Nuevo modelo de investigadores de CHOP identifica mutaciones no codificantes en cinco cánceres pediátricos

Crédito: Pixabay/CC0 Dominio público

Investigadores del Children’s Hospital of Philadelphia (CHOP) desarrollaron un nuevo algoritmo computacional que, por primera vez, identificó un espectro de mutaciones en la porción no codificante del genoma humano en cinco cánceres pediátricos principales. El estudio, que se publicó hoy en Science Advances, utilizó el algoritmo para analizar las mutaciones y los perfiles de expresión génica de más de 500 pacientes pediátricos con cáncer para desarrollar una lista completa de mutaciones potencialmente causantes de cáncer.

«Las mutaciones no codificantes son muy importantes porque la parte no codificante del genoma normalmente regula la forma en que los genes se activan y desactivan, como un interruptor de control, lo que tiene implicaciones para el crecimiento descontrolado que ocurre en el cáncer», dijo Kai Tan, Ph. .D., Profesor de Pediatría en CHOP y autor principal del estudio. «Sin embargo, estas regiones también son difíciles de estudiar, y nuestro conocimiento sobre ellas no está tan desarrollado como el de las regiones de codificación. Nuestro modelo computacional ha identificado un conjunto de objetivos en los cánceres pediátricos que esperamos estudiar más y, finalmente, pasar a la práctica clínica». «

Los investigadores desarrollaron una herramienta informática llamada PANGEA (análisis predictivo de alteraciones genómicas potenciadoras/promotoras no codificantes) para analizar mutaciones no codificantes y su impacto en la expresión génica en más de 500 pacientes pediátricos con cáncer que tenían cinco tipos principales de cáncer pediátrico: leucemia linfoblástica aguda de células B (B-ALL), leucemia mieloide aguda (AML), neuroblastoma, tumor de Wilms y osteosarcoma. PANGEA identificó todos los tipos de mutaciones asociadas con cambios en la expresión génica, incluidas variantes de un solo nucleótido, indeles pequeños, variaciones del número de copias y variantes estructurales.

Estudios anteriores sobre mutaciones no codificantes se han centrado en variantes de un solo nucleótido y pequeñas indels, que son inserciones o deleciones de bases en el genoma que tienen una longitud relativamente corta. Sin embargo, las variantes estructurales son regiones de ADN mucho más grandes en tamaño, 1 kilobase o más, una cualidad que las hace más difíciles de identificar, pero también es más probable que contribuyan a cambios en la regulación genética que conducen al cáncer.

Usando PANGEA, el Los investigadores encontraron que las variantes estructurales son, de hecho, la causa más frecuente de mutaciones potencialmente causantes de cáncer e identificaron 1137 variantes estructurales que afectan la expresión de más de 2000 genes en los cinco tipos de cáncer pediátrico.

Al analizar los datos, los investigadores encontraron que las mutaciones codificantes y no codificantes afectan distintos conjuntos de genes y vías, lo que probablemente se deba a las diferentes ubicaciones genómicas de estos dos tipos de genes. Los investigadores encontraron que los genes involucrados en el metabolismo, cuyo recableado es un sello distintivo del cáncer, se ven afectados con mayor frecuencia por mutaciones no codificantes. Sin embargo, no está claro hasta qué punto las mutaciones no codificantes facilitan el recableado del metabolismo en los cinco tipos de cáncer que estudiaron los investigadores.

«Nuestros resultados resaltan la necesidad de un análisis comparativo de las mutaciones codificantes y no codificantes, lo que podría revelar nuevos cánceres genes y vías relacionados», dijo Tan. «Identificar mutaciones putativas es un punto de partida que facilitará el trabajo experimental para validar estas predicciones».

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Los investigadores crean una herramienta analítica que abre una nueva frontera en el descubrimiento del cáncer. Más información: Diversas mutaciones no codificantes contribuyen a la desregulación del panorama regulador cis en los cánceres pediátricos», Science Advances , 24 de julio de 2020. DOI: 10.1126/sciadv.aba3064 Información de la revista: Science Advances

Proporcionado por Children’s Hospital of Philadelphia Cita: Nuevo modelo de investigadores de CHOP identifica mutaciones no codificantes en cinco cánceres pediátricos (24 de julio de 2020) recuperado el 31 de agosto de 2022 de https://medicalxpress.com/news/2020-07-noncoding-mutations-pediatric-cancers.html Este documento está sujeto a derechos de autor. trato justo con fines de estudio o investigación privados, ninguna parte puede ser reproducida sin el permiso por escrito El contenido se proporciona únicamente con fines informativos.