Lecciones virales de la supercomputación
Crédito: CC0 Public Domain
La acción rápida y efectiva es esencial para enfrentar cualquier crisis con decisión. Y, si es global como la pandemia de COVID-19, estas acciones deben coordinarse de manera eficiente para aumentar su impacto y disminuir la amenaza inicial. Esto es exactamente lo que se propuso lograr PRACE COVID-19 Fast Track Call, al asignar miles de años de simulaciones por computadora (sin cargo) para ayudar a combatir COVID-19. Ahora, la comunidad científica está cosechando las lecciones que surgieron de la iniciativa.
La investigación llevada a cabo a través de la convocatoria acelerada COVID-19 ha aportado algunas lecciones interesantes para la comunidad científica. La Prof. Nria López, líder del grupo ICIQ y miembro del Comité Directivo Científico (SSC) de PRACE, es la primera autora del artículo «Lecciones aprendidas de la informática urgente en Europa: abordar la pandemia de COVID-19» que acaba de publicarse en la revista Proceedings of la Academia Nacional de Ciencias (PNAS).
Cuando la pandemia de COVID-19 golpeó a Europa a principios de 2020, PRACE puso en práctica una idea planeada desde hace mucho tiempo de un programa acelerado para situaciones de crisis: el COVID- 19 Llamada de vía rápida. La idea detrás de la convocatoria es que las simulaciones son a menudo el primer paso esencial en una cadena de valor que, por ejemplo, conduce en su última fase a la aprobación de un nuevo medicamento. Por lo tanto, la asignación gratuita de recursos de computación de alto rendimiento (HPC), así como garantizar la disponibilidad de los resultados para toda la comunidad a través de los principios de la Ciencia Abierta, aceleraría la generación de conocimiento científico sólido. Esto, a su vez, catalizaría y enfocaría la investigación en un área en particular, creando puntos críticos de actividad científica.
«Vimos que había una necesidad y una oportunidad de hacer computación urgente, y ahora tenemos nuestra herramientas listas para enfrentar este tipo de desafíos. Esta experiencia nos ha enseñado mucho y, cuando surja una nueva crisis, podremos hacerlo nuevamente. La Ciencia Abierta es particularmente importante en tiempos de necesidad», explica el Prof. López.
En cuatro meses, la Convocatoria Fast Track COVID-19 recibió 80 propuestas, lo que demuestra el compromiso de la comunidad científica para ayudar en momentos de necesidad. Las propuestas de proyectos entrantes se dividieron en cinco grandes grupos: investigación biomolecular, detección de compuestos, dinámica de fluidos, transmisión de virus a través de gotitas y epidemiología. Además, doce de los proyectos también utilizaron técnicas de inteligencia artificial (IA) para modelar la propagación de infecciones o realizar investigaciones bioestructurales. Al final, los investigadores de toda Europa pudieron utilizar más de quinientos millones de horas centrales de simulaciones por computadora para luchar contra la pandemia de COVID-19 a través del tiempo de llamada que asciende a más de 57 000 años.
Después de trabajar durante más un año para establecer un acceso informático urgente, el comité PRACE encargado de evaluar las propuestas y asignar los recursos HPC ha condensado las lecciones clave derivadas de la convocatoria, que servirán como modelo para el próximo programa acelerado para situaciones de crisis. Las lecciones clave son: garantizar la disponibilidad y apertura de los datos producidos y los metadatos relacionados; el fomento de propuestas interdisciplinarias, que aborden los efectos integrados, altamente entrelazados y en cascada de una pandemia u otras emergencias; la modificación de los requisitos técnicos para apoyar propuestas en campos científicos menos preparados técnicamente para funcionar con HPC pero potencialmente útiles para combatir la pandemia u otras crisis; y la implementación de una rigurosa evaluación científica por pares para evitar propuestas que no puedan arrojar resultados tangibles en el corto plazo.
«La comunidad ha trabajado mucho en el Fast Track Calle COVID-19, todos los involucrados han han sido muy generosos con su tiempo. Ha sido una experiencia muy positiva. Sin embargo, necesitamos más personas estudiando y trabajando en áreas técnicas, ya que esto nos permitirá tener los mejores algoritmos y usarlos de manera eficiente cuando surja la próxima crisis”, concluye. Prof. López.
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Inteligencia artificial para permitir una revisión acelerada de las propuestas de investigación de COVID-19 Más información: Lecciones aprendidas de la informática urgente en Europa: abordar la pandemia de COVID-19, Actas de la Academia Nacional de Ciencias (2021). doi.org/10.1073/pnas.2024891118 Información de la revista: Actas de la Academia Nacional de Ciencias
Proporcionado por el Instituto de Investigaciones Químicas de Cataluña Cita: Lecciones virales de supercomputing (2021, 1 de noviembre) recuperado el 29 de agosto de 2022 de https://medicalxpress.com/news/2021-11-viral-lessons-supercomputing.html Este documento está sujeto a derechos de autor. Aparte de cualquier trato justo con fines de estudio o investigación privados, ninguna parte puede reproducirse sin el permiso por escrito. El contenido se proporciona únicamente con fines informativos.