Programa de vigilancia detecta variante de Omicron en Carolina del Norte

Crédito: Pixabay/CC0 Dominio público

El primer caso de la variante Omicron COVID-19 en Carolina del Norte ha sido descubierto por un miembro del Programa de Vigilancia de Secuenciación de Variantes de Coronavirus (CORVASEQ) asociación entre la División de Salud del Departamento de Salud y Servicios Humanos de Carolina del Norte (DHHS) y el Colaboratorio de Carolina del Norte. CORVASEQ ha estado en funcionamiento desde el verano de 2021 y está dirigido por Dirk Dittmer, Ph.D., Amir Barzin, DO de la Facultad de Medicina de la UNC, y Audrey Pettifor, Ph.D. de la Facultad de Salud Pública Global de la Gillings de la UNC.

CORVASEQ canaliza muestras de SARS-CoV-2, el virus que causa el COVID-19, desde los sistemas de atención médica y las instituciones académicas de todo el estado hasta los centros de secuenciación dedicados en las universidades de Carolina del Norte, incluido el laboratorio de UNC Charlotte que encontró el primer caso conocido de la variante Omicron en Carolina del Norte. Los resultados secuenciados se comunican directamente al NC DHHS y se agregan a la base de datos mundial de variantes del SARS-CoV-2. El programa ha creado un enfoque metódico para secuenciar muestras de SARS-CoV-2, de modo que la información obtenida de la secuenciación pueda procesarse y compartirse con líderes e investigadores de todo el estado en tiempo real. Y al colaborar con varias instituciones, las muestras de los 100 condados de Carolina del Norte se secuencian rápidamente, lo que permite a los investigadores rastrear si determinados segmentos de la población se ven más afectados por Delta, Omicron o una variante potencialmente nueva. Este diseño de red garantiza que todas las partes del estado estarán representadas y se beneficiarán de estos esfuerzos.

«La secuenciación de muestras de SARS-CoV-2 seguirá siendo una parte importante en nuestra lucha contra el COVID-19 y es crucial para rastrear el desarrollo y la propagación de nuevas variantes como Omicron», dijo Dirk Dittmer, Ph.D., director de UNC Viral Genomics Core y miembro del UNC Lineberger Comprehensive Cancer Center. «Mapear la secuencia genómica de un virus significa que podemos garantizar que nuestras pruebas, vacunas y tratamientos seguirán siendo efectivos. En el caso de Omicron, ya sabemos que tiene muchas mutaciones y que es posible que sea necesario considerar algunos cambios en los protocolos de tratamiento».

Cuando se trata de pruebas, Melissa Miller, Ph.D., profesora del Departamento de Patología y Medicina de Laboratorio de la Facultad de Medicina de la UNC y directora del Laboratorio de Microbiología Clínica Molecular del Centro Médico de la UNC en Chapel Hill, sabe que UNC todavía está en camino.

«Sabemos que nuestras pruebas PCR detectarán la variante Omicron», dijo Miller, cuyo laboratorio realiza pruebas de diagnóstico de COVID-19 para el Centro Médico UNC. «Trabajamos con empresas de diagnóstico que nos ayudan a comparar secuencias y confirmar la detección de variantes a través de análisis informáticos. Nuestras pruebas detectarán Omicron. Estamos lo más preparados posible para Omicron».

Miller dice que su laboratorio está actualmente realizando alrededor de 500 pruebas de COVID-19 al día. Durante el apogeo de la pandemia a mediados de 2020, procesaron 1.500 pruebas diarias. A principios de este año, antes del pico de la variante Delta, realizaron alrededor de 300 pruebas por día.

Ahora, además de procesar las pruebas, el laboratorio de Miller también está secuenciando muestras positivas de COVID-19. Mientras que el laboratorio de Dittmer secuencia principalmente muestras positivas de la población de UNC-Chapel Hill y otros participantes de CORVASEQ, el laboratorio de Miller secuencia muestras de pacientes del UNC Medical Center y hospitales afiliados a UNC Health. Desde que su laboratorio comenzó a secuenciar en colaboración con UNC Genomics Core a principios de 2021, han secuenciado más de 2700 muestras de SARS-CoV-2. En total, la red CORVASEQ ha secuenciado más de 10.000 muestras. Desde mediados de julio, casi el 100 % de esas muestras han sido identificadas como la variante Delta.

«La variante Delta superó a la variante Alpha y a cualquier otra variante en la mezcla en cuestión de dos semanas en Carolina del Norte ”, dijo Miller. «Todavía no sabemos si ese será el caso con Omicron, pero trabajaremos para obtener la imagen más rápida y precisa posible del virus».

Ese es el objetivo de CORVASEQ. . Al aumentar la cantidad y la calidad de las muestras secuenciadas en todo el estado, los líderes e investigadores tendrán información oportuna y precisa con la que podrán tomar decisiones. Y este programa no solo se aplica a COVID-19. Si bien lo más probable es que CORVASEQ se utilice durante el resto de esta pandemia, también se ha establecido el marco para futuras emergencias.

«Cuando el estado necesite CORVASEQ en el futuro y los fondos que necesitamos para operar estén ahí , deberíamos poder poner en pie la red en cuestión de semanas», dijo Dittmer. «Todo el trabajo que hemos hecho y seguiremos haciendo estará ahí para ayudarnos con cualquier otra pandemia o epidemia que se nos presente».

Mientras tanto, Miller sugiere tomar esta pandemia como una variante. a la vez.

«Omicron nos muestra que habrá otras variantes en el futuro previsible y que el COVID-19 no va a desaparecer pronto», dijo Miller. «Pero es importante mantener un nivel de calma. Sepa que estamos trabajando para mantenerlo a salvo y siéntase cómodo con lo que puede hacer para mantenerse a salvo: vacunarse y reforzarse, usar una máscara, lavarse las manos, mantenerse al día con el físico». distanciamiento y hacerse la prueba antes y después de viajar».

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