguntas que quiere responder es cuando esta iteración del virus infecta a otra persona, ¿experimenta más de estos cambios?
Esta imagen de microscopio electrónico de barrido muestra el SARS-CoV-2 (amarillo), también conocido como 2019-nCoV, el virus que causa el COVID-19 aislado de un paciente, que emerge de la superficie de las células (azul/rosa) cultivadas en el laboratorio. Crédito: NIAID-RML
El modelo de visualización interactiva que utilizan para ver cómo se desarrolla la propagación viral también puede rastrear el movimiento de variantes, como Delta, que sí tienen consecuencias clínicas directas, como el grado de contagio y la enfermedad resultante.
Kolhe señala que parte del movimiento humano puede ocurrir antes de que el individuo se dé cuenta de que es positivo.
Saber con precisión qué virus están presentes es importante porque, si bien hay algo en común entre los virus respiratorios, los tratamientos tienden a ser diferente, pero no hay muchos datos cruzados sobre cuánto hasta la fecha, dice Kolhe. Como ejemplos, ¿qué sucede si un paciente con COVID-19 que está coinfectado con un virus de la gripe recibe tratamiento con anticuerpos monoclonales, anticuerpos artificiales que se dirigen al virus o corticosteroides que ayudan a reducir la respuesta hiperinmune que puede destruir los pulmones en un proceso llamado tormenta de citoquinas. Existe alguna evidencia de que los anticuerpos monoclonales y los corticosteroides también pueden ser efectivos para algunas gripes, pero quedan muchas preguntas, como qué sucede cuando los anticuerpos monoclonales se fabrican específicamente para el virus COVID. Existe alguna evidencia de que las vacunas contra la gripe y la COVID no parecen tener una protección superpuesta.
Se sabe que los virus respiratorios están presentes en pares, por ejemplo, el rinovirus común junto con otra causa de la el resfriado común, incluidos algunos otros coronavirus comunes, pueden aumentar la miseria relacionada, como secreción nasal, dolor de cabeza y tos, según los Centros para el Control y la Prevención de Enfermedades.
Además, si bien puede hacerse la prueba del virus responsable para su gripe, muchas veces los pacientes no se someten a pruebas y el SARS-CoV-2, junto con lo que parece ser una de las temporadas de resfriados y gripe más leves desde que se iniciaron los sistemas de informes de datos actuales en 1997, ha disminuido aún más la posibilidad de que eso suceda en los últimos tiempos, Kolhe dice.
La Universidad de Stanford informó a fines de marzo de 2020 que aproximadamente 1 de cada 5 personas con COVID-19 también estaban infectadas con otros virus respiratorios y que 1 de cada 10 personas con síntomas de enfermedad respiratoria diagnosticada con una infección respiratoria común vi rus también fueron coinfectados con el virus COVID-19, SARS-CoV-2. También se producen coinfecciones por bacterias y hongos.
Si bien se ha aprendido mucho sobre el SARS-CoV-2 en los últimos dos años, no hay suficiente documentación sobre las variaciones en el genoma del virus, algunas de las cuales contribuyen a cómo actúa el virus y poca información sobre otros virus que coinfectan a las personas, dice Kolhe.
El nuevo estudio muestra que la epidemiología genómica es esencial para predecir la transmisión de enfermedades y los patrones de transmisión, incluido el potencial para reconocer un probable resurgimiento, escriben los investigadores.
Sus hallazgos incluyeron la identificación de qué versión del virus prevalecía más al comienzo de la pandemia en Georgia: el clado del linaje B del pangolín.
Coautores en el estudio incluyen al experto en gripe Dr. Ted Ross, director del Centro de Vacunas e Inmunología y Georgia Research Alliance Eminent Scholar y profesor de enfermedades infecciosas en la Universidad de Georgia, y el Dr. Justin Bahl, profesor asociado en el centro con experiencia en ecología de enfermedades, modelado y enfermedades infecciosas y virología. Ross dirige uno de los nuevos Centros Colaborativos de Innovación de Vacunas contra la Influenza, una iniciativa financiada por los Institutos Nacionales de Salud para desarrollar una vacuna de dosis única que pueda proteger contra múltiples cepas del virus de la influenza.
Los virus respiratorios se pueden propagar por contacto, como darse la mano o tocar una superficie donde está presente el virus y luego tocarse la nariz, la boca o los ojos, dice el CDC. Tanto el virus del resfriado como el de la gripe están esencialmente siempre presentes, pero el otoño y el invierno generalmente se consideran temporada de gripe y desde finales de agosto hasta principios de la primavera es el mejor momento para los resfriados, dice el CDC. Y, aquellos con condiciones de salud subyacentes, que son mayores o están embarazadas se consideran en mayor riesgo de enfermedades graves y complicaciones tanto de COVID-19 como de la gripe.
Los CDC utilizan de forma rutinaria Nextstrain para predecir mejor qué los virus de la gripe se verán en una próxima temporada, por lo que las vacunas pueden dirigirse mejor a ellos y a las áreas probables de mayor impacto.
El panel que Kolhe y sus colegas ya desarrollaron está disponible para otros investigadores a través de Illumina. También está disponible el proceso de validación de la eficacia del panel.
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La microbiota nasal contiene pistas sobre quién desarrollará síntomas del SARS-CoV-2 Más información: Nikhil S. Sahajpal et al, High-Throughput Next-Generation Sequencing Respiratory Viral Panel: una herramienta de diagnóstico y epidemiológica para el SARS-CoV-2 y otros virus, virus (2021). DOI: 10.3390/v13102063 Proporcionado por Medical College of Georgia en la Universidad de Augusta Cita: La secuenciación de virus respiratorios proporciona una nueva perspectiva sobre coinfecciones, propagación viral y COVID (2021, 1 de noviembre) recuperado el 29 de agosto de 2022 de https:/ /medicalxpress.com/news/2021-11-sequencing-respiratory-viruses-insight-coinfections.html Este documento está sujeto a derechos de autor. Aparte de cualquier trato justo con fines de estudio o investigación privados, ninguna parte puede reproducirse sin el permiso por escrito. El contenido se proporciona únicamente con fines informativos.