Estudio a gran escala encuentra que la tecnología de pruebas genéticas detecta falsamente variantes muy raras
Crédito: CC0 Public Domain
Una tecnología que es ampliamente utilizada por las compañías comerciales de pruebas genéticas es «extremadamente poco confiable» para detectar variantes muy raras, lo que significa que los resultados sugieren individuos portan variantes genéticas raras que causan enfermedades suelen ser incorrectas, según una nueva investigación publicada en el BMJ.
Después de enterarse de casos en los que se programó una cirugía a mujeres después de que se les dijera erróneamente que tenían variaciones genéticas muy raras en el gen BRCA1 que podrían aumentar significativamente el riesgo de cáncer de mama, un equipo de la Universidad de Exeter realizó un análisis a gran escala de las tecnología utilizando datos de casi 50.000 personas. Encontraron que la tecnología identificó erróneamente la presencia de variantes genéticas muy raras en la mayoría de los casos.
El equipo analizó chips SNP, que prueban la variación genética en cientos de miles de ubicaciones específicas en todo el genoma. Si bien son excelentes para detectar variaciones genéticas comunes que pueden aumentar el riesgo de enfermedades como la diabetes tipo 2, los genetistas saben desde hace mucho tiempo que son menos confiables para detectar variaciones más raras. Sin embargo, este problema es menos conocido fuera de la comunidad de investigación genética, y los chips SNP son ampliamente utilizados por empresas comerciales que ofrecen pruebas genéticas directamente a los consumidores.
Caroline Wright, profesora de medicina genómica en la Universidad de Exeter Medical School, autor principal del artículo, dijo: «Los chips SNP son fantásticos para detectar variantes genéticas comunes, pero debemos reconocer que las pruebas que funcionan bien en un escenario no son necesariamente aplicables a otros. Hemos confirmado que los chips SNP son extremadamente deficiente en la detección de variantes genéticas causantes de enfermedades muy raras, lo que a menudo arroja resultados falsos positivos que pueden tener un profundo impacto clínico. Estos resultados falsos se han utilizado para programar procedimientos médicos invasivos que eran innecesarios e injustificados».
El equipo comparó datos de chips SNP con datos de la herramienta más confiable de secuenciación de próxima generación en 49,908 participantes del Biobanco del Reino Unido, y otras 21 personas que compartieron los resultados de su c Pruebas genéticas de consumidores a través del Proyecto Genoma Personal.
El estudio concluyó que los chips SNP funcionaron extremadamente bien en la detección de variantes genéticas comunes. Sin embargo, cuanto más rara era la variación, menos confiables se volvían los resultados. En variantes muy raras, presentes en menos de 1 de cada 100 000 personas, típicas de las que causan enfermedades genéticas raras, el 84 por ciento fueron falsos positivos en el Biobanco del Reino Unido. En los datos de clientes comerciales, 20 de 21 individuos analizados tenían al menos una variante causante de enfermedades raras falsamente positiva que había sido genotipada incorrectamente.
Dr. Leigh Jackson, profesora de Medicina Genómica en la Universidad de Exeter y coautora del artículo, dijo: «La cantidad de falsos positivos en variantes genéticas raras producidas por chips SNP fue sorprendentemente alta. Para ser claros: una enfermedad muy rara. causante de la variante detectada usando un chip SNP es más probable que sea incorrecta que correcta Aunque algunas compañías de genómica de consumo realizan secuenciación para validar resultados importantes antes de entregarlos a los consumidores, la mayoría de los consumidores también descargan sus datos de chip SNP «en bruto» para un análisis secundario, y esto los datos sin procesar todavía contienen estos resultados incorrectos. Las implicaciones de nuestros hallazgos son muy simples: los chips SNP funcionan mal para detectar variantes genéticas muy raras y los resultados nunca deben usarse para guiar la atención médica de un paciente, a menos que hayan sido validados».
El artículo publicado hoy en el BMJ se titula «Uso de chips SNP para detectar variantes patógenas muy raras: evaluación diagnóstica retrospectiva basada en la población».
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Uso de datos de secuenciación de ADN con registros de salud electrónicos para encontrar variantes raras detrás de enfermedades hereditarias Más información: BMJ (2021). www.bmj.com/content/372/bmj.n214 Información de la revista: British Medical Journal (BMJ)
Proporcionado por la Universidad de Exeter Cita: Gran escala estudio encuentra que la tecnología de pruebas genéticas detecta falsamente variantes muy raras (2021, 15 de febrero) consultado el 30 de agosto de 2022 de https://medicalxpress.com/news/2021-02-large-scale-genetic-technology-falsely-rare.html Este documento está sujeto a derechos de autor. Aparte de cualquier trato justo con fines de estudio o investigación privados, ninguna parte puede reproducirse sin el permiso por escrito. El contenido se proporciona únicamente con fines informativos.