En el seguimiento de las mutaciones del virus, la mayoría de los países vuelan a ciegas
Las muestras de prueba de Covid 19 se recuperan del almacenamiento congelado para secuenciarlas en el Instituto Wellcome Sanger de Gran Bretaña
Para monitorear los cambios en el coronavirus que podrían potenciar la pandemia o hacer que las vacunas sean menos efectivas, los científicos deben secuenciar su código genético para catalogar mutaciones potencialmente peligrosas a medida que surgen.
Pero son tan pocos los países que realizan y comparten la vigilancia que los expertos están tan preocupados por las mutaciones que no pueden ver como por las que sí pueden.
La publicación de la primera secuencia genómica del SARS-CoV-2 en enero del año pasado, al comienzo de la pandemia, permitió a los científicos identificarlo como un nuevo coronavirus y comenzar a desarrollar pruebas de diagnóstico y vacunas.
Desde entonces, decenas de miles de secuencias se han cargado en bases de datos públicas, lo que permite rastrear mutaciones con un grado de detalle y una velocidad nunca antes alcanzados.
Pero la mayor parte de esta información proviene de un solo país: Gran Bretaña.
Hasta mediados de enero, GISAID, una importante plataforma de intercambio de datos creada originalmente para monitorear la influenza, había recibido 379 000 secuencias.
De estos, 166 000 eran de COVID-19 Genomics UK (COG-UK) de Gran Bretaña, una asociación entre autoridades sanitarias e instituciones académicas.
«Esta es la primera vez que vemos cómo evoluciona un patógeno a esta escala», dijo Ewan Harrison, Director de Estrategia y Transformación en COG-UK y miembro del Instituto Wellcome Sanger, donde gran parte de se está haciendo la secuenciación.
«Estamos aprendiendo que estas mutaciones se acumulan mucho más rápido de lo que pensábamos».
Archivo informativo sobre el proceso de secuenciación de genes y la gigantesca tarea de aplicar la tecnología al virus en la raíz del Pandemia de COVID-19.
Actualmente, el programa está secuenciando 10.000 genomas a la semana, aproximadamente el seis por ciento de los casos conocidos en Gran Bretaña, aunque eso fluctúa y el plan es duplicarlo.
«El Reino Unido supera a todos los demás», dijo Emma Hodcroft, epidemióloga de la Universidad de Berna y co-desarrolladora del proyecto de seguimiento del virus Nextstrain.
«Para mí, este ha sido el lanzamiento a la luna de la pandemia, junto con las vacunas».
Dinamarca, señaló, también secuencia y comparte datos de manera rutinaria, pero la información proveniente de la mayoría de los otros países es, en el mejor de los casos, esporádica.
La secuenciación ha identificado distintas cepas variantes que han adquirido grupos de nuevas mutaciones en Gran Bretaña, Sudáfrica y Brasil en las últimas semanas.
La nueva variante de rápida propagación en el Reino Unido es «como un mini-pandemia dentro de la pandemia», dijo Harrison.
Pero sin un seguimiento sistemático, agregó, es posible que los científicos aún no se hayan dado cuenta de que fue un «cambio de juego».
La alerta temprana no detuvo la propagación de la variante: se ha detectado en decenas de países. Pero ha permitido que otras naciones se preparen.
Sin la advertencia de los científicos del Reino Unido, el mundo probablemente volaría a ciegas, dijo Hodcroft.
Durante el verano de 2020 surgieron nuevas cepas que desplazaron a las anteriores. encarnaciones del virus
«Si esto se estuviera expandiendo en otro país, simplemente miraríamos el país en el que se encontraba y diríamos: ‘Oh, están teniendo un gran aumento en los casos, supongo que la gente no está siguiendo el directrices'», dijo a la AFP.
Otras variantes se han vuelto visibles solo cuando se propagan internacionalmente desde su punto de origen.
A principios de este mes, por ejemplo, una nueva cepa portadora de una mutación, conocida como E484K, que los investigadores temen que pueda evadir la inmunidad, fue identificada en Japón en personas que llegaban de Brasil.
‘Ojos y oídos ‘
La Organización Mundial de la Salud ha dicho que una mejor capacidad de secuenciación es una prioridad mundial.
Maria Van Kerkhove, directora técnica de COVID-19 de la OMS, describió recientemente la cantidad de secuencias compartidas hasta el momento como «asombrosa», pero dijo que provenían de solo un puñado de países.
«Mejorar la cobertura geográfica de la secuenciación es fundamental para que el mundo tenga ojos y oídos sobre los cambios en el virus», dijo en un foro en línea.
La nueva guía de la OMS dice que una «revolución» en la investigación genómica del virus ha ayudado a comprender mejor todo, desde el ébola hasta la influenza.
Y ahora, dijo: «Por primera vez, la secuenciación genómica puede ayudar a guiar la respuesta de salud pública a una pandemia casi en tiempo real».
Se han cargado decenas de miles de secuencias en bases de datos públicas, lo que permite rastrear las mutaciones. Pero la mayor parte de esta información proviene de un solo país: Gran Bretaña
Cuando otro coronavirus, el SARS, comenzó a propagarse en 2002, solo se compartieron públicamente tres variantes del genoma en el primer mes y 31 en el mes tres.
Esta vez, seis genomas estaban disponibles para los investigadores de todo el mundo unas semanas después de que surgiera el virus. En seis meses se publicaron 60.000 variantes.
Inicialmente, el nuevo coronavirus no mostró mucha diversidad genética, dijo Hodcroft, incluso cuando «explotó en toda Europa» debido principalmente a los viajes generalizados.
Pero esa falta de mutación fue una pista importante en sí misma.
«Pudimos ver que realmente parecía originarse en China, porque todas las demás secuencias que se detectaron en todo el mundo anidaban dentro de la diversidad de las secuencias chinas», dijo a la AFP.
Durante el verano de 2020 surgieron nuevas cepas que desplazaron a las encarnaciones anteriores del virus.
Mutaciones emergentes
Las mutaciones son de esperar en la evolución viral y ocurren cuando un patógeno infecta a alguien y comienza a replicarse.
La mayoría de estas nuevas cepas no confieren ninguna ventaja al virus, y algunas incluso son perjudiciales. Pero, en ocasiones, una mutación aumenta la infecciosidad o provoca una enfermedad más grave.
Cronología de declaraciones y descubrimientos relacionados con los orígenes del SARS-CoV-2, ya que China ahora dice que los expertos de la OMS podrán realizar su investigación, a pesar de negarles la entrada en su llegada programada para el 6 de enero.
SARS -CoV-2 detecta cambios a un ritmo más lento que algunos otros virus, como el VIH o la influenza. Pero cuantas más personas infecta un virus, mayor es la oportunidad de mutación.
Esto se vuelve aún más probable en alguien con una enfermedad crónica: una exposición prolongada a un sistema inmunitario debilitado le da al virus más tiempo para acumular múltiples mutaciones.
Harrison dijo que así puede ser como surgió la nueva variante en el Reino Unido, y los investigadores ahora están secuenciando pruebas de pacientes inmunocomprometidos, así como de personas cuya vacuna fracasó.
‘Nueva visión’
La secuenciación sistemática en todo el país ha brindado a los investigadores nuevos conocimientos sobre la transmisión viral.
En un caso, ayudó a identificar un minibús como el culpable de un brote en un hospital.
En una escala más amplia, un análisis de decenas de miles de secuencias de SARS-CoV-2, publicado en Science este mes, encontró que los abundantes viajes y las importaciones de virus al Reino Unido al comienzo de la epidemia sembraron más de mil linajes de transmisión.
El próximo paso es probar cómo las diferentes mutaciones afectan la transmisión, la gravedad de la enfermedad y la eficacia de la vacuna, y predecir lo más rápido posible cómo podría comportarse una nueva variante.
La OMS ha dicho que la secuenciación global ayudará a «comprender mejor el mundo de los patógenos emergentes y sus interacciones con humanos y animales en una variedad de climas, ecosistemas, culturas, estilos de vida y biomas».
La OMS ha dicho que la secuenciación global ayudará a «comprender mejor el mundo de los patógenos emergentes y sus interacciones con humanos y animales
«Este conocimiento dará forma a una nueva visión del mundo y abrirá nuevos paradigmas en la prevención y el control de epidemias y pandemias».
Pero la secuenciación a escala es logísticamente compleja.
«Hubo semanas en las que las cosas no funcionaron correctamente, porque estás construyendo los sistemas desde cero al ritmo de la pandemia». dijo Harrison.
El Instituto Sanger almacena las decenas de miles de muestras que recibe todos los días en enormes congeladores de contenedores de envío y tuvo que construir una infraestructura robótica para ayudar a clasificarlos.
Preocupaciones legales significó que COG-UK decidió compartir información mínima sobre las secuencias para hacerlos públicos, dijo Harrison. El problema fue un obstáculo para otros países, particularmente aquellos que dependen de que los proveedores de atención médica privados retengan la propiedad de los datos.
Los costos también son un desafío en muchas partes del mundo, pero Hodcroft dijo que las naciones más ricas como Estados Unidos y las de Europa no tienen excusa.
«No hay razón por la que no tengamos respuestas de secuenciación coordinadas, excepto… que no hemos decidido hacerlo», dijo.
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2021 AFP
Cita: En el seguimiento de las mutaciones del virus, la mayoría de los países vuelan a ciegas ( 2021, 22 de enero) recuperado el 30 de agosto de 2022 de https://medicalxpress.com/news/2021-01-tracking-virus-mutations-countries.html Este documento está sujeto a derechos de autor. Aparte de cualquier trato justo con fines de estudio o investigación privados, ninguna parte puede reproducirse sin el permiso por escrito. El contenido se proporciona únicamente con fines informativos.