Científico explica la secuenciación del genoma del SARS-CoV-2

Crédito: Pixabay/CC0 Dominio público

La variante omicron de COVID-19 ha sido reportada en casi la mitad de los estados de EE. UU. desde que se detectó por primera vez en California el 1 de diciembre El segundo caso conocido de omicron en el país fue identificado en Minnesota.

«Las personas que detectan omicrones en estados, condados y países no significan necesariamente que hayan sido los primeros en tenerlo», dice la Dra. Bobbi Pritt, directora de la División de Microbiología Clínica de Mayo Clinic. “Es solo que fueron uno de los primeros en detectarlo. En Minnesota, fuimos uno de los primeros estados en detectar la presencia de la variante omicron. Y eso se debe a que secuenciamos una gran cantidad de nuestras muestras positivas de COVID-19. Tenemos un muy buen sistema de secuenciación».

Mayo Clinic Laboratories ha estado trabajando con funcionarios de salud del estado de Minnesota y otros centros médicos académicos en busca de nuevas variantes mediante el análisis del código genético del virus.

Para ayudar a comprender mejor la secuenciación del genoma y cómo funciona, el Dr. Pritt responde en estas preguntas y respuestas.

¿Qué significa rastrear una variante o secuenciar un genoma?

Cuando hablamos de identificar variantes o rastrear variantes de virus, generalmente se refiere a analizar el código genético de los virus para ver si es una variante y qué variante es.

¿Puede explicar el proceso de secuenciación molecular?

Primero, debe comenzar con la muestra positiva. Tienes una muestra de un paciente que contiene el SARS-CoV-2 (el virus que causa el COVID-19), luego tomas esa muestra positiva, la sometes a algo llamado extracción donde extraes el código genético del virus y lo purificas. junto con todo el ADN y ARN humano también.

Luego lo sometes a PCR (reacción en cadena de la polimerasa). Y las PCR, en el caso de las pruebas que estamos usando en Mayo Clinic, son pruebas que amplifican pequeños fragmentos de todo el virus o casi todo el código genético del virus para producir millones y millones de copias. Luego hay que secuenciar todas esas pequeñas piezas que han sido amplificadas.

A continuación, se crea el código genético, letra por letra. Y ese código se compara con una biblioteca de secuencias disponible públicamente para que pueda ver si coincide con una de las variantes conocidas o si podría ser algo completamente nuevo.

Esta es la secuenciación de próxima generación: el proceso de secuenciar ADN o ARN mediante la producción de millones de lecturas de secuencias de forma masivamente paralela. También conocida como secuenciación profunda, la secuenciación de última generación permite la secuenciación del genoma completo de un microorganismo.

Crédito: Clínica Mayo

¿Cómo se utiliza la secuenciación genética para la vigilancia de COVID-19 para rastrear estas nuevas cepas? ?

Usas la información que obtienes de la secuenciación de varias maneras diferentes para ver qué variantes circulan en la comunidad y si hay nuevas variantes, quizás algunas que aún no tienen nombre. Esa es una de las razones por las que querría secuenciar para identificar nuevas variantes, pero generalmente es para rastrear la propagación de variantes conocidas a medida que pasan por la comunidad.

¿Cuál es el tiempo involucrado y la capacidad de secuenciación? máquinas?

Como se mencionó anteriormente, la secuenciación genómica es un proceso complejo que involucra múltiples pasos.

Aquí en Mayo Clinic, usamos dos pruebas diferentes para la secuenciación. Uno se realiza en nuestro laboratorio clínico y se utiliza principalmente con fines de prevención y control de infecciones. Los resultados no se usan para guiar el tratamiento en este punto. La otra prueba que utilizamos se realiza en un laboratorio de investigación que tiene una capacidad mucho mayor. Podemos secuenciar más de 700 especímenes a la vez. Ese proceso lleva mucho más tiempo porque tenemos varios equipos involucrados.

¿Por qué no se secuencian todas las pruebas positivas?

Conocer la variante, actualmente, no afecta el tratamiento, queremos saber qué está circulando en la comunidad para rastrear cómo se está propagando el virus. Al monitorear las variantes y compartir información en bases de datos disponibles públicamente, la secuenciación puede ayudar a los funcionarios de salud pública a comprender mejor los brotes y tomar decisiones.

Por ejemplo, si tuviera un resultado positivo en la prueba de COVID-19, mantenerse alejado de otras personas hasta que haya transcurrido cierto tiempo, para que supiera que no era infeccioso. No necesito saber las variantes que tengo. Pero si estuviera con un grupo de personas y todos nos infectáramos, pensamos en una determinada fiesta o evento, como lo que estamos viendo en la ciudad de Nueva York con la conferencia de anime, entonces podría ser útil conocer la variante para que podamos podría rastrear la propagación desde el punto de vista de la salud pública para comprender cómo esa variante puede haberse propagado entre varias personas.

¿Qué deben tener en cuenta las personas en este momento con la nueva variante de COVID-19?

Debemos recordar que esto es un virus y es propenso a seguir mutando. Algunas mutaciones pueden ser clínicamente importantes, otras pueden no serlo en absoluto. Puede surgir una nueva variante, y luego puede desaparecer y puede que nunca tenga ningún significado. Por ejemplo, algunas de las variantes anteriores beta, gamma ya no las vemos, pero la variante delta, por otro lado, se extendió muy rápidamente. Tenga en cuenta que cada vez que tenemos una nueva variante, no siempre es una preocupación inmediata. Necesitamos observar y seguir su progreso a lo largo del tiempo.

Lo más importante para detener este virus y prevenir nuevas mutaciones es vacunar a todos y seguir utilizando todas nuestras medidas preventivas (uso de mascarillas, distanciamiento social) porque el virus solo muta cuando está dentro de las personas. Cuantas menos personas estén infectadas, menor será la probabilidad de que surja una mutación y aparezca una nueva variante.

Todos deben vacunarse y continuar con el distanciamiento social y el uso de mascarillas. Aunque es difícil y todos estamos cansados de la pandemia, debemos permanecer alerta.

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El seguimiento de las variantes del virus en EE. UU. ha mejorado después de un comienzo lento Proporcionado por Mayo Clinic Cita: Científico explica la secuenciación del genoma del SARS-CoV-2 (2021, 14 de diciembre) consultado el 29 Agosto de 2022 de https://medicalxpress.com/news/2021-12-scientist-genome-sequencing-sars-cov-.html Este documento está sujeto a derechos de autor. Aparte de cualquier trato justo con fines de estudio o investigación privados, ninguna parte puede reproducirse sin el permiso por escrito. El contenido se proporciona únicamente con fines informativos.