Los anticuerpos defectuosos socavan la investigación generalizada

ARRIBA: ISTOCK, ANUSORN NAKDEE

La capacidad de los anticuerpos de investigación para unirse a sus proteínas de interés, o a las etiquetas peptídicas adheridas a dichas proteínas, puede variar según sobre los aminoácidos particulares que rodean los sitios de unión objetivo o modificaciones a esos sitios, según informes publicados el martes (28 de enero) en Science Señalización. En algunos casos, tales anticuerpos incluso reaccionan de forma cruzada con otras proteínas, advierten los autores.

Estos documentos, como otros, indican claramente que incluso los anticuerpos disponibles comercialmente necesitan evaluaciones exhaustivas para los propósitos respectivos para los que serán utilizado, el farmacólogo Thomas Wieland de la Universidad de Heidelberg, que no participó en los artículos, escribe en un correo electrónico a The Scientist

Anticuerpos, proteínas que se unen con alta afinidad y especificidad a las moléculas diana , son una de las herramientas más utilizadas para estudiar la biología de las proteínas. Algunos se han producido para reconocer proteínas particulares de interés, mientras que otros reconocen cadenas peptídicas cortas (etiquetas) que se fusionan con proteínas para permitir la detección o el aislamiento.

Pero estos anticuerpos no siempre se unen como se esperaba, ya que un número de artículos recientes han destacado. Aún así, el problema sigue apareciendo porque las personas no siguen las instrucciones para la validación, dice el patólogo David Rimm de la Facultad de Medicina de Yale, que no formó parte del equipo de investigación. [Los investigadores] no se lo toman lo suficientemente en serio, dice, y explica que todavía hay datos de experimentos con anticuerpos no validados publicados en la literatura.

La gente necesita saber el peligro asociado al uso de anticuerpos, y si no quiere que sus anticuerpos lo engañen, debe validarlos.

Egon Ogris, Universidad Médica de Viena

Egon Ogris de la Universidad Médica de Viena, quien dirigió los dos nuevos estudios, está igualmente frustrado, y después de que se preocupó por un anticuerpo comercial específico que se usa comúnmente, se sintió obligado a examinar el problema con más profundidad, como un servicio a la comunidad, dice.

Ogris estudia la proteína fosfatasa 2 (PP2A), una enzima de múltiples subunidades expresada de forma ubicua implicada en numerosas funciones celulares e implicada en enfermedades como el cáncer y la neurodegeneración.  Para examinar una subunidad particular de la enzima, él y un compañero de trabajo agregaron a la subunidad la etiqueta de péptido Myc comúnmente utilizada. Pero, debido a que usaron diferentes enzimas para insertar las etiquetas, obtuvieron dos versiones de la subunidad etiquetada que diferían en solo unos pocos aminoácidos en la región que une la etiqueta con la proteína, explica Ogris.

Cuando los investigadores utilizaron un anticuerpo dirigido a Myc disponible comercialmente llamado 9E10 para detectar las dos subunidades PP2A etiquetadas sutilmente diferentes, una versión de la proteína produjo una señal clara y agradable, dice Ogris, y la otra apenas era visible.

La única diferencia fueron estos cuatro o cinco aminoácidos, dice Ogris, lo que sugiere que esta fue la causa de que 9E10 no reconociera la etiqueta. Para investigar, su equipo produjo su propio anticuerpo Myc, el 4A6 ahora disponible comercialmente, y demostró que, a diferencia del 9E10, este reactivo podía unirse igualmente bien a ambas etiquetas y producir señales de fuerza similares en ambas muestras. El equipo pasó a examinar otros cuatro anticuerpos Myc disponibles comercialmente y descubrió que todos menos uno exhibían una afinidad de unión variable por la etiqueta Myc dependiendo de las secuencias de aminoácidos circundantes.

Los hallazgos indican que cómo y dónde un investigador adjunta una etiqueta Myc a una proteína podría influir en la detección. El anticuerpo puede indicar una expresión alta o baja, aunque la proteína en realidad puede expresarse en niveles iguales, dice Ogris, lo que en realidad es una catástrofe si lo piensas bien.

En su segundo estudio, Ogris y sus colegas examinó los anticuerpos que se dirigen directamente a la subunidad catalítica de PP2A. Existen varios de estos anticuerpos, pero existía la preocupación de que la metilación de la subunidad necesaria para que la enzima llevara a cabo su función de eliminar grupos fosfato de ciertas moléculas interfiriera con la capacidad de unión de los anticuerpos. De los cuatro anticuerpos probados por el equipo, todos menos uno mostraron una afinidad drásticamente reducida por la versión metilada de la proteína. Lo que es más alarmante, los mismos tres anticuerpos mostraron una afinidad débil por la fosfatasa PP4 relacionada pero completamente separada.

Todos los anticuerpos probados están disponibles comercialmente y uno (1D6) forma parte de un kit de ensayo de actividad PP2A ampliamente utilizado. Debido a sus hallazgos, Ogris aconseja a otros investigadores de PP2A que no utilicen el kit.

Rimm expresó su preocupación acerca de los científicos que esperan que las empresas que venden los anticuerpos realicen la validación por ellos. En última instancia, la motivación del proveedor [es] . . . aumentar el valor de los accionistas. Por lo tanto, no siempre les conviene hacer validaciones enérgicas, dice. Por el contrario, la motivación del científico es hacer ciencia, y si queremos hacer buena ciencia tenemos que estar seguros de que todos nuestros reactivos nos están dando los valores esperados y son reproducibles.

En definitiva, la gente necesita saber el peligro asociado al uso de anticuerpos, dice Ogris, y si no quiere ser engañado [por sus anticuerpos] . . . entonces debe validarlos.

Para obtener una guía sobre cómo validar sus propios anticuerpos, comerciales o de otro tipo, consulte aquí.

S. Schuchner et al., El anticuerpo monoclonal 9E10 de etiqueta Myc muestra un reconocimiento de epítopos muy variable que depende del contexto de la secuencia vecina, Sci. Signal., 13, eaax9730, 2020.

IE Frohner et al., Los anticuerpos que reconocen el extremo C terminal de la subunidad catalítica de PP2A no son adecuados para evaluar la actividad de PP2A y la holoenzima composición, Sci. Signal., 13, eaax6490, 2020.

Ruth Williams es una periodista independiente que vive en Connecticut. Envíele un correo electrónico a ruth@wordsbyruth.com o encuéntrela en Twitter @rooph.