A medida que las infecciones por omicrones aumentan rápidamente en Nueva Zelanda, la vigilancia del genoma cambia de marcha
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La secuenciación genómica ha sido una herramienta clave durante la pandemia de COVID-19 de Aotearoa, y los datos generados aquí ahora forman parte de los 8,5 millones de genomas compartidos globalmente.
Nos ha ayudado a comprender cómo llegaron los casos aquí y el alcance de los brotes comunitarios. También nos ha brindado información detallada sobre cómo se transmite el virus de persona a persona, en un avión o en un centro de cuarentena.
A medida que omicron se propaga rápidamente por todo el país, es importante considerar cuál es la mejor forma de implementar la genómica. para lograr nuestros objetivos de salud pública. ¿Qué casos debemos secuenciar y por qué? ¿Cuál es el papel de las aguas residuales cuando sabemos que ya hay casos en nuestras ciudades y regiones?
Aunque nuestra capacidad de prueba y genómica se vea abrumada por la gran cantidad de casos, la secuenciación seguirá desempeñando un papel importante.
En primer lugar, debemos estar atentos a las nuevas variantes virales y realizar un seguimiento de las que ya circulan en la comunidad. Esta es una función central de la vigilancia genómica y parte de un esfuerzo global, con científicos de todo el mundo secuenciando variantes en su patio trasero.
Algo que buscamos son cambios (mutaciones) en el virus que puedan afectar su capacidad de transmisión, evadir nuestras vacunas o defensas inmunitarias, o causar una enfermedad aún más grave. Se presta especial atención a las mutaciones en la proteína de pico viral, en el exterior del virus, que le permite adherirse a las células e infectarlas.
La vacuna de Pfizer que hemos usado en Aotearoa esencialmente le presenta al cuerpo una copia de la proteína espiga para entrenar al sistema inmunitario para que cree anticuerpos y otras defensas contra ella. Los cambios importantes en el pico podrían permitir que el virus evadiera al menos la primera línea de nuestras defensas inmunitarias, como hemos visto con la variante omicron, que contiene más de 30 mutaciones diferentes en la proteína del pico.
Los brazos virales raza
Con relativamente pocos casos en general en Nueva Zelanda, y solo la variante delta que ha persistido en la comunidad durante más de unos pocos meses, hasta ahora no hemos visto que surjan nuevas mutaciones o variantes preocupantes aquí. Pero pequeñas mutaciones o deleciones en el código genético del virus siguen siendo útiles para vincular grupos y detectar nuevas introducciones en la comunidad.
Este árbol de secuencias genómicas muestra las relaciones entre los casos de omicron en la comunidad. Crédito: proporcionado por el autor, CC BY-ND
La mayoría de los neozelandeses ahora están vacunados, lo que significa que existe una presión cada vez mayor sobre el virus para escapar de nuestra inmunidad. Esta es una carrera armamentista que hemos estado jugando con virus durante milenios. El juego ha cambiado un poco ya que la genómica nos permite observar la evolución viral en tiempo real.
Al secuenciar el virus de casos individuales, podemos decir exactamente qué variante tiene la persona y, con el tiempo, podemos detectar patrones. de variantes que aumentan en frecuencia o que resultan en una infección más grave.
Actualmente, la vigilancia genómica nos dice que hay una mezcla de omicron (incluidas las principales variantes BA.1 y BA.2) y una cola obstinada de delta.
El linaje BA.1 recibió un impulso temprano en un evento de superpropagación relacionado con bodas y ahora representa el 74 % de los casos de omicron. El 26% restante de los casos de omicron son BA.2, que se difundió al principio del festival SoundSplash. En la última semana, alrededor del 7% de los casos secuenciados fueron delta. Sin la secuenciación, estaríamos ciegos a esto.
Para mantener una vigilancia de alta calidad frente a un número de casos muy alto, debemos ser selectivos en las muestras que secuenciamos y equilibrar las prioridades contrapuestas. La máxima prioridad es la prevención de enfermedades graves y habrá un enfoque en los genomas de los casos en el hospital. En el extranjero, muchos de los casos hospitalizados graves son delta, no omicron.
Nuevas variantes de preocupación
Algunos pacientes pueden tener la desgracia de infecciones crónicas por COVID-19. En tales casos, se pueden secuenciar múltiples muestras para ver si el virus está cambiando dentro de un solo paciente.
Una hipótesis principal de cómo han surgido variantes preocupantes como omicron y delta es a través de pacientes con infección crónica que actúan como incubadora del virus. Necesitamos continuar monitoreando a los pacientes con COVID de larga distancia.
También necesitaremos continuar monitoreando y secuenciando los nuevos casos que llegan a la frontera, ya sea en MIQ o en viajeros que regresaron recientemente y dieron positivo. Casi toda la variación genética del SARS-CoV-2 que hemos visto en Aotearoa ha sido importada (a diferencia de la desarrollada aquí), y este es un patrón común que vemos con otras enfermedades como la influenza. Al secuenciar los casos fronterizos, obtenemos una visión temprana de para qué debemos prepararnos.
Este mapa muestra los números regionales de casos delta, agrupados por la Junta de Salud del Distrito. Crédito: proporcionado por el autor, CC BY-ND
Finalmente, para obtener una visión de alto nivel de los casos y las mutaciones, secuenciamos una muestra aleatoria de casos en todo el país. Las secuencias genómicas tomadas a través del tiempo y el espacio construyen una imagen de qué partes del país albergan qué variantes y linajes. Es en gran medida un caso de «conoce a tu enemigo».
Actualmente estamos monitoreando las áreas donde persiste delta. También podemos monitorizar cómo afecta el estado vacunal de un individuo a la variante que se detecta. Dichos datos ayudan a construir una imagen de la eficacia de la vacuna y la protección a nivel de la población contra un virus que cambia rápidamente.
Pruebas de aguas residuales
La última pieza del rompecabezas de secuenciación genómica es la prueba de aguas residuales para SARS-CoV-2. Si bien la secuenciación de muestras de aguas residuales se ha utilizado para investigaciones específicas de salud pública en el pasado, el bajo número de casos y las cantidades en la mayoría de las muestras de aguas residuales lo han dificultado. En cambio, las pruebas de aguas residuales se han centrado en utilizar un método sensible para permitir la detección temprana del virus.
Con el aumento de omicron, ahora estamos viendo un aumento tanto en la cantidad de muestras positivas de aguas residuales como en la cantidad de virus en esas muestras. Esto significa que podemos usar las aguas residuales para indicar tendencias crecientes o decrecientes en los casos a nivel comunitario, y también para monitorear variantes nuevas y conocidas a través de la secuenciación y otras herramientas.
En las próximas semanas, habrá suficientes virales importante para hacer evidentes las tendencias en los datos de aguas residuales. En algunas ciudades, donde se realizan muestreos regulares, veremos que las cargas virales de aguas residuales aumentan y disminuyen con los números de casos. Esta información, junto con el informe regular de casos, informará al público sobre el riesgo relativo de varias regiones. Dichos datos pueden ayudar a las personas a comprender los riesgos de viajar a una determinada región o ciudad.
La genómica sigue siendo una herramienta clave en nuestra gestión de pandemias. Habrá cambios en la forma en que lo usamos, pero sigue siendo una parte central de nuestro conjunto de herramientas de vigilancia. Antes de la era de la genómica, los cambios en el plano genético viral eran invisibles para nosotros. Si bien muchos temerán otra historia sobre una nueva variante, estaríamos en una posición mucho peor sin esta información.
Si salimos de nuestra burbuja COVID-19 por un segundo, el uso de soluciones rápidas y asequibles La tecnología genómica en esta pandemia también brinda una idea de cómo puede ser la medicina genómica en el futuro, pero esa es una discusión para otro día.
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Un estudio revisado por pares de EE. UU. sobre los resultados de los pacientes con Omicron revela diferencias significativas en el comportamiento de infección Proporcionado por The Conversation
Este artículo se vuelve a publicar de The Conversation bajo una licencia Creative Commons. Lea el artículo original.
Cita: A medida que las infecciones por omicron en Nueva Zelanda aumentan rápidamente, la vigilancia del genoma está cambiando de marcha (2022, 23 de febrero) consultado el 29 de agosto de 2022 en https://medicalxpress.com/news/2022-02 -zealand-omicron-infections-rapidly-genome.html Este documento está sujeto a derechos de autor. Aparte de cualquier trato justo con fines de estudio o investigación privados, ninguna parte puede reproducirse sin el permiso por escrito. El contenido se proporciona únicamente con fines informativos.