Cancer-Immu: un portal de datos para predecir la respuesta a la inmunoterapia de bloqueo del punto de control inmunitario

Crédito: CC0 Public Domain

Un nuevo portal de datos llamado Cancer-Immu establecido por un equipo de bioestadísticos del Centro Médico de la Universidad de Vanderbilt puede ayudar a los médicos e investigadores del cáncer predecir qué pacientes responderán a los inhibidores del punto de control inmunitario. Con datos de 3652 muestras para 16 tipos de cáncer, Cancer-Immu es el mayor portal de datos relacionados con el bloqueo de puntos de control inmunitarios para explorar las conexiones inmunogenómicas.

El equipo proporcionó detalles sobre el portal de acceso abierto en un artículo publicado el 13 de diciembre en Cancer Research. Cancer-Immu integra datos ómicos multidimensionales a gran escala, incluidos perfiles genómicos, proteómicos y genómicos genéticos, masivos y transcriptómicos unicelulares. También integra fenotipos clínicos.

Si bien los inhibidores del punto de control inmunitario pueden salvar la vida de algunos pacientes con cáncer, la mayoría de los pacientes no responden a las inmunoterapias. Los investigadores están trabajando para identificar biomarcadores que predigan la respuesta, y Cancer-Immu ofrece un portal funcional integral para desentrañar conexiones inmunogenómicas.

«Proporciona un fácil acceso a datos inmunogénicos y permite a los investigadores traducir conjuntos de datos ómicos en biológicos». conocimientos y aplicaciones clínicas», dijo Yu Shyr, Ph.D., presidente del Departamento de Bioestadística en VUMC, Presidente Harold L. Moses en Investigación del Cáncer y uno de los autores principales del artículo. Según Qi Liu, Ph.D., profesor asociado de bioestadística y otro autor principal del artículo, «Cancer-Immu cubre la mayor cantidad de conjuntos de datos y tipos de datos ómicos en comparación con las bases de datos existentes con resultado de respuesta de bloqueo de punto de control inmunitario».

Los tipos de cáncer en el portal de datos incluyen melanoma, cáncer de pulmón de células no pequeñas, cáncer urotelial metastásico, carcinoma de células renales, cáncer de vejiga, glioma, cáncer colorrectal, cáncer de cabeza y cuello, cáncer esofagogástrico, cáncer de causa primaria desconocida , cáncer gástrico, cáncer de mama, carcinoma hepatocelular, cáncer de próstata, carcinoma de células basales y cáncer de piel no melanoma.

Con el portal Cancer-Immu, los médicos y los investigadores pueden cargar y analizar sus propios datos o coanalizar con los datos existentes simultáneamente. Pueden utilizar un metanálisis o un análisis pancanceroso. El portal tiene colecciones de tres tipos de datos ómicos: genéticos, transcriptómicos y datos unicelulares. El módulo pan-cáncer, que agrega múltiples conjuntos de datos en uno, mejora la detección y el análisis de características raras. Los bioestadísticos señalaron en el estudio que, si bien el metanálisis, la evaluación estadística de estudios independientes centrados en la misma pregunta, no logró detectar mutaciones genéticas significativas, el análisis pan-cáncer, que es una evaluación más amplia de varios tipos de cáncer, detectó 182 genes con mutaciones significativamente asociado con inhibidores de puntos de control inmunitarios.

«Cancer-Immu ayuda a abordar la falta y el desafío de la evaluación de la eficacia de biomarcadores conocidos y el descubrimiento de nuevas firmas», dijo el primer autor del estudio, Jing Yang, Ph. D., becario postdoctoral en el Shyr Research Lab.

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Los investigadores arrojan luz sobre una forma rara de cáncer de riñón Más información: Jing Yang et al, Un atlas inmunogenómico pancanceroso para la inmunoterapia con bloqueo del punto de control inmunitario, Cancer Research (2021) ). DOI: 10.1158/0008-5472.CAN-21-2335

Cancer-Immu: 129.59.197.30:3838/Cancer-Immu/ Información de la revista: Cancer Research