Uso de MPRA para determinar vínculos entre variantes genéticas y fenotipos humanos

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Un equipo de investigadores de la Universidad de Stanford ha encontrado un subconjunto significativo de sitios reguladores independientes de alelos que tienen múltiples variantes causales en desequilibrio de vínculo . En su artículo publicado en la revista Science, el grupo describe cómo aplicaron un ensayo de reportero masivamente paralelo (MPRA) a ciertas partes del genoma humano para buscar vínculos entre las variantes genéticas y ciertos fenotipos humanos.

Los científicos han estado estudiando el genoma humano durante muchos años buscando las variantes (errores) que conducen a ciertas enfermedades genéticas, como la esclerosis múltiple. Al hacerlo, descubrieron que, en muchos casos, no es solo un gen el que ha fallado, sino una combinación de genes. Para determinar qué genes pueden estar relacionados con una determinada enfermedad, los científicos han desarrollado estudios de asociación del genoma completo. Y si bien tales estudios han sido fructíferos, no han conducido a un medio para rastrear todas las variantes responsables de una enfermedad determinada.

Como parte de ese trabajo, los científicos han comenzado a definir ciertos grupos o regiones en un genoma que pueden asociarse estadísticamente con un fenotipo dado. El mapeo de dichos loci de rasgos cuantitativos (QTL) con variantes genéticas causales ha seguido siendo un problema difícil debido al espacio reducido en tales regiones. Para obtener más información sobre los posibles vínculos entre las variantes y los fenotipos, los investigadores de este nuevo esfuerzo aplicaron un MPRA al problema.

Los MPRA son herramientas de análisis genético a nivel molecular que se han desarrollado para examinar miles de secuencias genéticas y sus variantes en un solo ensayo. Los investigadores encontraron que aproximadamente el 17,7% de los sitios reguladores independientes de alelos que observaron tenían más de una única variante causal. También encontraron que tales efectos variantes a menudo eran más débiles de lo que la investigación anterior había sugerido que serían un hallazgo que sugiere que los fundamentos de un fenotipo dado podrían deberse a varias variantes genéticas causales vinculadas. Los investigadores también utilizaron datos de la MPRA para reducir la cantidad de variantes causales que probablemente contribuyan a una serie de enfermedades humanas como la FII, la esclerosis múltiple y el asma. Concluyen sugiriendo que su trabajo y otros estudios similares también están ayudando a encontrar variantes más raras.

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Un estudio basado en la población revela fuertes vínculos genéticos con múltiples enfermedades y rasgos cardiometabólicos Más información: Nathan S. Abell et al, Múltiples variantes causales subyacen a las asociaciones genéticas en humanos, Ciencia (2022). DOI: 10.1126/science.abj5117 Información de la revista: Science

2022 Science X Network

Cita: Uso de MPRA para determinar vínculos entre variantes genéticas and human phenotypes (2022, 18 de marzo) recuperado el 29 de agosto de 2022 de https://medicalxpress.com/news/2022-03-mpra-links-genetic-variants-human.html Este documento está sujeto a derechos de autor. Aparte de cualquier trato justo con fines de estudio o investigación privados, ninguna parte puede reproducirse sin el permiso por escrito. El contenido se proporciona únicamente con fines informativos.