Secuenciación de las cepas del brote de ébola
Augustine Goba, del Kenema Government Hospital, diagnosticó el primer caso de ébola en Sierra Leona.STEPHEN GIRE
Un equipo internacional dirigido por investigadores de la Universidad de Harvard ha secuenciado 99 genomas del virus del ébola aislado de la sangre de 78 pacientes en Sierra Leona, uno de los cuatro países en el centro del brote de ébola más grande de la historia. Dentro de estas secuencias, que se hicieron públicas en cuestión de días después del ensamblaje, los investigadores encontraron evidencia de la rápida acumulación de mutaciones que afectan objetivos biológicamente significativos, lo que podría tener implicaciones para el desarrollo de diagnósticos, vacunas y terapias. El análisis del equipo de los 99 genomas se publicó hoy (28 de agosto) en Science.
«Este análisis proporcionará la columna vertebral para rastrear el virus a medida que se propaga, y para ver si futuros brotes fuera de estos países están conectados tanto epidemiológica como genéticamente” El investigador de enfermedades infecciosas emergentes Matthew Frieman de la Escuela de…
Harvards Pardis Sabeti y sus colegas han estado trabajando para detectar signos de selección natural en el genoma del virus del Ébola durante los últimos cinco años. Con la ayuda de colaboradores del Centro Médico de la Universidad de Tulane, otras instituciones estadounidenses y hospitales en Sierra Leona y Nigeria, el equipo de Sabetis ya había establecido una infraestructura de pruebas diagnósticas de nivel 4 de bioseguridad en África occidental antes de que surgieran los primeros signos de un brote de ébola en Guinea este Febrero. En marzo, los coautores del estudio Stephen Gire y Kristian Andersen viajaron a Sierra Leona y, junto con el coautor Augustine Goba del Kenema Government Hospital del país, comenzaron a realizar pruebas de ébola a los pacientes.
En mayo, tuvieron nuestro primer caso positivo. , dijo Sabeti. Cuando eso sucedió, nos movimos muy rápido.
Una vez autorizados por el ministerio de salud de Sierra Leona, Gire, Andersen, Goba y sus colegas comenzaron a enviar muestras de pacientes al Instituto Broad en Cambridge, Massachusetts, donde Sabeti está un miembro asociado senior. El equipo de Broad secuenció cada muestra seis veces con una cobertura de aproximadamente 2000x.
Este conjunto de datos permitió a los autores proporcionar una descripción detallada y sin precedentes de la evolución y propagación del virus del Ébola en Sierra Leona durante una parte del proceso en curso. epidemia, escribió Jason Ladner del Instituto de Investigación Médica de Enfermedades Infecciosas del Ejército de EE. UU. en Fort Detrick, Maryland, en un correo electrónico a The Scientist. En particular, estas secuencias han brindado un primer vistazo a cómo ha ido cambiando el virus desde el comienzo del brote. Es importante tener en cuenta estos cambios genéticos en el diseño y las pruebas de contramedidas médicas.
Poco después de completar el trabajo de secuenciación, Sabeti y sus colegas pusieron los resultados a disposición del público en línea, y casi de inmediato comenzaron a recibir llamadas de investigadores que trabajan para desarrollar diagnósticos, vacunas y terapias. Queríamos la mayor cantidad de ojos mirando los datos lo más rápido posible, dijo Sabeti. Ya hemos visto que el virus ha mutado lejos de los diagnósticos que se usan actualmente, [lo que] probablemente tenga algún efecto en la sensibilidad de esos ensayos.
Específicamente, el análisis de los equipos sugirió que la cepa del virus del Ébola que circula en África occidental se separó de los linajes de África central alrededor de 2004 y desde entonces ha mostrado una transmisión sostenida de persona a persona. Si bien los investigadores no pudieron identificar la fuente animal original del virus, no encontraron ninguna evidencia de fuentes zoonóticas adicionales en las cepas del brote.
El organismo está cambiando todo el tiempo y eso puede crear problemas. dijo Mark Pallen, genómico microbiano de la Universidad de Warwick. Para idear contramedidas efectivas, añadió, es necesario tener claro qué partes del genoma se mantienen bastante estáticas.
Este análisis de secuencia nos permite saber adónde fue [el virus] y brinda a los científicos un andamio para buscar. de dónde provino, agregó Frieman.
La Organización Mundial de la Salud (OMS), que a principios de este mes declaró la epidemia en curso una emergencia de salud pública de importancia internacional, dijo hoy (28 de agosto) que casi 20,000 personas podrían estar infectados con Ébola antes de que se contenga el brote. Según la OMS, al menos 3.069 personas se han infectado con el virus hasta la fecha; 1.552 han muerto.
Estamos realmente abrumados por lo que está pasando, dijo Sabeti. Se trata de una emergencia extraordinaria de una escala sin precedentes.
Cinco trabajadores sanitarios que ayudaron al equipo sobre el terreno en Sierra Leona murieron de ébola. Los cinco se infectaron con el virus mientras cuidaban a pacientes enfermos o familiares, dijo Sabeti. En su artículo, los autores honraron a sus colegas fallecidos, cinco posibles coautores del trabajo que dieron sus vidas para ayudar a los demás.
Estas personas fueron heroicas y lucharon contra algo extraordinariamente peligroso, dijo Sabeti. Sin ellos, esto no sería posible.
SK Gire et al., La vigilancia genómica aclara el origen y la transmisión del virus del Ébola durante el brote de 2014, Science, doi: 10.1126/science.1259657, 2014.
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