El análisis de los genomas de COVID-19 revela un gran número de introducciones al Reino Unido en marzo
Los linajes asignados (utilizando el software Pangolin; desarrollado por la Universidad de Edimburgo) pueden usarse para rastrear la propagación de linajes en todo el Reino Unido. Los datos se informan y visualizan utilizando Microreact (http://microreact.org). El mapa muestra proporciones de diferentes linajes en cada ubicación donde los 16 centros del Reino Unido han secuenciado los genomas. Crédito: The Big Data Institute
Se han registrado aproximadamente 40 linajes del virus SARS-CoV-2 circulando en el Reino Unido, algunos de los cuales ya se han extinguido mientras que otros prosperan. Anteriormente, los diferentes linajes de la cepa única del virus ingresaron al Reino Unido a través de múltiples importaciones de todo el mundo, incluidos países europeos como España, Italia y Francia.
Ahora, quedan menos linajes internacionales en el Reino Unido y los nuevos casos de COVID-19 surgen de la propagación local en lugar de la importación de otros países. Los informes de datos, publicados por COVID-19 Genomics UK Consortium (COG-UK), muestran el valor de mapear los linajes de COVID-19 en todo el Reino Unido para comprender cómo se propaga el virus a nivel nacional, regional y local.
Hasta el 22 de mayo, se han secuenciado más de 20 000 genomas virales de pruebas positivas de COVID-19 en el Reino Unido, que es la mayor cantidad de genomas de COVID-19 secuenciados por cualquier país afectado por la pandemia.
Estas secuencias genómicas están siendo generadas y utilizadas por investigadores del COG-UK para identificar diferentes linajes del virus que circulan en el Reino Unido. A pesar de los informes recientes, este volumen de secuenciación confirma que todos los casos de COVID-19 en el Reino Unido comparten un ancestro común reciente de China; todos los casos están estrechamente relacionados. Los linajes identificados resaltan pequeños cambios en el virus que permiten monitorear y rastrear a lo largo del tiempo, pero no indican la aparición de nuevas cepas en este punto del brote.
Estos datos ayudarán al gobierno del Reino Unido a comprender los patrones. de propagación en el Reino Unido para ayudar a enfocar diferentes intervenciones en áreas particulares del Reino Unido para controlar la propagación del virus y, en última instancia, salvar vidas.
El consorcio COVID-19 Genomics UK (COG-UK), compuesto por el NHS, las agencias de salud pública y numerosas instituciones académicas y de investigación, ofrece una secuenciación rápida y a gran escala del virus SARS-CoV-2 de casos positivos de COVID -19 muestras y compartir inteligencia con hospitales, centros regionales del NHS y el gobierno.
El árbol filogenético indica la posición de los genomas del Reino Unido dentro de un contexto global. Crédito: The Big Data Institute
Los últimos informes de datos de COG-UK muestran un gran número de introducciones independientes del virus en el Reino Unido desde todo el mundo, lo que da como resultado aproximadamente 40 linajes de COVID-19 que circulan actualmente o han circulado en el Reino Unido. Sin embargo, datos recientes sugieren que los nuevos casos de COVID-19 en el Reino Unido surgen de la propagación local en lugar de personas que viajan al Reino Unido desde otros países.
Un método dinámico de asignación de linaje, desarrollado dentro del consorcio, permite monitorear Dinámica del SARS-Cov2 a lo largo del tiempo dentro del Reino Unido, con datos mapeados y entregados abiertamente a través de una aplicación web interactiva.
Los datos generados a través de COG-UK se utilizarán para proporcionar informes de estado del virus, incluidas estimaciones para la reproducción número, a nivel de ciudades o autoridades locales.
«Al analizar y comparar los diferentes linajes del virus SARS-CoV-2 que causa el COVID-19, podemos ver cómo el virus se está propagando por el Reino Unido «, y determinar si surgen nuevos casos de propagación local versus importación de otros países. Mediante el mapeo continuo de linajes en el espacio y el tiempo, podemos comprender mejor y reaccionar ante la dinámica cambiante de la pandemia», dice el profesor David Aanensen, director del Centro. para generación Vigilancia de patógenos ómicos en el Instituto Big Data de la Universidad de Oxford.
«Desde que comenzó este proyecto a fines de marzo, este consorcio ha secuenciado más de 20,000 genomas virales de muestras positivas de COVID-19. Emprender un proyecto de esta escala es posible gracias a una increíble red de colaboradores y nuestro personal que ha aplicado su experiencia de clase mundial en genómica y vigilancia de enfermedades infecciosas para abordar el COVID-19», dice la Dra. Cordelia Langford, Directora de Operaciones Científicas. en el Instituto Wellcome Sanger.
«Este virus es una de las mayores amenazas que nuestra nación ha enfrentado en los últimos tiempos y es crucial para ayudarnos a combatirlo y entender cómo se está propagando. Aprovechar las tecnologías genómicas innovadoras nos ayudará a descifrar el complejo panorama de la propagación del coronavirus en el Reino Unido y evaluar rápidamente las formas de reducir el impacto de esta enfermedad en nuestra sociedad», dice la profesora Sharon Peacock, directora del Consorcio COVID-19 Genomics UK ( COG-UK).
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Los científicos secuencian más de 1000 genomas de COVID-19 para ayudar en la respuesta a la pandemia Más información: Informes de datos de COG-UK para las semanas 2 (1 de abril) y 3 (9 de abril) están disponibles aquí: www.cogconsortium.uk/news/ Proporcionado por Wellcome Trust Sanger Institute Cita: El análisis de los genomas de COVID-19 revela un gran número de introducciones al Reino Unido en marzo (2020) , 25 de mayo) recuperado el 31 de agosto de 2022 de https://medicalxpress.com/news/2020-05-analysis-covid-genomes-reveals-large.html Este documento está sujeto a derechos de autor. estudio privado o investigación, ninguna parte puede ser reproducida sin el permiso por escrito. proporciona únicamente con fines informativos.