St. El portal Jude Cloud amplía el acceso al tesoro de datos de tumores sólidos pediátricos
Esta semana debutó un portal de datos innovador e interactivo basado en la nube que permite a los investigadores académicos extraer la colección de recursos científicos más grande y completa del mundo para estudiar tumores sólidos pediátricos y su biología relacionada. El portal de datos de la Red de Tumores Sólidos Infantiles (CSTN) en St. Jude Cloud se creó para mejorar el acceso a los datos detallados disponibles a través de la red, estimulando la investigación y el desarrollo de terapias novedosas que salvan vidas.
El CSTN incluye una amplia variedad de datos sobre 170 muestras derivadas de pacientes que representan 21 tumores sólidos infantiles diferentes, incluidos neuroblastoma, rabdomiosarcoma y tumores raros. Las muestras son xenoinjertos ortotópicos derivados de pacientes, lo que significa que las muestras de tumores humanos se implantan y cultivan en la ubicación correspondiente en ratones.
Las muestras de tumores y los datos relacionados se comparten con investigadores académicos sin cargo y sin obligación de colaborar. Michael Dyer, Ph.D., presidente del departamento de Neurobiología del Desarrollo de St. Jude, y Alberto Pappo, MD, del departamento de Oncología de St. Jude, lanzaron la red en 2013. El objetivo era acelerar los descubrimientos en el campo. «No hubo una mejora significativa en los resultados de los niños con tumores sólidos en las últimas tres décadas», dijo Dyer, investigador del Instituto Médico Howard Hughes. Los tumores sólidos pediátricos son tumores del desarrollo. Para comprender cómo comienza, crece y se propaga el tumor, es necesario estudiarlo en el entorno en el que se desarrolla.
«A medida que crecía el interés en la red, nos dimos cuenta de que los científicos necesitaban profundizar en los datos, dijo Dyer. «Creamos el navegador interactivo para que eso sea posible». El portal de datos CSTN se presentó esta semana en la reunión anual de la Asociación Estadounidense para la Investigación del Cáncer, que se llevó a cabo de manera virtual.
Datos basados en la web
El portal hace que sea más fácil para los investigadores para descargar y analizar los datos por sí mismos.
Los datos disponibles y las herramientas analíticas incluyen:
- Secuenciación del genoma completo de última generación de los tumores del paciente, la línea germinal y el paciente ortotópico. xenoinjertos derivados. Estos se presentan como una aplicación interactiva, lo que permite mapas de calor personalizados para representar mutaciones y búsquedas de genes individuales. Las secuencias genómicas sin procesar también se cargan y están disponibles.
- Navegadores interactivos para datos epigenéticos y, en algunos casos, proteómicos
- Imágenes histológicas con tinciones específicas de tejido e imágenes de microscopía electrónica con tres aumentos para cada muestra
- Análisis clonal de muestras de pacientes coincidentes y xenoinjertos ortotópicos
- Búsqueda a nivel de muestra y visualización de datos de caracterización específicos que permiten a los usuarios filtrar por factores como la edad del paciente en el momento del diagnóstico o versus tumores recurrentes
Informes farmacocinéticos preclínicos, protocolos de propagación de tumores y más
La secuenciación de ARN de una sola célula de pacientes y xenoinjertos ortotópicos derivados de pacientes está en marcha. Se agregan muestras y datos de tumores adicionales a la red a medida que están disponibles.
Los investigadores académicos también pueden solicitar células crioconservadas de xenoinjertos ortotópicos derivados de pacientes, así como células o tejidos frescos congelados y fijados con formalina e incluidos en parafina. bloques de tejido.
Hasta junio de 2020, más de 200 investigadores de más de 100 instituciones en todo el mundo han solicitado y recibido más de 1500 muestras de tumores de la red.
«Creemos que la red y el portal de datos son la mejor manera de aprovechar al máximo las muestras de tejido tumoral que los niños y sus padres han donado para proporcionar recursos para acelerar las curas y comprender las enfermedades», dijo Asa Karlstrom, Ph.D., de Neurobiología del Desarrollo. Fue coautora de un informe sobre el portal de datos de la red que se incluyó en una sesión de carteles de la AACR.
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El equipo crea un recurso para la investigación de tumores cerebrales pediátricos Proporcionado por St. Jude Children’s Research Hospital Cita: El portal St. Jude Cloud amplía el acceso al tesoro oculto de datos de tumores sólidos pediátricos ( 2020, 26 de junio) recuperado el 31 de agosto de 2022 de https://medicalxpress.com/news/2020-06-st-jude-cloud-portal-access.html Este documento está sujeto a derechos de autor. Aparte de cualquier trato justo con fines de estudio o investigación privados, ninguna parte puede reproducirse sin el permiso por escrito. El contenido se proporciona únicamente con fines informativos.