Preguntas y respuestas: Casi todos los genes humanos pueden estar relacionados con el cáncer

ARRIBA: Joo Pedro de MagalhesALAN BANNISTER

Los lazos rosas del mes de octubre son un recordatorio visual de cuánta primacía La sociedad estadounidense apuesta por la investigación del cáncer. De hecho, el presupuesto de los Institutos Nacionales del Cáncer para 2021 es de $ 6560 millones de los $ 42 900 millones asignados a la totalidad de los Institutos Nacionales de la Salud y los considerables fondos para la investigación del cáncer se trasladan a publicaciones científicas. Un análisis de la literatura de la base de datos de revistas PubMed publicado el miércoles (27 de octubre) en Trends in Genetics revela que la gran mayoría de los genes humanos se han relacionado con el cáncer de alguna manera. La base de datos contiene documentos sobre 17.371 genes humanos diferentes, según el estudio, el 87,7 por ciento de los cuales mencionan el cáncer. Mientras tanto, los estudios sobre el cáncer son extremadamente comunes en toda la base de datos, y hay varias veces más artículos que se centran en el cáncer que en otras afecciones médicas graves, como los accidentes cerebrovasculares.

El científicohablé con Joo Pedro de Magalhes, un investigador de envejecimiento y longevidad de la Universidad de Liverpool que realizó el análisis como parte de su esfuerzo por comprender, como él lo expresa, la ciencia de la ciencia. De Magalhes explica que se interesó por primera vez en la longevidad cuando era niño cuando se dio cuenta de su propia mortalidad, y ahora investiga cómo se podría ralentizar el proceso de envejecimiento. Cuando comenzó a analizar los factores genéticos, se dio cuenta de que los estudios sobre el cáncer dominan la literatura en lo que respecta a los análisis genéticos, lo que revela cómo los sesgos humanos no solo dan forma a la investigación científica, sino que potencialmente la confunden.

El científico : Dado que la mayor parte de su investigación se centra en el envejecimiento y la longevidad, ¿de dónde surgió la idea de este artículo sobre genética del cáncer? 

Joo Pedro de Magalhes:  La idea de lo que llamo sesgo de publicación o sesgo del investigador, ya me ronda por la cabeza desde hace algún tiempo. Es muy sencillo. La idea es que sabemos que algunos genes, procesos y enfermedades se estudian mucho más que otros.

[Mis colegas y yo] hacemos muchos análisis de sistemas. Sabemos, por ejemplo, que el envejecimiento no está controlado por un solo gen. Puede haber factores predisponentes, puede haber mutaciones en un gen que te hacen envejecer más rápido. Otro ejemplo es el cáncer o el Alzheimer. Puede haber genes o mutaciones que causen mucho daño o que lo predispongan al Alzheimer o al cáncer. La mayoría de los fenotipos complejos, como el envejecimiento, la longevidad, el cáncer, la enfermedad de Alzheimer, las enfermedades cardiovasculares, etc., son causadas por interacciones entre múltiples genes y el medio ambiente. Así que tienes que estudiar esas interacciones entre diferentes componentes de diferentes sistemas.

Una cosa que me preocupa en este tipo de análisis es este sesgo de publicación. Vas a tener mucha más información para algunos genes que para otros, entonces, ¿cómo controlas eso? Básicamente, la idea es que sí, hay algunos sesgos humanos interesantes que influyen en cómo hacemos los estudios. . .  así que tienes temas y genes que van a ser más estudiados que otros.

Cuando investigas genes, siempre encuentras algunos genes asociados con el cáncer, y de ahí surgió la idea de este análisis. Debe haber muchos más estudios sobre el cáncer que cualquier otra cosa. . . . Creo que es un tema bastante inexplorado. No cáncer. Estoy hablando de la ciencia de la ciencia y estos sesgos humanos en la investigación. También es un problema, creo, que tenemos genes que están mucho más estudiados que otros. A veces por buenas razones, pero a veces solo por razones históricas. Me gustaría ver que la ciencia sea más eficiente, en cierto modo. de alguna manera a muchos genes humanos. Pero, ¿te sorprendió ver que los científicos han estudiado una mayoría tan abrumadora de nuestros genes en el contexto del cáncer?

JPdM: Me sorprendió que los números fueran tan alto. De todos los genes que tienen al menos un papel, creo que es casi el 90 por ciento de ellos. Cuando observa los genes con más de 100 artículos, casi todos tienen al menos uno que menciona el cáncer. Creo que los resultados generales no fueron sorprendentes. . . . Pero la magnitud general del efecto fue sorprendente para mí. menos mencionar el cáncer? ¿Hacia dónde cree que irán los investigadores a partir de aquí?

JPdM: Hay dos conclusiones o dos objetivos finales que puede sacar del estudio. 

La primera es la que comentaba antes: Si estás haciendo un análisis de red sistemático de cualquier proceso, es importante tener en cuenta la cantidad de estudios que tiene cada uno de tus genes. Si está haciendo una red de genes para cualquier cosa, en realidad, al menos debe ser consciente de eso como un posible factor de confusión. Con el análisis a gran escala, como el análisis de redes, en general, este tipo de sesgos no se tienen en cuenta. Creo que tratar de corregirlos o al menos ser consciente de ellos cuando interprete los resultados mejorará la comprensión que obtenga y la calidad del análisis.

Si está escribiendo un papel o una solicitud de subvención, también puede decir Oye, este gen también se ha asociado con el cáncer en la gran mayoría de los genes humanos.

La segunda conclusión es que nos sentimos un poco más cautelosos acerca de lo que llamas un gen del cáncer o un gen asociado al cáncer. El punto es que casi todos los genes pueden llamarse genes asociados con el cáncer. Si está escribiendo un artículo o una solicitud de subvención, también puede decir Oye, este gen también se ha asociado con el cáncer en la gran mayoría de los genes humanos.

Debemos tener cuidado. . . cuando esté interpretando sus resultados o escribiendo una solicitud de subvención. Cuando estás haciendo un estudio a gran escala, cuando tienes muchos aciertos, muchos de ellos serán genes relacionados con el cáncer. Así que eso es algo a tener en cuenta cuando esté interpretando sus resultados.

TS: En su artículo, escribió En un mundo científico donde todo y cada gen se puede cáncer, el desafío es determinar cuáles son los impulsores clave del cáncer y los objetivos terapéuticos más prometedores. ¿Puede explicar cómo se pueden manifestar esos desafíos?

JPdM: Tener muchos genes asociados con un fenotipo no significa que sean importantes. Tal vez exista una correlación con el cáncer, pero eso no significa que sea causal.

Si un gen es atacado o inhibido, no significa que vaya a haber un beneficio clínico. Entonces, el principal problema es pasar de la asociación a la causalidad y luego identificar cuáles son los principales objetivos.

Diría que, posiblemente, en comparación con otros procesos u otras enfermedades, el cáncer es más sencillo de estudiar. Puede obtener líneas celulares para estudiar el cáncer, por ejemplo. Así que los métodos experimentales necesarios para estudiar el cáncer no son tan elaborados como para otras enfermedades. Encontrar asociaciones con el cáncer en realidad no es tan complicado. Es más fácil que para otras enfermedades. Pero una asociación, una correlación, no significa causalidad. Y no significa que sea una buena diana terapéutica. Entonces, el próximo paso sería encontrar los impulsores clave del cáncer. Conocemos algunos de ellos, pero no todos, y cuáles son algunos de los objetivos terapéuticos prometedores.

TS:Usted mencionó en su artículo, quizás un poco con humor, que los científicos ahora podrían justificar el estudio y atraer dinero de subvenciones para explorar casi cualquier gen gracias a los posibles vínculos con el cáncer. ¿Diría que es un fenómeno real entre los investigadores? Digamos que soy un genetista interesado en estudiar un gen poco explorado. ¿Tendría una ventaja si señalara que mi trabajo podría estar relacionado con el cáncer?

JPdM: Creo que sí, sí. No estoy tan involucrado en solicitudes de subvenciones relacionadas con el cáncer. Si tiene una correlación muy débil con el envejecimiento, puede solicitar una subvención y decir Oye, este [gen] está potencialmente relacionado con el envejecimiento y queremos estudiarlo en ese contexto. Pero su pregunta plantea diferentes preguntas sobre cómo evalúa la investigación científica.

Tener muchos genes asociados con un fenotipo no significa que sean importantes.

¿Deberíamos centrarnos solo en los genes que se han estudiado más? ¿O deberíamos estudiar también los genes que están poco estudiados? Esa es una pregunta abierta. Diría que el enfoque general cuando solicita una subvención [es que] necesita tener datos preliminares para justificar por qué quiere estudiar lo que quiera estudiar. Algunos dirían que tal vez ese es el enfoque equivocado. Tal vez deberíamos estudiar genes que aún no han sido bien estudiados y que deberían recibir más apoyo. No tomaría partido en esa discusión, pero creo que es algo en lo que pensar en el contexto de estos resultados. 

Entonces, respondiendo a su pregunta, sí. Puede utilizar una asociación contra el cáncer como justificación para solicitar financiación, aunque no sea muy fuerte. Pero luego, cómo juzgas y cómo evalúas las subvenciones, eso es una lata de gusanos. 

TS: ¿Ves algún inconveniente? a este importante sesgo hacia la investigación del cáncer? ¿Está eclipsando otro trabajo importante?

JPdM: Creo que esa es una pregunta más amplia nuevamente. ¿Qué debemos estudiar? ¿En qué debemos invertir el dinero de nuestra investigación? Debido a que es más fácil estudiar el cáncer que, digamos, la enfermedad de Alzheimer, habrá más publicaciones y más información sobre los genes asociados con el cáncer que sobre los genes asociados con la enfermedad de Alzheimer. Tenemos niveles de financiación para el cáncer que son mucho más altos que para el envejecimiento, mucho más altos que para otras enfermedades. Si eso es lo que deberíamos estar haciendo o no, creo que no es tanto una cuestión científica. Es una cuestión social.

Creo que deberíamos invertir en estudiar el cáncer y encontrar terapias para el cáncer. Creo que deberíamos invertir en descubrir terapias para la enfermedad de Alzheimer, para las enfermedades del corazón. Cómo asignas eso exactamente en términos de porcentaje, creo que es una pregunta difícil. No tengo una respuesta. 

Nota del editor: esta entrevista ha sido editada por razones de brevedad.