Nuevos biomarcadores de pronóstico y genes que impulsan el cáncer encontrados en la materia oscura del genoma del cáncer
Crédito: Pixabay/CC0 Dominio público
Se descubrió un nuevo lote de biomarcadores de pronóstico del cáncer en un área donde pocos habían buscado antes. Los investigadores han presentado un catálogo de 166 biomarcadores de pronóstico, generados mediante el análisis de ARN largos no codificantes (lncRNA) que están poco estudiados en la investigación del cáncer. Además, se demostró que un biomarcador dentro del catálogo es altamente efectivo para clasificar los gliomas (cánceres cerebrales) como de bajo o alto riesgo. Los hallazgos demuestran el potencial de los lncRNA como biomarcadores clínicos y objetivos terapéuticos potenciales, abren nuevos caminos en la investigación de biomarcadores y biología del cáncer y se suman a la ciencia emergente sobre el papel de la desregulación del ARN no codificante en el cáncer.
El estudio, publicado en Cell Reports y codirigido por el Dr. Jri Reimand, investigador principal del Instituto de Investigación del Cáncer de Ontario (OICR), y el Dr. Daniel Schramek, investigador principal del Instituto de Investigación Lunenfeld-Tannenbaum (LTRI ), utilizó el aprendizaje automático para evaluar 5600 biomarcadores potenciales de lncRNA frente a casi 9500 muestras de cáncer en 30 tipos de cáncer. Esto redujo el campo a 166 lncRNA que se correlacionaron con la supervivencia del paciente. En un entorno clínico, estos biomarcadores podrían usarse potencialmente para aumentar el valor predictivo de las variables clínicas, las características moleculares y los subtipos de cáncer para pronosticar mejor los resultados de los pacientes.
Dentro de su catálogo, los investigadores se concentraron en un lncRNA, llamado HOXA10-AS, que su análisis inicial de aprendizaje automático reveló, era un fuerte candidato como biomarcador de pronóstico para estratificar a los pacientes según su cáncer cerebral de bajo o alto riesgo. Para confirmar los resultados de su análisis de aprendizaje automático, lo probaron en un nuevo conjunto de datos de cáncer cerebral, generado por coautores con sede en Shanghái, China, dirigidos por el Hospital Huashan.
Alentados por el Con los resultados del aprendizaje automático, el equipo pasó a la validación biológica funcional utilizando células cancerosas derivadas de pacientes, xenoinjertos y modelos organoides. Estos pasos no solo confirmaron que HOXA10-AS puede actuar como un biomarcador sólido, sino también como un objetivo terapéutico potencial, ya que desempeña un papel en varias vías biológicas importantes en el cáncer de cerebro. Por ejemplo, la sobreexpresión de HOXA10-AS se asoció con una mayor invasión celular, mientras que los niveles reducidos inhibieron la proliferación celular, ambas características importantes del cáncer de cerebro.
Estos experimentos biológicos también proporcionaron evidencia adicional del comportamiento ‘similar a un interruptor’ exhibido en HOXA10 -AS y su vínculo con los resultados del paciente. La falta de expresión de este lncRNA se asoció con tumores cerebrales de bajo riesgo y la alta expresión se asoció con tumores agresivos.
«Estamos entusiasmados con los resultados de este estudio que no solo arrojaron nuevos biomarcadores e información sobre la biología del cáncer , pero también proporciona motivación para continuar nuestra exploración del transcriptoma del cáncer en busca de nuevos descubrimientos para ayudar a los pacientes», dice Reimand, cuyo equipo dirigió el análisis de aprendizaje automático. «Solo hemos comenzado a arañar la superficie del papel de los ARN en el cáncer y estamos preparados para más descubrimientos a medida que la secuenciación del transcriptoma completo se vuelve más común en la clínica y hay más datos disponibles».
«Anotación funcional los genomas del cáncer y la identificación de biomarcadores novedosos de supervivencia del paciente, pero también genes que regulan la agresividad de los cánceres, es de suma importancia para nuestro objetivo de oncología de precisión, la idea de mejorar la terapia del cáncer basada en las alteraciones genéticas que se encuentran dentro de un tumor», dice Schramek. , cuyo equipo dirigió el análisis funcional. «Una comprensión profunda de los factores que impulsan el inicio y la progresión del cáncer facilitará la identificación de nuevos objetivos terapéuticos y estrategias de tratamiento».
«Felicitaciones a OICR, LTRI y sus socios de investigación por hacer este importante nuevo descubrimiento en investigación del cáncer», dice Jill Dunlop, Ministra de Colegios y Universidades. «Los habitantes de Ontario pueden estar orgullosos del papel de liderazgo que desempeñó OICR en esta iniciativa, que podría conducir a muchos más descubrimientos de cáncer que respalden mejores resultados para los pacientes en el futuro. OICR tiene un historial impresionante de ayudar a llevar los descubrimientos e innovaciones oncológicos a la aplicación en el mundo real. , y su éxito se refleja en parte del trabajo innovador que se lleva a cabo en nuestras universidades e institutos de investigación de clase mundial».
«Los hallazgos del Dr. Reimand y sus colaboradores muestran que existe un gran valor en el estudio de las regiones no codificantes del genoma del cáncer. El descubrimiento de biomarcadores robustos y nuevos objetivos terapéuticos es fundamental para desarrollar la próxima generación de medicina de precisión», dice el Dr. Lincoln Stein, Jefe de Oncología Adaptativa, OICR. «Felicito a todo el equipo por estos importantes hallazgos, que han enriquecido nuestra comprensión de la biología del cáncer y presentan nuevas oportunidades para mejorar el manejo clínico del cáncer».
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Nuevas mutaciones impulsoras de tumores descubiertas en las regiones poco exploradas del genoma del cáncer el onco-lncRNA HOXA10-AS de pronóstico en gliomas, Cell Reports (2021). DOI: 10.1016/j.celrep.2021.109873 Información de la revista: Cell Reports
Proporcionado por el Instituto de Ontario para la Investigación del Cáncer Cita: Se encontraron nuevos biomarcadores de pronóstico y genes que impulsan el cáncer en la materia oscura del genoma del cáncer (2021, 15 de noviembre) recuperado el 29 de agosto de 2022 de https://medicalxpress.com/news/2021-11-prognostic-biomarkers-cancer-driving-genes-dark.html Este documento está sujeto a los derechos de autor. Aparte de cualquier trato justo con fines de estudio o investigación privados, ninguna parte puede reproducirse sin el permiso por escrito. El contenido se proporciona únicamente con fines informativos.