Por qué es crítica la vigilancia de COVID-19 en Nigeria
Distribución temporal de clados de SARS-CoV-2 en Nigeria y África Occidental. Distribución de frecuencias de clados mensuales utilizando la nomenclatura Nextclade para clados con una frecuencia >1 % tanto en Nigeria como en África Occidental en comparación con los principales clados observados en Europa y Sudáfrica. Todas las secuencias de GISAID depositadas hasta el 30 de septiembre de 2021 se utilizaron para examinar el período de dominancia Delta. Se indica el número de secuencias utilizadas por ubicación geográfica. Se utilizó la nomenclatura Nextclade debido a su claridad para representar los principales clados. Crédito: DOI: 10.1038/s41467-022-28317-5
Si Estados Unidos ignora el COVID-19 en Nigeria, renunciamos a la vigilancia genómica global bajo nuestro propio riesgo, informa un nuevo estudio de Northwestern Medicine publicado en Nature Communications.
El estudio encontró que los esfuerzos globales para rastrear variantes no informaron una variante probable de preocupación, Eta, que circulaba en Nigeria a principios de 2021. A esto le siguió la circulación de un sublinaje delta raro en la región que era diferente de la variante delta que circulaba en la mayoría de las otras partes del mundo.
«Nigeria es el séptimo país más poblado del planeta, pero había muy pocos datos de secuenciación viral disponibles de Nigeria hasta que comenzamos este estudio», dijo co- autor correspondiente del estudio Judd Hultquist, Ph.D., profesor asistente de Medicina en la División de Enfermedades Infecciosas. «La preocupación de tener estas lagunas en la vigilancia es que pueden aparecer nuevas variantes en lugares del mundo que no estamos viendo. No queremos que nos pillen desprevenidos si de repente surge en el mundo una nueva variante con propiedades únicas». etapa».
Hultquist también es director asociado del Centro de Genómica de Patógenos y Evolución Microbiana (CPGME).
«Este estudio demuestra la necesidad crítica de cooperación internacional en la vigilancia de enfermedades infecciosas en regiones submuestreadas para el monitoreo y la detección de ‘alerta temprana’ de nuevas variantes de SARS-CoV-2 con potencial preocupante», dijo Ramón Lorenzo-Redondo, Ph.D., profesor asistente de Medicina en la División de Enfermedades Infecciosas, director de bioinformática de el CPGME y coautor correspondiente del estudio.
Los científicos de Northwestern secuenciaron casi 400 hisopos nasales de pacientes nigerianos con COVID-19, recolectados por el colaborador Moses Adewumi, Ph.D., y su equipo en la Universidad de Ibadan, que envía envió los especímenes a Northwestern para su secuenciación y análisis. Los científicos de Ibadan aún no tenían el equipo o los recursos para secuenciar muestras en su propia institución.
«Lo que encontramos fue realmente inesperado», dijo Hultquist.
‘Vacíos en la licencia de vigilancia vulnerables’
Investigadores de Northwestern descubrieron dos variantes diferentes del virus que surgieron en Nigeria en diferentes momentos, pero que en gran medida no se informaron.
«Mostramos una de esas variantes ahora llamada Eta por el Organización Mundial de la Salud tenía todas las características de una variante de preocupación», dijo Hultquist. «La proteína espiga de la variante Eta fue más eficaz para promover la infección in vitro y mejoró la evasión viral de las respuestas de anticuerpos neutralizantes después de la infección natural. Además, Eta pudo superar a la variante Alfa en la región antes de la llegada de Delta.
«Cuando Alpha estaba circulando, era un foco importante de preocupación para los funcionarios de salud pública y se informó ampliamente en los medios. Pero Eta fue más importante en Nigeria y otros países de África occidental, incluso superó a Alpha en estas regiones, y lo perdimos por completo. Este tipo de brechas en la vigilancia nos dejan vulnerables. ¿Cuánto tiempo estamos dispuestos a correr el riesgo de que aparezca una variante importante y la perdamos hasta que ya esté aquí?»
Se sospecha que varias otras variantes preocupantes, incluidas Beta y Omicron, se originaron a partir de África, enfatizando la importancia de monitorear estas regiones submuestreadas. Científicos en Sudáfrica identificaron la variante omicron desde el principio y advirtieron que podría representar una nueva variante de preocupación, permitiendo que otros países se preparen.
«Tenían toda la razón «, dijo Hultquist.
Las diferencias en los tipos de virus SARS-CoV-2 que se encuentran en Nigeria en comparación con el resto del mundo sugieren que hay algo en la región que está impulsando la evolución de estas variantes únicas. , que los científicos no entienden del todo.
En Nigeria se está produciendo una dinámica viral muy diferente. ¿Por qué?
«En este estudio, hemos observado expansiones repetidas de linajes globalmente poco comunes en Nigeria , lo que indica una dinámica viral muy diferente que ocurre en Ni geria en comparación con otras regiones del mundo», dijo Lorenzo-Redondo.
El país ha informado un número relativamente bajo de hospitalizaciones y un bajo número de muertes durante la pandemia, a pesar de las bajas tasas de vacunación y una población de más de 200 un millón de personas. Si bien es posible que los bajos recuentos de casos y las hospitalizaciones se deban a la falta de informes, se cree que la cantidad de muertes es más precisa. Parte de la explicación de esta baja tasa de mortalidad podría ser la población general más joven de Nigeria, «pero lo más probable es que otros factores complejos que aún no se entienden relacionados con la inmunidad del huésped y/o las interacciones virus-huésped estén jugando un papel muy importante», dijo Lorenzo-Redondo.
«El hecho de que hayamos visto aparecer variantes extrañas repetidamente en Nigeria sugiere que el virus está ahí y en cantidades lo suficientemente altas como para estar evolucionando activamente», dijo Hultquist.
Para identificar qué variantes puede ser problemático, los científicos confían en cuántas veces lo ven y si está asociado con aumentos de casos, hospitalizaciones o muertes. Pero si aparece una variante en Nigeria, donde hay poca secuenciación, los científicos podrían pasar por alto las primeras señales de advertencia. Para cuando se propaga por todo el mundo, ya es demasiado tarde, dijo Hultquist.
«Tenemos que empezar a tratar esta pandemia realmente como una pandemia global», dijo Hultquist. «Este estudio demuestra cómo nuestra falta de un esfuerzo dedicado de vigilancia genómica global está dando como resultado datos sesgados con riesgos potenciales. Es importante comprender qué nuevas variantes están surgiendo para informar las mejores prácticas en la atención clínica y la política de salud pública».
Recolectar muestras de África Occidental actualmente es demasiado arduo
Pero muchos países de bajos y medianos ingresos necesitan más apoyo. El esfuerzo requerido para obtener las muestras de Nigeria muestra los desafíos inherentes a estos esfuerzos. Los investigadores de Ibadan tuvieron que viajar a Lagos, la ciudad más grande del país, para obtener hielo seco, a veces manejando entre cuatro y 10 horas en malas condiciones del camino para hacerlo. Después de regresar para empacar las muestras en el hielo, tuvieron que conducir nuevamente a Lagos para enviarlas a los EE. UU. en un total de cuatro viajes, a menudo arduos.
Mejor acceso a equipos de secuenciación, suministros y capacitación permitiría que se hiciera más vigilancia en Nigeria. La creación de capacidad para este tipo de trabajo en otros países sigue siendo un objetivo importante para el Centro de Genómica de Patógenos y Evolución Microbiana y el Instituto de Salud Global Robert J. Havey, MD.
Explore más
Omicron confirmado en nueve países africanos, dicen funcionarios Más información: Egon A. Ozer et al, Multiple expansions of globally uncommon SARS-CoV-2 lineages in Nigeria, Nature Comunicaciones (2022). DOI: 10.1038/s41467-022-28317-5 Proporcionado por la Universidad Northwestern Cita: Por qué la vigilancia de COVID-19 en Nigeria es crítica (2022, 4 de febrero) obtenido el 29 de agosto de 2022 de https://medicalxpress. com/news/2022-02-covid-surveillance-nigeria-critical.html Este documento está sujeto a derechos de autor. Aparte de cualquier trato justo con fines de estudio o investigación privados, ninguna parte puede reproducirse sin el permiso por escrito. El contenido se proporciona únicamente con fines informativos.