La plataforma de secuenciación automatizada de próxima generación puede evaluar con precisión a miles de personas en busca de COVID-19

Javier Hernandez aparece en el laboratorio de Wrana en el Instituto de Investigación Lunenfeld-Tanenbaum en Toronto, Canadá, en esta foto de archivo sin fecha. Crédito: Sinai Health

Una plataforma robótica diseñada por investigadores de Toronto para analizar miles de muestras de COVID-19 a la vez tiene el potencial de revolucionar la forma en que los laboratorios rastrean la propagación de virus y otros patógenos, según nuevos hallazgos.

El estudio, publicado el miércoles en Nature Communications, descubrió que la plataforma de secuenciación de rendimiento ultraalto de próxima generación, llamada C19-SPAR-Seq, diseñada por investigadores del Instituto de Investigación Lunenfeld-Tanenbaum (LTRI) en Sinai Health , tiene una tasa de sensibilidad superior al 95 % en casos positivos durante el inicio del pico.

«Identificar muestras positivas de forma rápida y precisa es fundamental para vencer esta pandemia», dijo el Dr. Jeff Wrana, investigador principal de LTRI y profesor del Departamento de Genética Molecular de la Universidad de Toronto. «Con variantes nuevas y potencialmente peligrosas que circulan ahora, esta es una plataforma que es escalable, automatizada y capaz de analizar miles de muestras de pacientes con COVID-19 en una sola ejecución de instrumento».

Wrana y su compañero investigador principal de LTRI El Dr. Laurence Pelletier, en colaboración con el profesor de la Universidad de Toronto, el Dr. Ben Blencowe, acredita a un sólido equipo de entusiastas aprendices que cambiaron de otras áreas de investigación para ayudar a desarrollar y validar la plataforma, lo que permitió que el equipo pasara del concepto al artículo publicado. en menos de 12 meses.

«La cooperación del laboratorio de diagnóstico clínico del Hospital Mount Sinai fue el otro ingrediente clave de nuestro éxito», dijo Pelletier. «Hasta la fecha, el laboratorio de microbiología compartido, dirigido por el Dr. Tony Mazzulli, ha brindado acceso a miles de muestras».

A finales de 2020, el equipo volvió a utilizar la plataforma robótica para examinar miles de muestras positivas. para variantes mediante la secuenciación rápida de regiones de huellas dactilares del genoma viral para buscar mutaciones clave.

«Ha sido un placer absoluto trabajar con el Dr. Jeff Wrana y su equipo en LTRI», dijo el Dr. Mazzulli. , microbiólogo jefe de Sinai Health y University Health Network (UHN). «Su novedoso sistema SPAR-Seq es tecnología de punta y la capacidad de su equipo para secuenciar muestras de COVID-19 en tiempo real tiene un tremendo potencial para impactar nuestra comprensión de la epidemiología y la propagación de nuevos mutantes en la provincia».

La plataforma también es rentable. El estudio señala que solo cuesta alrededor de $ 8 USD por prueba cuando se ejecutan miles de muestras a la vez, ya que el costo por muestra disminuye debido a las economías de escala.

«Es extremadamente confiable y fácilmente adaptable», dijo Javier Hernández. , un investigador junior en el laboratorio de Wrana que codirigió el estudio con los Dres. Marie-Ming Aynaud y Seda Barutcu. «El tiempo de respuesta es de aproximadamente 24 horas. Es muy simple, ya que hemos automatizado prácticamente todos los pasos del proceso. Para mí, ha sido muy emocionante ver que mi trabajo marca la diferencia».

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Siga las últimas noticias sobre el brote de coronavirus (COVID-19) Más información: Nature Communications (2021). DOI: 10.1038/s41467-021-21653-y Información de la revista: Nature Communications

Proporcionado por el Instituto de Investigación Lunenfeld-Tanenbaum Cita: La plataforma de secuenciación automatizada de próxima generación puede miles de pantallas para COVID-19 (3 de marzo de 2021) recuperado el 30 de agosto de 2022 de https://medicalxpress.com/news/2021-03-automated-sequencing-platform-accurately-screen.html Este documento está sujeto a derechos de autor. Aparte de cualquier trato justo con fines de estudio o investigación privados, ninguna parte puede reproducirse sin el permiso por escrito. El contenido se proporciona únicamente con fines informativos.