Se cuestiona la existencia del microbioma placentario

ARRIBA: © ISTOCK.COM,MAGICMINE

Durante años, los científicos y los médicos pensaron que el útero era estéril, pero eso cambió cuando los métodos basados en la secuenciación y el cultivo indicaron que la placenta alberga una comunidad microbiana relativamente pequeña. Pero en un estudio publicado hoy (31 de julio) en Nature, los investigadores atribuyen la escasa presencia de bacterias en la placenta a la contaminación del laboratorio y la transferencia durante el parto. Concluyen que, con la excepción del estreptococo del grupo B, un patógeno conocido, no hay evidencia de bacterias en la placenta, una idea cuestionada por algunos de los investigadores que no participaron en el trabajo.

Los autores “utilizaron un tamaño de muestra muy grande, [realizaron] un análisis muy exhaustivo y fue muy convincente” dice Frederic Bushman, microbiólogo de la Universidad de Pensilvania. No participó en el estudio actual, pero su grupo publicó un artículo en 2016 en el que no se distinguían las firmas microbianas de las muestras de placenta…

Lo que han hecho es extremadamente bueno, Andrew Onderdonk, un microbiólogo del Hospital Brigham and Womens y de la Escuela de Medicina de Harvard, le dice a The Scientist, simplemente no acepto sus conclusiones. Su grupo ha utilizado técnicas tanto moleculares como basadas en cultivos para investigar las bacterias en las placentas de los bebés prematuros. La inconsistencia reside en lo que ellos consideran contaminantes y lo que otros investigadores, incluyéndome a mí, han demostrado mediante una serie de métodos. . . no son contaminantes. 

Ver El microbioma materno

Los autores del nuevo estudio tomaron biopsias de vellosidades de 537 placentas que habían sido expulsadas por vía vaginal o por cesárea. Agregaron al tejido una bacteria que no se encuentra en humanos, Salmonella bongori,  para que actuara como un control positivo, luego extrajeron el ADN. Para 80 de las muestras, los investigadores utilizaron tanto la secuenciación del gen 16S rRNA como el análisis metagenómico. Para las muestras restantes, utilizaron dos kits de extracción de ADN diferentes en paralelo y luego realizaron la secuenciación 16S en cada muestra para comparar los resultados de los dos kits.

Debido a que la secuenciación del ARNr 16S y la secuenciación metagenómica funcionan en diferentes De alguna manera, los investigadores predijeron que cualquier artefacto presente en uno no debería aparecer en el otro. Podrían detectar S. bongori, su control positivo, usando ambos métodos, así como Streptococcus del grupo B en aproximadamente el cinco por ciento de las placentas recolectadas mediante cesárea antes de que comenzara el trabajo de parto, pero por lo demás, los resultados metagenómicos y 16S no emparejar. Y aunque los investigadores encontraron otro ADN bacteriano en algunas de las muestras de placenta de partos vaginales y por cesárea, pudieron identificar el origen de gran parte del ADN en la contaminación de los kits de extracción de ADN.

La mayoría de los Las señales bacterianas que detectamos no provienen de una mala manipulación del tejido, dice el coautor Steve Charnock-Jones, biólogo de la Universidad de Cambridge. Es un problema inevitable tener que utilizar reactivos para extraer el ADN del tejido, y esos reactivos contienen ADN bacteriano.

Consulte Kits de extracción de ADN contaminados

Si está Al analizar una muestra de suelo o heces donde hay una gran cantidad de bacterias, la contribución de los reactivos es completamente irrelevante, dice. En cualquier lugar donde haya muy pocos microbios, la contribución del kit es una proporción mucho mayor, por lo que eso es lo que se detecta, agrega.

Charnock-Jones y sus colegas también identificaron otras posibles fuentes de contaminación que podrían explicar la señales bacterianas que detectaron. Entre ellos estaban el modo de parto, es decir, los virus vaginales que pudieron depositarse en la placenta a su paso por el canal del parto, así como la manipulación durante la biopsia, los reactivos utilizados para amplificar las muestras o los equipos o materiales de secuenciación. Y no encontraron un vínculo entre los resultados del nacimiento, como el parto prematuro o los bebés que nacen pequeños para su edad gestacional, y las firmas bacterianas. Los autores interpretaron todos sus hallazgos en el sentido de que no hay un microbioma residente en la placenta humana.

Kjersti Aagaard, médico y microbiólogo del Baylor College of Medicine, cuestiona esa conclusión. Fue coautora de un estudio de 2014 que utilizó métodos moleculares para caracterizar la microbiota placentaria. Aagaard le dice a The Scientist  que dependiendo de qué tan profunda sea la cobertura de secuenciación, las bacterias podrían haberse pasado por alto porque están presentes en cantidades muy bajas. Agrega que el hecho de que haya bacterias compartidas entre la placenta y las que otros han demostrado que están presentes en la vagina no significa que la superposición haya sido causada por contaminación. Los autores del nuevo artículo no evaluaron la microbiota vaginal de sus sujetos.

Onderdonk también advierte sobre sacar conclusiones basadas en la secuenciación 16S en la placenta. En algunos de los trabajos previos de sus grupos, la señal 16S, incluso cuando sabíamos que había muchas bacterias presentes en la muestra, era extremadamente difícil de detectar, dice. Es probable que haya inhibidores que impidan la detección adecuada del ADN presente.

A pesar de estas y otras preguntas abiertas, las familias y los géneros que encontró el nuevo estudio fueron similares a los que mostró el equipo de Aagaards en 2014. Si toma los datos a primera vista y usted ignora algunas de sus especulaciones y conclusiones, es muy consistente con lo que nosotros y otros hemos publicado, dice.

Una oportunidad perdida para el periódico es que no dejaron nada abierto , Indira Mysorekar, bióloga de la Facultad de Medicina de la Universidad de Washington que no participó en el trabajo, le dice a The Scientist. Ella explica que la ubicación de la placenta de la que los autores tomaron sus muestras podría haber afectado sus hallazgos, pero independientemente de si hay microbios presentes o no, no es toda la historia. Por un lado, si la placenta es realmente estéril, es probable que tenga implicaciones de gran alcance para el desarrollo del sistema inmunitario fetal, dice. Estos estudios, que se centran en la secuenciación y la contaminación, técnicamente son extremadamente importantes, críticos y necesarios, pero no abordan la biología. Hay tantas preguntas interesantes que hacer.

MC de Goffau et al., La placenta humana no tiene microbioma pero puede contener patógenos potenciales, Naturaleza , doi:10.1038/s41586-019-1451-5, 2019.

Abby Olena es un periodista independiente con sede en Carolina del Norte. Encuéntrela en Twitter @abbyolena.

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