Se establece la vigilancia genómica de la resistencia a los antibióticos en Filipinas
Staphylococcus aureus – Placa de prueba de antibióticos. Crédito: CDC
La vigilancia de la resistencia a los antibióticos en Filipinas ha entrado en la era genómica, lo que permite un mejor seguimiento de las bacterias peligrosas. Investigadores del Centro de Vigilancia de Patógenos Genómicos (CGPS ubicado en el Instituto Wellcome Sanger y el Instituto de Big Data (BDI) de la Universidad de Oxford) y el Instituto Filipino de Investigación de Medicina Tropical (RITM), establecieron la secuenciación local del ADN y el análisis de bacterias resistentes a los medicamentos en Filipinas. Esta capacidad genómica ha mejorado el control nacional de infecciones en curso, incluido el seguimiento de la propagación de la resistencia a los antibióticos de última línea y la identificación de infecciones resistentes a los medicamentos en una unidad de bebés del hospital, lo que ayuda a controlar el brote.
Informado en Nature Communications esta semana, este estudio muestra el poder de la secuenciación genómica local dentro de las redes nacionales de vigilancia en países de bajos y medianos ingresos, y podría extenderse a otros lugares para enfrentar el desafío global de la resistencia a los antimicrobianos.
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La resistencia a los antimicrobianos (RAM) es un problema de salud global, con resistencia a los antibióticos comunes que se encuentran en todas las regiones del mundo. Esto significa que puede ser extremadamente difícil tratar algunas enfermedades bacterianas como MRSA, tuberculosis y gonorrea, y aumenta los riesgos de cualquier cirugía.
La vigilancia de AMR es fundamental para comprender y tratar de detener su propagación, y el ADN la secuenciación puede identificar mecanismos de resistencia y descubrir patrones de transmisión. Sin embargo, la vigilancia genómica es menos común en los países de ingresos bajos y medianos (LMIC), que se prevé que serán los más afectados por la RAM.
Filipinas tiene un Programa de Vigilancia de la Resistencia a los Antimicrobianos muy bien establecido dentro del Departamento de Salud de Filipinas, que utiliza métodos de laboratorio para rastrear la resistencia a los antimicrobianos. En 2018, los investigadores ayudaron a establecer una instalación de secuenciación de ADN dentro de este para desarrollar la capacidad local para la vigilancia genómica en Filipinas. Esto ha incluido el establecimiento de capacidad local en genómica e interpretación de datos a través de capacitación compartida.
Se secuenciaron muestras de más de 20 sitios en Filipinas, centrándose en bacterias que son resistentes a los antibióticos de última línea, y se enumeraron por la Organización Mundial de la Salud como patógenos de máxima prioridad para el desarrollo de nuevos antibióticos. Los equipos analizaron colectivamente los datos, crearon árboles filogenéticos que mostraron cómo las cepas bacterianas se relacionan entre sí y descubrieron varios clones de alto riesgo.
Combinar los hallazgos genéticos con datos epidemiológicos permitió a los investigadores identificar las cepas en lugares particulares. En un hospital identificaron un grupo de la misma cepa de Klebsiella pneumoniae resistente a los carbapenémicos en una unidad de cuidados intensivos neonatales y revelaron que esto se estaba propagando dentro del hospital. Esta evidencia permitió al hospital reforzar su equipo de control de infecciones para controlar posibles brotes futuros.
Dr. Celia Carlos, directora conjunta del proyecto del Instituto de Investigación de Medicina Tropical de Filipinas, dijo: «Aquí en Filipinas tenemos más de 30 años de experiencia en el desarrollo de métodos de laboratorio para rastrear la AMR, con nuestro Programa de Vigilancia de la Resistencia a los Antimicrobianos. Ahora, trabajando Con nuestros socios en el Reino Unido, hemos establecido la capacidad y la experiencia locales para la secuenciación del genoma completo en Filipinas, agregando la vigilancia genómica a estos otros métodos. Esto nos está ayudando a identificar las cepas resistentes emergentes mucho más rápido, para que podamos entender lo que está sucediendo. prevenir la transmisión de AMR y salvar vidas».
Dr. Silvia Argimn, primera autora del artículo del Centro de Vigilancia de Patógenos Genómicos, dijo: «El programa no solo ayudó a establecer la infraestructura genómica en Filipinas, sino que también permitió una estrecha colaboración entre los equipos del Reino Unido y Filipinas. Esto incluyó el intercambio visitas entre los investigadores y capacitación para transferir la propiedad de la secuenciación, el análisis y la comprensión al equipo en Filipinas, y aseguró que todos entendieran el ingenio y los desafíos de los sitios centinela».
La vigilancia genómica permite que el equipo describir las bacterias resistentes a los medicamentos en términos de sus cepas, qué genes permiten la resistencia y cómo esos genes se transfieren entre bacterias. A través de la genómica, Filipinas ahora tiene una perspectiva más amplia sobre la resistencia a los antimicrobianos a escala local, nacional e internacional, lo que permite el análisis de datos a un nivel que antes era difícil. Los datos se comparten con las agencias de salud pública de Filipinas y con la OMS para informar la comprensión local y global de la propagación de la resistencia al carbapenam.
Profesor David Aanensen, Director del Centro de Vigilancia de Patógenos Genómicos y líder conjunto en el proyecto, dijo: «Comprender la dinámica nacional en la resistencia a los antimicrobianos es importante en todos los países del mundo para evitar la propagación global, y se requieren nuevas tecnologías y herramientas que mejoren esta capacidad. El trabajo del equipo de Filipinas para establecer la genómica dentro de una vigilancia nacional La red es un ejemplo para la adopción que podría ampliarse para abordar el desafío global de la resistencia a los antimicrobianos u otras infecciones».
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El estudio de vigilancia de la gonorrea mapea la resistencia a los antibióticos en toda Europa Más información: Silvia Argimn et al, Integración de la secuenciación del genoma completo dentro del Programa Nacional de Vigilancia de la Resistencia a los Antimicrobianos en Filipinas, Nature Com comunicaciones (2020). DOI: 10.1038/s41467-020-16322-5 Información de la revista: Nature Communications
Proporcionado por Wellcome Trust Sanger Institute Cita: Vigilancia genómica de la resistencia a los antibióticos en Filipinas establecido (5 de junio de 2020) recuperado el 31 de agosto de 2022 de https://medicalxpress.com/news/2020-06-genomic-surveillance-antibiotic-resistance-philippines.html Este documento está sujeto a derechos de autor. Aparte de cualquier trato justo con fines de estudio o investigación privados, ninguna parte puede reproducirse sin el permiso por escrito. El contenido se proporciona únicamente con fines informativos.