Propagación significativa de todas las variantes de coronavirus rastreadas en el área de Houston

Jefe del Departamento de Patología y Medicina Genómica de Houston Methodist y Fondren Presidential Distinguished Chair con Houston Methodist Research Institute, Houston, TX, EE. UU. Crédito: Houston Methodist

A finales 2020, surgieron a nivel mundial varias variantes preocupantes del SARS-CoV-2. Se cree que son más fácilmente transmisibles y existe la preocupación de que algunos puedan reducir la eficacia de los tratamientos con anticuerpos y las vacunas. Un extenso programa de secuenciación del genoma dirigido por el sistema de salud Houston Methodist ha identificado las seis variantes del SARS-CoV-2 identificadas actualmente en sus pacientes. Un nuevo estudio que aparece en The American Journal of Pathology, publicado por Elsevier, encuentra que las variantes están ampliamente distribuidas en el área metropolitana de Houston.

«Antes de que el virus SARS-CoV-2 llegara a Houston, planeamos una estrategia integrada para enfrentar y mitigar esta amenaza microbiana para nuestros pacientes», explica el investigador principal James M. Musser, MD, Ph.D., presidente de el Departamento de Patología y Medicina Genómica de Houston Methodist y Fondren Presidential Distinguished Chair con Houston Methodist Research Institute, Houston, TX, EE. UU. «Instituimos un plan para secuenciar el genoma de cada muestra positiva de pacientes dentro del sistema Houston Methodist con el objetivo de comprender la propagación de patógenos en nuestra comunidad e identificar virus mutantes biológicamente importantes».

Dr. Musser señala que Greater Houston es el primer múltiplex metropolitano en los Estados Unidos que ha documentado todas estas variantes importantes y preocupantes que circulan entre sus residentes. El sistema de salud Houston Methodist tiene una de las operaciones de secuenciación del genoma del SARS-CoV-2 más grandes de los EE. UU. y hasta ahora ha secuenciado 20 453 genomas de muestras clínicas recolectadas de pacientes entre marzo de 2020 y febrero de 2021. Se usaron los códigos postales de las direcciones de los pacientes para ver cómo las variantes se propagaron en la población grande, multiétnica y geográfica y socioeconómicamente diversa del Gran Houston.

La variante del Reino Unido conocida como B.1.1.7 se identificó por primera vez en un paciente en Houston en enero de 2021 y se ha encontrado en 23 pacientes hasta febrero de 2021. Las variantes de California, B.1.429 y B.1.427 se encontraron por primera vez en Houston a fines de diciembre de 2020. La variante B.1.429 se identificó en 143 pacientes en Houston y la variante B.1.427 en 19 pacientes. La variante sudafricana B.1.351 se detectó por primera vez en Houston en dos pacientes en diciembre de 2020 y enero de 2021. La variante brasileña P.1 se identificó en cuatro pacientes desde mediados de enero de 2021 y la P.2 en 39 pacientes desde finales de diciembre de 2020. .

Se utilizó el código postal del domicilio de cada paciente y las cifras se generaron con Tableau versión 2020.3.4. Crédito: Houston Methodist

Con la excepción de B.1.351, los investigadores encontraron una diseminación geográficamente amplia de las variantes, lo que indica una transmisión exitosa de paciente a paciente entre las comunidades. Ninguno de los pacientes pertenecía a un hogar común ni informó haber viajado internacionalmente recientemente, lo que sugiere que cada infección se adquirió de forma independiente a nivel local o durante un viaje nacional.

Inicialmente, el Dr. Musser y los co-investigadores habían observado que, aunque P. 2 fue numéricamente una causa menor de todas las infecciones del área de Houston, fue la variante de preocupación más común en su población porque su mutación tiene el potencial de neutralizar los tratamientos y las vacunas. El monitoreo continuo del área de Houston muestra que la variante B.1.1.7 del Reino Unido es ahora la variante más frecuente. Según el Dr. Musser, «la aparición de nuevas variantes subraya la necesidad de realizar extensos esfuerzos continuos de secuenciación genómica para la identificación temprana y la alerta de salud pública».

Al vincular los datos de secuenciación del genoma completo del SARS-CoV-2 con el paciente metadatos en el registro médico electrónico, Houston Methodist puede usar herramientas analíticas como clústeres de cómputo de alto rendimiento y aprendizaje automático para investigar la diversidad genómica y características como la virulencia de la cepa o los resultados de los pacientes. «Nuestro objetivo es secuenciar el genoma del SARS-CoV-2 de cada paciente infectado en nuestro sistema de atención médica casi en tiempo real y expandirlo a otros pacientes de nuestra comunidad», afirma el Dr. Musser. «Nuestros resultados subrayan la necesidad de aumentar considerablemente la vigilancia del genoma para identificar y rastrear rápidamente la introducción de nuevas variantes del SARS-CoV-2 en los EE. UU. y en áreas locales».

Dr. Musser y sus co-investigadores han notado que en las últimas tres semanas, los casos de Houston Methodist de la variante del Reino Unido han aumentado a casi 1600 de 648. Advierten que debido a que la vacunación es la mejor manera de disminuir la cantidad de variantes circulantes de COVID-19, un porcentaje mucho mayor de la población necesita vacunarse. Mientras tanto, el equipo sigue muy de cerca las variantes y el tipo de enfermedad que causan.

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El modelo matemático de la variante británica del SARS-CoV-2 sugiere que podría ser un 4390 % más transmisible Más información: S. Wesley Long et al, Sequence Analysis of 20,453 Severe Acute Síndrome respiratorio Coronavirus 2 Los genomas del área metropolitana de Houston identifican la aparición y distribución generalizada de múltiples aislamientos de todas las principales variantes de preocupación, The American Journal of Pathology (2021). DOI: 10.1016/j.ajpath.2021.03.004 Proporcionado por Elsevier Cita: Propagación significativa de todas las variantes de coronavirus registradas en el área de Houston (2021, 14 de abril) consultado el 30 de agosto de 2022 en https://medicalxpress. com/news/2021-04-significant-coronavirus-variants-tracked-houston.html Este documento está sujeto a derechos de autor. Aparte de cualquier trato justo con fines de estudio o investigación privados, ninguna parte puede reproducirse sin el permiso por escrito. El contenido se proporciona únicamente con fines informativos.