Desarrollo colaborativo de una herramienta computacional para la investigación del coronavirus
Crédito: Instituto de Investigación Biomédica (IRB Barcelona)
Actualmente hay más de 10.000 artículos científicos relacionados con las infecciones por coronavirus. De hecho, en las últimas semanas, la investigación para combatir el COVID-19 se ha acelerado y se han publicado más de 4000 nuevos artículos académicos sobre posibles vacunas, terapias y tratamientos. El procesamiento manual de este volumen de información sería inmanejable para poder avanzar con la suficiente rapidez en esta investigación que se necesita con urgencia. El Laboratorio de Bioinformática Estructural y Biología de Redes del IRB Barcelona, liderado por el investigador ICREA Patrick Aloy, ha unido fuerzas con Amazon para desarrollar una herramienta computacional que agilizaría el proceso. Mediante inteligencia artificial, esta herramienta «leerá» todos estos artículos y extraerá toda la información relevante relacionada con las moléculas y tratamientos estudiados.
A través de una revisión limitada de la literatura científica más relevante, los investigadores del IRB Barcelona han identificado hasta el momento más de 150 compuestos con diferentes niveles de evidencia experimental que son potencialmente activos contra el COVID-19. El objetivo ahora es encontrar otros fármacos con características similares a estos, ampliando así el portafolio de moléculas de interés y aumentando las posibilidades de identificar uno con alta efectividad. Los resultados ya están disponibles en sbnb.irbbarcelona.org/covid19/ .
«Lo que ahora necesitamos es que los grupos de investigación que trabajan con tratamientos para la COVID-19 presenten sus resultados», explica Aloy. “Las nuevas moléculas se incorporarán automáticamente una vez al día, y así toda la comunidad científica dispondrá de datos actualizados, lo que ayudará a evitar duplicidades y generará nuevas hipótesis que ayuden a encontrar el tratamiento definitivo.”
Colaboración rápida para el descubrimiento de fármacos
The Chemical Checker es una herramienta computacional que ofrece información sobre 1 millón de moléculas con potencial farmacológico. “El Chemical Checker tiene como objetivo procesar y codificar datos complejos sobre los efectos que diferentes compuestos químicos tienen en los organismos vivos, para que puedan ser incorporados a nuevas tecnologías de inteligencia artificial”, afirma Miquel Duran, investigador del grupo IRB Barcelona y primer autor de el estudio.
En poco más de una semana, el laboratorio de Aloy y Amazon han establecido una colaboración que ha permitido poner a punto esta herramienta bioinformática. “Para nosotros ha sido un placer poner nuestra capacidad de inteligencia artificial al servicio del descubrimiento de fármacos contra la COVID-19”, afirma Hugo Zaragoza, del grupo de Amazon Search Science and AI. La experiencia que tiene Amazon con la minería de textos, el aprendizaje automático y la comprensión del lenguaje natural ha permitido que el análisis automático de artículos científicos se incorpore al Chemical Checker a un ritmo acelerado. «La colaboración con Amazon ha sido clave para poner en marcha esta herramienta tan rápido. Sin sus capacidades de computación en la nube y procesamiento de texto de AWS, hubiera sido imposible», dice Aloy.
El IRB Barcelona se comprometió a investigar COVID-19
El Laboratorio de Bioinformática Estructural y Biología de Redes también participa en el proyecto europeo RiPCoN, dedicado a la identificación de las proteínas humanas que utiliza el virus para su expansión. Este proyecto busca identificar fármacos (ya en el mercado o en ensayos clínicos) que puedan modular la actividad del virus y detener su replicación.
El IRB Barcelona también está trabajando en otros proyectos relacionados con el COVID-19. Uno está dedicado al desarrollo de una prueba diagnóstica rápida y sencilla para detectar el virus, mientras que otro se centra en el desarrollo de un tratamiento en spray para la COVID-19. Otro proyecto se centra en reducir la tasa de mortalidad de la COVID-19 mediante la búsqueda de un tratamiento para el síndrome de dificultad respiratoria aguda, principal causa de muerte por este virus.
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Sigue las últimas noticias sobre el brote de coronavirus (COVID-19) Más información: sbnb.irbbarcelona.org/covid19/ Proporcionado por el Instituto de Investigación Biomédica (IRB Barcelona) ) Cita: Desarrollo colaborativo de una herramienta computacional para la investigación del coronavirus (3 de abril de 2020) recuperado el 31 de agosto de 2022 de https://medicalxpress.com/news/2020-04-collaborative-tool-coronavirus. html Este documento está sujeto a derechos de autor. Aparte de cualquier trato justo con fines de estudio o investigación privados, ninguna parte puede reproducirse sin el permiso por escrito. El contenido se proporciona únicamente con fines informativos.