La secuenciación del genoma nos dice que el brote de Auckland es un grupo único, excepto por un caso
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La secuenciación del genomamapa de las secuencias genéticas del virus de casos confirmados de COVID-19 en un intento por rastrear su propagación ahora es una parte integral de la respuesta al coronavirus de Nueva Zelanda. Proporciona mayor certeza en la identificación de grupos y ayuda a centrar las investigaciones de los rastreadores de contactos.
A diferencia del primer brote, durante el cual solo 25 de las más de 1000 muestras positivas habían sido secuenciadas genéticamente a mediados de abril, los resultados de la secuenciación del genoma ahora están disponibles de la noche a la mañana y, a veces, incluso el mismo día. Esto permite a las autoridades sanitarias inferir una conexión entre los casos o identificar fuentes potenciales de infección mucho más rápido que antes.
Hasta ahora, la técnica ha confirmado que la segunda ola de casos de Auckland son todos parte del mismo grupo, excepto para un caso identificado el martes que contrajo el virus a través de la exposición a un viajero que regresó de los Estados Unidos.
Pero a pesar de que nuestro conocimiento mejora rápidamente, todavía no sabemos cómo y dónde comenzó el brote actual.
La secuenciación del genoma resulta útil para comprender el grupo
Ahora hay 87 casos confirmados en el nuevo grupo de Auckland. Todos están en cuarentena, junto con algunos de sus contactos cercanos.
La tecnología de secuenciación ha demostrado su valor de tres maneras distintas desde que se confirmó este nuevo brote la semana pasada.
Primero, identificó un nuevo caso sin vínculos con el clúster comunitario actual. Un trabajador de mantenimiento en el centro de aislamiento administrado por el Hotel Rydges dio positivo el domingo. Para el martes, los resultados de la secuenciación mostraron que este caso no formaba parte de un grupo más amplio, sino que las secuencias genéticas coincidían con las de un repatriado estadounidense que se había alojado en el Rydges antes de dar positivo y ser trasladado a cuarentena.
Sin la secuenciación rápida del genoma, los rastreadores de contactos habrían dedicado un esfuerzo considerable a buscar un vínculo con el grupo conocido. En cambio, su trabajo ahora se centra en descubrir cómo se infectó el trabajador y si hay casos intermedios.
En segundo lugar, la secuenciación del genoma también ha demostrado que todos los demás casos hasta ahora son parte de un solo grupo. Esto se esperaba principalmente en base a los vínculos físicos establecidos, pero la confirmación genética es, sin embargo, valiosa.
El rastreo de contactos arroja una red amplia. Si un caso conocido ha visitado una escuela, una iglesia o un gran lugar de trabajo, es posible que cientos de personas deban hacerse la prueba. La evidencia genómica puede decirnos si alguno de esos contactos que luego dan positivo son parte del mismo grupo o si se infectaron en otro lugar. Cuando miramos hacia atrás a la primera ola de infecciones, se demostró que varios de los casos que se asignaron al mismo grupo no estaban relacionados genéticamente después de todo, lo que demuestra que el rastreo de contactos por sí solo no es a prueba de fallas.
Tercero , hubo algunos casos en los que el rastreo de contactos produjo solo vínculos inciertos entre personas, pero la secuenciación confirmó que eran parte del mismo grupo.
Buscando una fuente
Hasta ahora, la genómica nos ha brindado mucha información valiosa sobre la ronda actual de infecciones en Nueva Zelanda. Pero no ha establecido la fuente última de este brote de segunda ola. Sin embargo, ha arrojado algunas pistas.
Indica que el grupo actual proviene del llamado linaje B.1.1.1, documentado con mayor frecuencia en el Reino Unido pero encontrado más recientemente en Europa, Australia y Sudáfrica. . Este linaje se ha visto una vez antes en Nueva Zelanda, en un par de casos a mediados de abril que estaban en aislamiento controlado en Auckland.
Esto apunta a dos escenarios posibles. O la segunda ola se debe a una reciente incursión fronteriza de un país donde se ha transmitido este linaje viral. O, alternativamente, es el resultado de la transmisión en curso en Nueva Zelanda a partir del par identificado en abril.
Abordemos cada uno por turno, comenzando con la reciente teoría de la incursión fronteriza.
El virus puede transmitirse en instalaciones de aislamiento gestionadas, como subraya el reciente caso del hotel Rydges. Alrededor del 40% de los casos que se encuentran en instalaciones gestionadas no tienen secuencia del genoma disponible porque la muestra contiene muy poco material viral. Esto generalmente indica una carga viral baja (y un bajo nivel de infecciosidad), pero no descarta la transmisión. La fuente puede estar entre uno de estos casos.
Tampoco podemos descartar la posibilidad de que un caso en aislamiento controlado o en otro lugar en la frontera no haya sido detectado. Incluso se espera que las pruebas dos veces (actualmente en los días tres y 12 de cuarentena) pasen por alto al menos el 4% de los casos, según una tasa de falsos negativos que es, en el mejor de los casos, del 20%. Esta alta tasa de falsos negativos es una razón para insistir en 14 días de aislamiento.
A continuación, veamos la posibilidad de transmisión continua en Nueva Zelanda desde el primer brote. Con una coincidencia genómica cercana encontrada, no podemos descartar por completo esta posibilidad. Pero la teoría también depende de algunas suposiciones poco probables: que la infección se filtró del aislamiento administrado, se transmitió sin ser detectada durante unas 15 generaciones hasta que finalmente se encontró y mutó con bastante lentitud durante ese período.
Esto suena muy diferente al virus virulento y de rápida propagación que creemos conocer, aunque también es cierto que las etapas iniciales de crecimiento de un brote pueden ser lentas.
Lo ideal sería calcular con precisión la probabilidad de cada escenario. Pero aun así, la transmisión reciente a través de la frontera es claramente más probable, dada la presencia de esta cepa en todo el mundo y la ausencia de casos intermedios que vinculen la primera y la segunda ola de Nueva Zelanda.
Incluso tratando de determinar la país de origen es difícil. Muchos linajes, incluido B.1.1.1, tienen una amplia difusión mundial. Podemos entender el alcance de la propagación utilizando GISAID, la base de datos global en la que se comparten los genomas virales. Pero dado que diferentes países tienen esfuerzos de secuenciación radicalmente diferentes (de los 81 000 genomas en GISAID, 35 000 son solo del Reino Unido), encontrar un vínculo con un país podría indicar simplemente que ese país ha realizado muchas secuencias. Un enfoque que combine datos genómicos con datos sobre todas las llegadas internacionales podría ser más fructífero.
Cualquiera que sea la fuente, podemos animarnos con la respuesta de Nueva Zelanda a esta primera transmisión comunitaria conocida desde la epidemia original. Los nuevos sistemas para comprender la epidemia han entrado en acción y rápidamente han demostrado su valía.
La secuenciación de genomas virales se ha convertido en parte de la tubería para ayudar al rastreo de contactos. Las secuencias resultantes serán útiles para la ciencia mucho más allá de la respuesta inmediata, ya que buscamos desarrollar una comprensión más profunda de este virus y de las epidemias en general.
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Este artículo se vuelve a publicar de The Conversation bajo una licencia Creative Commons. Lea el artículo original.
Cita: La secuenciación del genoma nos dice que el brote de Auckland es un solo grupo excepto por un caso (2020, 21 de agosto) recuperado el 31 de agosto de 2022 de https://medicalxpress.com/news/2020- 08-genome-sequencing-auckland-outbreak-clusterexcept.html Este documento está sujeto a derechos de autor. Aparte de cualquier trato justo con fines de estudio o investigación privados, ninguna parte puede reproducirse sin el permiso por escrito. El contenido se proporciona únicamente con fines informativos.