La falta de diversidad en las bases de datos genómicas puede afectar la selección de terapias para grupos minoritarios
Micrografía de un plasmocitoma, el correlato histológico del mieloma múltiple. Tinción H&E. Crédito: Wikipedia/CC BY-SA 3.0
La baja representación de grupos minoritarios en las bases de datos genómicas públicas puede afectar la selección de terapias para pacientes negros con cáncer, según una nueva investigación de Mayo Clinic publicada en npj Precision Oncology.
Los investigadores investigaron el uso de bases de datos genómicas y encontraron que la carga de mutaciones tumorales estaba significativamente inflada en pacientes negros en comparación con pacientes blancos.
Como resultado del estudio, los médicos que usan bases de datos genómicas públicas necesitan ser conscientes del potencial de valores inflados de la carga de mutaciones tumorales y cómo eso puede afectar la selección y los resultados de la terapia, especialmente para pacientes de grupos subrepresentados.
Los médicos usan biomarcadores, que son indicadores de una enfermedad o afección, para determinar si los pacientes podrían beneficiarse de la inmunoterapia, un tipo de tratamiento que se usa para tratar el cáncer. Uno de esos biomarcadores es la carga de mutaciones tumorales, el número de mutaciones dentro de un tumor en comparación con las células normales. La mayoría de las veces que se calcula la carga de mutaciones tumorales, no se utilizan células normales y se utilizan bases de datos genómicas de mutaciones o algoritmos para filtrar los resultados.
El equipo de investigación recopiló datos de 701 pacientes a los que se les acababa de diagnosticar mieloma múltiple, incluidos 575 pacientes blancos autoinformados y 126 pacientes negros autoinformados. El equipo analizó el ADN de las células tumorales de los pacientes y de las células sanas para determinar las diferencias. El equipo emparejó los datos de secuenciación del exoma del tumor y de la línea germinal para analizar las diferencias entre las dos fuentes de ADN. Luego usaron bases de datos públicas para filtrar las variantes de mutación a partir de los datos de secuenciación del tumor.
«Actualmente, la FDA ha aprobado un umbral de más de 10 mutaciones por megabase de ADN para seleccionar pacientes para recibir inmunoterapia», dice Yan Asmann., Ph.D., bioinformático de Mayo Clinic y primer autor del estudio.
La inmunoterapia con inhibidores de puntos de control inmunitarios (un tipo de medicamento que bloquea las proteínas llamadas puntos de control) ayuda al cuerpo a reconocer y atacar las células cancerosas. y ha mejorado dramáticamente la supervivencia de los pacientes con muchos tipos de cáncer. Sin embargo, dado que las toxicidades autoinmunes con estos inhibidores pueden ser graves, es fundamental contar con una carga mutacional tumoral precisa como biomarcador para mejorar la capacidad de predecir el tratamiento óptimo para los pacientes. La carga de mutaciones tumorales se determina contando la cantidad de cambios en el ADN del tumor de un paciente.
«Determinar la carga de mutaciones tumorales se vuelve difícil cuando no se tiene ADN de las células normales de un paciente», dice Aaron Mansfield, MD, oncólogo médico de Mayo Clinic y autor correspondiente del artículo. «Por esta razón, los genomas de referencia se usan para comparar tumores con el fin de estimar la carga».
Según las experiencias del Dr. Mansfield con pacientes, le preocupaba que este tipo de enfoque para determinar la carga de mutaciones tumorales fuera inexacto. , especialmente en pacientes con antecedentes ancestrales que no están bien representados en las bases de datos del genoma de referencia.
«A nivel de un paciente individual, nuestros hallazgos sugieren que cuando secuenciamos tumores, también es importante secuenciar emparejaron tejidos normales para identificar con precisión las diferencias», dice el Dr. Mansfield. «A nivel de la comunidad de investigación, debemos continuar mejorando la representación de pacientes con antecedentes ancestrales diversos en las bases de datos genómicas de referencia».
Según el Dr. Mansfield, la carga mutacional precisa del tumor es particularmente importante en cánceres actualmente tratados con inhibidores del punto de control inmunitario, incluidos los cánceres de mama, vejiga, cuello uterino, colon, cabeza y cuello, hígado, pulmón, células renales, estómago y recto, así como el linfoma de Hodgkin, el melanoma y cualquier otro tumor sólido que no sea capaz de errores de reparación durante la replicación del ADN.
«Debe reconocerse que realizamos este estudio de prueba de principio en pacientes con mieloma múltiple. Sin embargo, los hallazgos de la inflación de la carga de mutación tumoral racialmente dispar podrían generalizarse a todos los tipos de cáncer», dice el Dr. Mansfield.
La falta de representación de diversos antecedentes en la investigación genómica es bien conocida. De más de 60.000 personas genotipadas y secuenciadas, solo el 8,6 % son de ascendencia africana, mientras que el 54,9 % son de ascendencia europea no finlandesa.
«Muchos investigadores de todo el mundo están buscando formas de mejorar la capacidad de seleccionar pacientes para recibir inmunoterapia», dice el Dr. Mansfield. «Hemos identificado un problema con un enfoque y hemos recomendado una solución».
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Un estudio encuentra que una alta carga de mutaciones tumorales predice la respuesta a la inmunoterapia en algunos cánceres, pero no en todos Proporcionado por Mayo Clinic Cita: La falta de diversidad en las bases de datos genómicas puede afectar la selección de terapias para grupos minoritarios (2021, 19 de marzo) recuperado el 30 de agosto de 2022 de https://medicalxpress.com/news/2021-03-lack-diversity-genomic-databases-affect.html Este documento está sujeto a derechos de autor. Aparte de cualquier trato justo con fines de estudio o investigación privados, ninguna parte puede reproducirse sin el permiso por escrito. El contenido se proporciona únicamente con fines informativos.