Crédito: Pixabay/CC0 Dominio público
Los métodos alternativos de detección viral han sido fundamentales en la lucha contra el COVID-19, ayudando a reducir la carga sobre nuestro sistema de atención médica. En un nuevo estudio publicado en Applied and Environmental Microbiology, Universidad de California, los investigadores de Irvine demuestran la eficiencia de la epidemiología basada en aguas residuales (WBE) para monitorear la presencia y la diversidad genética del SARS-CoV-2 entre otros virus en el sur de California.
Las estrategias de mitigación de la COVID-19 requieren métodos de detección precisos y asequibles para ayudar a minimizar la propagación del SARS-CoV-2. Los métodos de detección con base clínica siguen siendo el estándar de oro; sin embargo, WBE, que representa los desechos colectivos de la población humana en un lugar determinado, puede detectar patógenos virales y potencialmente servir como un sistema de detección de alerta temprana durante un brote viral. Por lo tanto, una mejor comprensión de la capacidad de WBE para detectar y rastrear con precisión los patógenos virales podría proporcionar información sobre la capacidad del sistema para servir como una herramienta valiosa en la lucha contra enfermedades infecciosas como COVID-19.
Trabajar con investigadores del Proyecto de Investigación de Aguas Costeras del Sur de California, el equipo de la UCI monitoreó las aguas residuales que representaban a 16 millones de personas en el Sur de California entre agosto de 2020 y enero de 2021.
«Cuando llegó la pandemia y nos enteramos de los esfuerzos de monitoreo de aguas residuales, Inmediatamente pensamos en la recolección de aguas residuales en nuestro laboratorio que estábamos usando para buscar fagosvirus que infectan bacterias y podrían usarse como alternativas a los antibióticos», dijo Katrine Whiteson, Ph.D., profesora asociada de biología molecular y bioquímica y co- Autor correspondiente. «Estoy orgulloso del equipo de estudiantes movilizados por Jason Rothman en nuestro laboratorio para procesar y concentrar las aguas residuales para buscar virus».
Para analizar los virus de ARN en varias cuencas de alcantarillado del sur de California, un equipo de investigación dirigido por Whiteson y Rothman, Ph.D., becario postdoctoral de la Fundación Hewitt, recolectó y analizó 94 muestras de afluentes de aguas residuales en siete plantas de tratamiento durante cinco meses. Las muestras de aguas residuales se sometieron a secuenciación metatranscriptómica y PCR digital de gotas para caracterizar los viromas de ARN y la carga viral del SARS-CoV-2.
Los investigadores encontraron que la carga viral de plantas de tratamiento de desechos específicas se correlacionaba con el promedio semanal de informó casos de COVID-19 en ese condado. Debido a que el equipo recolectó muestras longitudinalmente, confirmaron que la abundancia relativa de SARS-CoV-2 aumentó a lo largo del estudio en plantas específicas. Además, los investigadores optimizaron su técnica de purificación y detectaron variantes de un solo nucleótido del SARS-CoV-2 en ciertas muestras.
«Nuestro estudio muestra la utilidad de la epidemiología basada en aguas residuales y su importancia para ayudar a monitorear el COVID-19 en todo el mundo». Sur de California», dijo Rothman, primer autor del estudio y coautor correspondiente.
Durante el estudio, el equipo determinó que las muestras de aguas residuales eran ricas en diversidad viral, y que la mayoría de los virus infectaban las plantas. Otros virus humanos de interés siguieron siendo frecuentes durante la pandemia, incluido el norovirus. La diversidad y la composición dependían de la ubicación de la planta de tratamiento de residuos, al igual que los virus patógenos humanos como el SARS-CoV-2. El equipo sugiere que los estudios futuros continúen refinando sus métodos de preparación de muestras y un monitoreo más completo para ayudar a determinar cómo cambian los virus patógenos con el tiempo.
«Nuestro equipo pudo usar enfoques de secuenciación de vanguardia para monitorear no solo la presencia sino también la diversidad de aguas residuales que representan a 16 millones de personas en el sur de California», dijo Whiteson.
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SARS-CoV-2 en aguas residuales: Monitoreo de COVID-19 y estimación del riesgo potencial de transmisión Más información: Jason A. Rothman et al, RNA viromics of Southern California Wastewater and detección de variantes de un solo nucleótido de SARS-CoV-2., Microbiología aplicada y ambiental (2021). DOI: 10.1128/AEM.01448-21 Información de la revista: Microbiología aplicada y ambiental
Proporcionado por la Universidad de California, Irvine Cita: Supervisión del SARS-CoV-2 mediante epidemiología basada en aguas residuales (2021, 22 de octubre) recuperado el 29 de agosto de 2022 de https://medicalxpress.com/news/2021-10-sars-cov-wastewater-based-epidemiology.html Este documento está sujeto a derechos de autor. Aparte de cualquier trato justo con fines de estudio o investigación privados, ninguna parte puede reproducirse sin el permiso por escrito. El contenido se proporciona únicamente con fines informativos.