Cadenas de transmisión de COVID-19 en el Reino Unido trazadas con precisión mediante epidemiología genómica
El gráfico lineal de transmisión. El virus se introdujo en el Reino Unido más de mil veces a principios de 2020. Este estudio muestra que es posible rastrear con precisión los linajes de transmisión de virus individuales a través del tiempo y el espacio. Crédito: Universidad de Oxford
Un equipo de científicos, dirigido por investigadores de las Universidades de Oxford y Edimburgo, analizó la primera ola del brote de COVID-19 en el Reino Unido y produjo el análisis genómico más detallado y completo de transmisión de ninguna epidemia hasta la fecha.
Su análisis se basa en más de 50.000 secuencias del genoma del virus, 26.000 de las cuales se recopilaron a través del consorcio COVID-19 Genomics UK (COG-UK), lo que ofrece un nivel de conocimiento nunca antes visto sobre los orígenes y el comportamiento de las cadenas de transmisión desde el comienzo de la pandemia.
El análisis completo, publicado en Science, revela que el virus se introdujo en el Reino Unido más de mil veces a principios de 2020 y que la tasa y la fuente de introducción cambiaron muy rápidamente. Durante este tiempo, la mayor cantidad de cadenas de transmisión se introdujeron desde España (33 %), Francia (29 %) y luego Italia (12 %), y China representó solo el 0,4 % de las importaciones. El estudio muestra cómo el bloqueo nacional del Reino Unido afectó las cadenas de transmisión individuales.
El profesor Oliver Pybus, coautor principal y corresponsal, del Departamento de Zoología de Oxford y la Escuela Martin de Oxford, dijo: «Este estudio muestra que es Es posible rastrear los linajes de transmisión de virus individuales con precisión a través del tiempo y el espacio. Realizar análisis semanalmente significa que el seguimiento genómico puede convertirse en un componente clave de la vigilancia de la salud pública».
Los resultados ofrecen un contexto crucial para lo que es sucediendo ahora en la segunda ola del Reino Unido, y el equipo ha contribuido a la identificación de la nueva variante (denominada B.1.1.7) que crece rápidamente en el Reino Unido. Los científicos dicen que la comparación detallada del comportamiento de la nueva variante con el de los linajes de la primera ola será crucial para comprender por qué B.1.1.7 ahora se está propagando tan rápidamente.
Antes del cierre de marzo de 2020, los altos volúmenes de viajes y pocas restricciones a las llegadas internacionales llevaron al establecimiento y circulación conjunta de >1000 linajes de transmisión identificables en el Reino Unido, lo que contribuyó conjuntamente al crecimiento epidémico acelerado que superó rápidamente la capacidad nacional de rastreo de contactos.
El profesor Pybus dice: «Al reconstruir dónde y cuándo se introdujo COVID-19 en el Reino Unido, podemos ver que las intervenciones anteriores de viaje y cuarentena podrían haber ayudado a reducir la aceleración y la intensidad de la primera ola de casos del Reino Unido».
El equipo espera tendencias similares ocurrió en otros países con epidemias comparativamente grandes y altos volúmenes de viajes internacionales.
Si bien el bloqueo nacional del Reino Unido coincidió con una importación limitada y una diversidad de linaje regional reducida, su impacto t en la extinción del linaje dependía del tamaño, lo que significa que los linajes más grandes y más extendidos persistieron hasta el verano.
Es probable que la naturaleza sobredispersa de la transmisión del SARS-CoV-2 haya favorecido una mayor supervivencia de los linajes más grandes. , linajes más generalizados y eliminación local más rápida de linajes en regiones de baja prevalencia, lo que destaca la importancia de intervenciones rápidas o preventivas para reducir la transmisión.
El grado en que los linajes sobrevivientes contribuyeron a la epidemia en curso del Reino Unido en el otoño y el invierno de 2020, incluido el efecto de mutaciones específicas en las tasas de crecimiento del linaje, se encuentra actualmente bajo investigación.
La estructura y la dinámica de transmisión medidas por primera vez en este estudio brindan un nuevo contexto en el que el futuro público las acciones de salud a escala regional, nacional e internacional deben planificarse y evaluarse.
El coautor principal, el Dr. Louis du Plessis, del Departamento de Zoología de Oxford, dijo: «Nuestro trabajo ofrece una vista incomparable ws en lo que está sucediendo en una epidemia individual. El Reino Unido comparte grandes volúmenes de datos genéticos de virus públicamente semanalmente y si no tiene este nivel de vigilancia, no sabrá la situación real de la evolución y transmisión del virus».
Co-líder La autora, Verity Hill, investigadora con doctorado, con sede en la Universidad de Edimburgo, dijo: «Este tipo de secuenciación genómica continua coordinada a nivel nacional no solo permite el análisis de alta resolución que presentamos, sino que también ayuda a otros países a colocar sus datos genómicos en contexto y ayuda a la respuesta mundial a la pandemia».
La capacidad de aumentar la vigilancia genómica a gran escala fue posible gracias a la decisión de financiar el consorcio COVID-19 Genomics UK (COG-UK) en abril y se basa en décadas de investigación básica sobre la evolución de virus, dirigida por las universidades de Oxford y Edimburgo, que desarrollaron la teoría que llevó a los científicos a tener estas herramientas y teoría a su disposición.
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Siga las últimas noticias en el brote de coronavirus (COVID-19) M más información: Louis du Plessis et al. Establecimiento y dinámica de linaje de la epidemia de SARS-CoV-2 en el Reino Unido, Science (2021). DOI: 10.1126/science.abf2946 Información de la revista: Science
Proporcionado por la Universidad de Oxford Cita: Cadenas de transmisión de COVID-19 en el Reino Unido rastreadas con precisión mediante epidemiología genómica ( 2021, 12 de enero) recuperado el 30 de agosto de 2022 de https://medicalxpress.com/news/2021-01-covid-transmission-chains-uk-accurately.html Este documento está sujeto a derechos de autor. Aparte de cualquier trato justo con fines de estudio o investigación privados, ninguna parte puede reproducirse sin el permiso por escrito. El contenido se proporciona únicamente con fines informativos.