CovMT: Seguimiento de mutaciones de virus en todo el mundo
Crédito: CC0 Dominio público
Un rastreador de SARS-CoV-2 utiliza datos de secuenciación disponibles públicamente para mostrar cómo el virus está cambiando y propagándose con el tiempo. El rastreador, llamado CovMT, fue desarrollado en KAUST y se espera que ayude a los investigadores y legisladores a comprender la evolución de las mutaciones del virus. Esto podría tener implicaciones para el desarrollo de vacunas, el tratamiento de pacientes y la implementación de restricciones.
«A medida que surgen nuevas variantes del virus SARS-CoV-2, las autoridades de todo el mundo necesitan saber si estas u otras variantes similares han ingresado a sus países», dice el biólogo computacional Intikhab Alam, quien diseñó el sistema CovMT con un equipo en el Centro de Investigación de Biociencia Computacional de KAUST. «La Organización Mundial de la Salud insiste en que todos los países intensifiquen sus esfuerzos de secuenciación. Con este aumento en la secuenciación, esperamos que CovMT ayude a los investigadores, el público y los legisladores a explorar información actualizada específica del país sobre los esfuerzos de secuenciación, la evolución variantes del virus y gravedad de la enfermedad».
Cada día, los datos disponibles públicamente se descargan a CovMT desde GISAID, una iniciativa que recopila secuencias genéticas y los datos clínicos y epidemiológicos relacionados sobre el virus SARS-CoV-2 de varios partes del mundo. La plataforma CovMT procesa estos datos para detectar mutaciones y huellas dactilares de mutación y definir clados.
CovMT luego proporciona gráficos interactivos para ayudar a visualizar los resultados en una forma fácil de usar.
Por ejemplo, el rastreador muestra qué clados de SARS-CoV-2 están presentes en qué continentes. También muestra los países que están proporcionando datos de secuenciación del SARS-CoV-2 y las huellas dactilares mutacionales locales y extranjeras del virus presente en cada país.
El equipo ideó el concepto de «huellas dactilares mutacionales» para describir el virus aislamientos que tienen el mismo conjunto de mutaciones virales. Esto ayuda a los científicos a ver dónde se detectó por primera vez un virus con una huella dactilar mutacional y luego a qué países finalmente se propagó. Dado que GISAID incluye algunos datos de pacientes que correlacionan las variantes y mutaciones del virus con la gravedad de la enfermedad, el rastreador también puede predecir la gravedad de la enfermedad de los virus aislados que tienen huellas dactilares mutacionales similares pero carecen de datos del paciente.
El rastreador muestra que el B La variante .1.1.7, que adquirió una mutación específica en su proteína espiga llamada N501Y para provocar un rápido aumento de infecciones en el Reino Unido en los meses de otoño e invierno de 2020, también adquirió la mutación E484K. Esto podría tener implicaciones para la eficacia de la vacuna contra esta variante.
Además, el rastreador muestra que 510 virus aislados de la variante B.1.351 tienen tres mutaciones en la región de unión al receptor de la proteína de punta. Esta región es de particular importancia porque las mutaciones en ella podrían hacer que el virus sea más infeccioso. Esta variante de triple mutación RBD ahora se encuentra en Sudáfrica, el Reino Unido y otros 22 países.
«CovMT se puede adaptar para otras enfermedades infecciosas como MERS-CoV y el virus de la influenza en el futuro», dice molecular biólogo, Takashi Gojobori, director interino del Centro de Investigación de Biociencia Computacional de KAUST. Formó el grupo de trabajo que desarrolló CovMT.
«También estamos haciendo una versión específica para Arabia Saudita del rastreador para el Centro Saudita para la Prevención y el Control de Enfermedades. Para monitorear variantes de preocupación en el reino, haremos necesitamos aumentar nuestro esfuerzo nacional de secuenciación», explica Gojobori. «Un consorcio COVID-19 en Arabia Saudita podría ser nuestra mejor opción para lograr esto».
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¿Cuál es el problema con las variantes de COVID-19? Más información: Intikhab Alam et al. CovMT: un rastreador interactivo de mutaciones de SARS-CoV-2, con un enfoque en variantes críticas, The Lancet Infectious Diseases (2021). DOI: 10.1016/S1473-3099(21)00078-5 Información de la revista: Lancet Infectious Diseases
Proporcionado por la Universidad de Ciencia y Tecnología King Abdullah Cita: CovMT: Seguimiento de mutaciones de virus en todo el mundo (22 de febrero de 2021) recuperado el 30 de agosto de 2022 de https://medicalxpress.com/news/2021-02-covmt-tracking-virus-mutations-world.html Este documento está sujeto a derechos de autor. Aparte de cualquier trato justo con fines de estudio o investigación privados, ninguna parte puede reproducirse sin el permiso por escrito. El contenido se proporciona únicamente con fines informativos.